Optimal paths in residue networks identify communication pathways in proteins
Proteinlerdeki iletişim yollarını belirleyen residü ağ yapılarındaki optimum yollar
- Tez No: 259024
- Danışmanlar: PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Metalurji Mühendisliği, Metallurgical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Ağ yapılarındaki bilgi akışları incelendi. Gerçek yaşamdan alınmış, residü ağ yapılarıprotein veri bankasında depolanmış kordinatlardan yapılandırıldı. Komşular arasındakiyönlenme maliyeti residüu-residüu etkileşim maliyetleri ile hesaplandı. Seçilmiş kriteleregöre yapılandıılan ilk/hedef düğümleri arasında yapılandırılan bütün yollar aracılığıile, ağ yapısındaki yapısal ve/veya işlevsel önemli residüler sezdirildi. Bilhassa, yüksekyapısal benzerliğe ve düşük dizi benzerliğine sahip protein ailelerinde bütün olası yollardakiyükleri minimize eden güçlü yolların farklılaştığı bulundu. Güçlü yolları kullanmayasürükleyen faktörleri belirleyebilmek için, kenar sçme olasılığı varış yeri bilgisi veilk komşuların energi ilişiklendirilmesi arasındaki dengeye bağlı olarak olasılıklandırılaneğimli rastgele yürüyüşler yapılandı. Uzak yerleştirilmiş iki fonksiyonel grubun birbiriile olan uzun mesafeli iletişimi bilgi akışının eğimli olmasını gerektirdiğinden, güçlü yollaryöresel ve global bilgi arasındaki çekişmenin sonucu olarak ortaya çıktı.
Özet (Çeviri)
Navigation of information ows in networks is studied. As real-life systems, residuenetworks constructed from the coordinates deposited in the protein data bank are targeted.The cost of the navigation between neighbors are measured by residue-residueinteraction potentials. By constructing all paths between initial/target nodes accordingto selected criteria, structurally and/or functionally important residues in the networkare implicated. In particular, strong paths that minimize the weights along all possiblepathways are found to di_erentiate between the functional nodes in protein familieswith high overall structural similarity, but low sequence similarity scores. To determinefactors that drive the usage of strong paths in the network, a biased random walkscheme is deviced where the probability of edge selection is based on a balance betweenthe knowledge of the location of the destination and the energy of interaction with theimmediate neighbors. Since long range communication between two distantly placedfunctional regions in the protein calls for the gradient of information ow, strong pathsemerge by satisfying the competition of local and global knowledge while navigatingalong the structure.
Benzer Tezler
- Optimal parths in the weighted residue networks via knowledge-based potentials
Bilgi temelli potansiyeller ile ağırlıklandırılmış residü ağlarında optimal yollar
CUMHUR AKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
İnşaat MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Karma fiber koaksiyel yapısındaki sayısal kablo TV sistemlerinde tasarım ve ölçüm teknikleri
Design and measurement techniques of hybrid fiber coax architectured digital cable TV systems
YEŞİM POYRAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. OSMAN PALAMUTÇUOĞULLARI
- O-asetilpeptidoglukan esteraz (APE1) enziminin tepkime mekanizmasının ın silico yöntemlerle aydınlatılması
Elucidation of reaction mechanism of APE1 enzyme with in silico methods
ZEYNEP AKSAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- China's economic rebalancing and its sources of unsustainable growth through a historical perspective
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN OĞUZ GENÇ
- Improving raceway reactor productivity via vortex induced vibrations for cost effective microalgae production
Maliyet etkin mikroyosun üretimi için girdap kaynaklı titreşimlerle alg havuzu performansının artırılması
MEHMET SADIK AKCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BULENT İNANC