Virtual reality based approach to protein-protein docking problem
Protein-protein kenetlenmesi problemine sanal gerçeklik tabanlı yaklaşım
- Tez No: 259025
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN, YRD. DOÇ. DR. SELİM BALCISOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Proteinler tüm canlı organizmalar için yaşamsal önem taşıyan büyük moleküllerdir ve birçok endüstriyel ürüne temel teşkil ederler. Protein-protein kenetlenmesi, bir proteinin diğerine bilgisayar simülasyonları aracılığıyla ekleştirilmelerinin test edilmesidir. Şimdiye kadar kenetlenme pozisyonlarını bulma üzerine pek çok otomatik kenetlenme algoritması geliştirilmiştir; fakat bu metodların yanlış pozitif sonuçlar bulmaları olasıdır ve hesaplama süreleri uzundur. Bunu takiben, kullanıcının deneyimlerinden faydalanmayı sağlamak adına Sanal Gerçeklik problem üzerinde kullanılmıştır. Benzer şekilde moleküler kenetlenme problemi dahilinde haptik aletler de denenmiştir. Fakat protein-protein kenetlenmesi probleminde haptik aletler çalışma alanlarının sınırlılığı ve güç geribeslemesinin yetersiz bilgi vermesinden dolayı uygunsuzdur. Tezde, güçleri haptik olarak gerçekleştirmek yerine, proteinlerin fizikokimyasal güçlerini benzeştirmek için iki yeni görsel geribesleme metodu geliştirdik. DockPro adındaki etkileşimli 3-Boyutlu uygulamamız, konu üzerindeki uzmanların büyük ekran karşısına geçip manyetik takip cihazları ve eldivenler kullanarak protein-protein çiftlerini kenetlemelerini sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Proteins are large molecules that are vital for all living organisms and they are essential components of many industrial products. Protein-protein docking is the evaluation of binding of a protein to another via computer simulations. Many automated algorithms have been proposed to find docking configurations that might yield promising protein-protein complexes. However, these automated methods are likely to come up with false positives and have high computational costs. Consequently, Virtual Reality has been used to take advantage of user?s experience on the problem. Haptic devices have been used for molecular docking problems; but they are inappropriate for protein-protein docking due to their workspace limitations and lack of sufficient information from force feedback. Instead of haptic rendering of forces, we provide two novel visual feedback methods for simulating physicochemical forces of proteins. We propose an interactive 3D application, DockPro, which enables domain experts to come up with dockings of protein-protein couples by using magnetic trackers and gloves in front of a large display.
Benzer Tezler
- Yangın durumunda bina tahliyesinin tatbikat ve sayısal benzetim yöntemleri ile incelenmesi: Yurt binası örneği
Examination of building evacuation in fire situation by fire drill and numerical simulation methods: Dormitory example
ARCA GİZEM İPEKÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURİ SERTESER
- Geometrik cisimler ve şekiller konusuna yönelik geliştirilen sanal gerçeklik uygulamasının tasarımı ve öğrencilerin akademik başarısı üzerindeki etkisinin incelenmesi
The design of a virtual reality application developed for the subject of geometric objects and shapes and their effect on students' academic achievement
ŞEYDA AYDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKütahya Dumlupınar ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DURMUŞ ÖZDEMİR
- Sanal gerçeklik cihazlarının vestibüler yetmezliği olan hastalarda vestibüler rehabilitasyon amaçlı kullanımı
Use of virtual reality devices for vestibular rehabilitation in patients with vestibular dysfunction
ULAŞ METİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kulak Burun ve BoğazPamukkale ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAZIL NECDET ARDIÇ
- Dijital oyunların mimarlık eğitimindeki etkisi: bir sanal gerçeklik oyun tasarımı ile deneysel çalışma
The impact of digital games on architectural education: an experimental study through virtual reality game design
HASANE CEREN CİNDİOĞLU YOĞSUL
Doktora
Türkçe
2025
MimarlıkAtılım ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMEL AKIN
DOÇ. DR. AKTAN ACAR
- Blockchain ve makine öğrenmesi temelli sanal gerçeklik sistemi
Blockchain and machine learning based virtual reality system
TAHSİN GÖKALP ŞAAN
Doktora
Türkçe
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEskişehir Osmangazi ÜniversitesiMatematik Bilgisayar Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET FARUK ASLAN