Geri Dön

Virtual reality based approach to protein-protein docking problem

Protein-protein kenetlenmesi problemine sanal gerçeklik tabanlı yaklaşım

PDF İndir

  1. Tez No: 259025
  2. Yazar: SERDAR ÇAKICI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN, YRD. DOÇ. DR. SELİM BALCISOY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Bilgisayar grafikleri, Computer graphics
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Proteinler tüm canlı organizmalar için yaşamsal önem taşıyan büyük moleküllerdir ve birçok endüstriyel ürüne temel teşkil ederler. Protein-protein kenetlenmesi, bir proteinin diğerine bilgisayar simülasyonları aracılığıyla ekleştirilmelerinin test edilmesidir. Şimdiye kadar kenetlenme pozisyonlarını bulma üzerine pek çok otomatik kenetlenme algoritması geliştirilmiştir; fakat bu metodların yanlış pozitif sonuçlar bulmaları olasıdır ve hesaplama süreleri uzundur. Bunu takiben, kullanıcının deneyimlerinden faydalanmayı sağlamak adına Sanal Gerçeklik problem üzerinde kullanılmıştır. Benzer şekilde moleküler kenetlenme problemi dahilinde haptik aletler de denenmiştir. Fakat protein-protein kenetlenmesi probleminde haptik aletler çalışma alanlarının sınırlılığı ve güç geribeslemesinin yetersiz bilgi vermesinden dolayı uygunsuzdur. Tezde, güçleri haptik olarak gerçekleştirmek yerine, proteinlerin fizikokimyasal güçlerini benzeştirmek için iki yeni görsel geribesleme metodu geliştirdik. DockPro adındaki etkileşimli 3-Boyutlu uygulamamız, konu üzerindeki uzmanların büyük ekran karşısına geçip manyetik takip cihazları ve eldivenler kullanarak protein-protein çiftlerini kenetlemelerini sağlamaktadır.

Özet (Çeviri)

Proteins are large molecules that are vital for all living organisms and they are essential components of many industrial products. Protein-protein docking is the evaluation of binding of a protein to another via computer simulations. Many automated algorithms have been proposed to find docking configurations that might yield promising protein-protein complexes. However, these automated methods are likely to come up with false positives and have high computational costs. Consequently, Virtual Reality has been used to take advantage of user?s experience on the problem. Haptic devices have been used for molecular docking problems; but they are inappropriate for protein-protein docking due to their workspace limitations and lack of sufficient information from force feedback. Instead of haptic rendering of forces, we provide two novel visual feedback methods for simulating physicochemical forces of proteins. We propose an interactive 3D application, DockPro, which enables domain experts to come up with dockings of protein-protein couples by using magnetic trackers and gloves in front of a large display.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    978861

    Ortaöğretim düzeyinde iç mimarlık mesleğinin tanıtımına yönelik sanal gerçeklik destekli bir yöntem önerisi

    A proposal for a virtual reality-supported method to introduce the interior architecture profession at the secondary education level

    BERİVAN ARSLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Bilim ve TeknolojiKütahya Dumlupınar Üniversitesi

    Teknoloji ve İnovasyon Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERAY ŞAHBAZ

  2. Tez No

    1019174

    Spatial-behavioral dynamics in varied urban configurations during emergencies: An integrated VR-ABM approach to disaster resilience

    Acil durumlarda farklı kentsel ortamlardaki mekânsal ve davranışsal dinamikler: Afet dayanıklılığı için entegre bir VR-ABM yaklaşımı

    DUYGU KALKANLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDA KUNDAK

  3. Tez No

    909109

    Developing a framework to evaluate the usability of virtual and mixed reality environments to practice model-based systems engineering

    Sanal ve karma gerçeklik ortamlarının model tabanlı sistem mühendisliği uygulanmasında kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi için çerçeve yazılım geliştirilmesi

    KAAN KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Modelleme ve Simülasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF SÜRER

  4. Tez No

    974527

    Mekânsal bilgi ediniminde oyun-mekân: sanal gerçeklik mecrasinda arkeolojik miras alani örneklemi

    Game-space in spatial knowledge acquisition: A virtual reality approach to an archaeological heritage site sample

    SEVDE GÜNER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilişim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEMAN FİGEN GÜL

  5. Tez No

    809444

    Konvansiyonel üst ekstremite rehabilitasyonu uygulanan inmeli hastalarda fonksiyonel elektrik stimülasyonlu bisiklet ergometrisi ve sanal gerçeklik temelli ayna terapisinin fonksiyonelliğe olan katkılarının klinik olarak karşılaştırılması

    Clinical comparison of the contribution of functional electrical stimulation cycle ergometer and virtual reality based mirror therapy to functionality in stroke patients undergoing conventional upper extremity rehabilitation

    ARİF AHMET ÇALIKUŞU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLÜMSER AYDIN

Geri Dön