Proteome-wide analysis of functional roles of bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis?de basilisin biyosentezinin fonksiyonel rolünün proteom ölçekli analizi
- Tez No: 269048
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 196
Özet
Bacillus türleri, antimetabolik ve farmakolojik aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üretirler. Bu metabolitlerin çoğu, küçük peptidler olup peptid sentetazlar adı verilen multifonksiyonel enzim kompleksleri tarafından ribozomal olmayan bir biçimde sentezlenirler. Bacillus subtilis' in bazı suşları tarafından sentezlenen basilisin L-alanin ve L-antikapsinden oluşmuş bir dipeptiddir. B. subtilis 168'in ywfBCDEF operonunun basilisin biyosentetik fonksiyonlar taşıdığı gösterilmiş ve ilgili operon bacABCDE olarak yeniden adlandırılmıştır. Bu operon içerisinde yer alan bacA geninin ise amino asid ligasyonundan sorumlu basilisin sentetaz olduğu doğrulanmıştır. Basilisin biyosentezi, farklı düzeylerde regüle edilir. Negatif regülasyon GTP tarafından transkripsiyonel regülatör CodY ve AbrB üzerinden gerçekleştirilir. Pozitif regülasyon ise hem ppGpp (guanozin 5' difosfat 3'-difosfat) ile, hem de peptid feromon PhrC yolu ile hücre yoğunluğu sinyali mekanizması aracılığıyla gerçekleştirilir. Bu çalışmada basilisin üretici B. subtilis PY79 suşu ve onun basilisin üretemeyen ve araştırma grubumuzca oluşturulmuş B. subtilis PY79 ? bacA::lacZ::erm isimli türevi kullanılarak bu suşlarda karşılaştırmalı proteom analizleri yapılması ve basilisinin B. subtilis' deki fonksiyonel rolünün ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Bu iki suşta farklı ifade edilen toplam 128 proteinin tanımlanması, basilisin biyosentezinin global regülatör yollarla olan etkileşimi hakkında ipuçları vermiş ve dipeptid antibiyotik basilisinin fonksiyonu bilinmeyen genlerin ekspresyonu üzerindeki etkilerinin anlaşılmasına olanak sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
The members of the genus Bacillus produce a wide variety of secondary metabolites with antimetabolic and pharmacological activities. Most of these metabolites are small peptides that have unusual components and chemical bonds and synthesized nonribosomally by multifunctional enzyme complexes called peptide synthetases. Bacilysin, being produced and excreted by certain strains of Bacillus subtilis, is one of the simplest peptide antibiotics known. It is a dipeptide with an N-terminal L-alanine and an unusual amino acid, L-anticapsin, at its C-terminal. Recently, ywfBCDEF operon of B. subtilis 168 was shown to carry bacilysin biosynthesis function, the genes of this operon were renamed as bacABCDE. The first member of bac operon, bacA gene was proved to encode the function of L-alanine ?L-anticapsin amino acid ligation. Bacilysin production is regulated at different levels, negatively by GTP via the transcriptional regulator CodY and AbrB while positive regulation occurs by guanosine 5?-diphosphate 3?-diphosphate (ppGpp) as well as a quorum-sensing mechanism through the peptide pheromone PhrC. This study aims to identify the functional role of bacilysin biosynthesis in the regulatory cascade operating in B. subtilis by employing proteome-wide analysis of the bacilysin producer B. subtilis PY79 and its bacilysin nonproducer derivative PY79 ? bacA::lacZ::erm which was recently constructed by our group. The identification of a total of 128 proteins which are differentially expressed in wild type PY79 and bacA inactive strains provided us with the knowledge of interaction of bacilysin biosynthesis with global regulatory pathways and the understanding of the effects of antibiotic production on the expression of the genes with unknown functions in B. subtilis.
Benzer Tezler
- Dynamic analysis of secretome alterations in a bacilysin-knock out mutant of Bacillus subtilis
Basilsin biyosentezinin susturulduğu bir Bacillus subtilis mutantında dinamik sekretom değişimlerinin analizi
ELİF TEKİN İŞLEREL
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- The ubiquitin/proteasome system related role of Bag-1L in breast cancer
Bag-1L'in ubikuitin/proteazom sisteminde rolünün meme kanserinde incelenmesi
SEVİLAY ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Structural analysis of phosphorylation sites at a proteome level and their functional relevance
Başlık çevirisi yok
ALTUĞ KAMACIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Determination of molecular traces of various snake venomes using proteomics and glycomic approaches based on mass spectrometry
Kütle spektrometrisi temelli proteomik ve glikomik yaklaşımlar kullanılarak çeşitli yılan venomlarının moleküler izlerinin belirlenmesi
MARWA ABU AISHEH