Geri Dön

Protein intrinsic normal modes are correlated with pre-existing equilibrium conformer populations

Proteinin içsel normal modları ve farklı protein konformasyonları arasındaki ilişki

PDF İndir

  1. Tez No: 275800
  2. Yazar: BEYTULLAH ÖZGÜR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN, PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyofizik, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biophysics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Proteinler hücresel fonksiyonların vazgeçilmez elemanlarıdırlar. Çoğu protein yapıolarak durağan bir resme sahip olmasına rağmen, protein dinamiği, bir başka deyişlezamana bağlı protein davranışı protein fonksiyonuna önemli derecede katkıda bulunur.Liganda bağlı, yapısal hareketlerin dışında, proteinler içerdikleri termal enerji sayesindekendilerine özgü hareketler gerçekleştirebilirler. Liganda bağlı olmadan proteinde yeralan bu yapısal hareketler fonksiyonel olarak önem taşımaktadırlar ve farklı proteinleriçin yapılan deneysel çalışmalara gore bu hareketler ile fonksiyonel hareketler arasındayapısal ve hareketin süreci bakımından ilişki bulunmaktadır. Bu içsel salınımlar, normalmod analizinin basitleştirilmiş bir versiyonu olan ANM ile belirlenen düşük frekanslı,protein modları tarafından açığa çıkarılabilmektedir. Biz bu çalışmada içerisinde enzim,antikor ve sinyal proteinlerinin bulunduğu 11 farklı proteine mod analizi uyguladık vemod analizi ile protein hareketleri arasında kinetik olarak herhangi bir bağlantı olupolmadığını irdeledik. Bu amaçla Hessian matriksinden elde ettiğimiz özdeğerlerikullandık. Bu özdeğerler modların titreşim frekanslarına dair bilgi içermekte ve ayrıcaANM çalışmalarında özdeğerler düşük ve yüksek frekanslı modları belirlemektedir.Bizim elde ettiğimiz sonuçlar özdeğerler ile protein hareketlerinin kinetik vetermodinamik özellikleri arasında bir bağlantıyı işaret etmektedir. Önceden debelirtildiği gibi bu içsel hareketler, proteine ait farklı yapılar arasında dinamik bir dengeoluşturmaktadır ve çalışmamızda önerdiğimiz gibi Hessian matriksinin özdeğerleri,protein hareketlerinin zaman periyodu ve termodinamik özellikleriyle bağdaşmaktadır.

Özet (Çeviri)

Proteins are indispensible components of cellular functions. Although proteinstructure is determined as a static picture for most of the proteins, the dynamics or thetime-dependent behavior of proteins act as main contributors to protein function. Inaddition to ligand induced structural motions proteins also bear intrinsic motions arisingfrom thermal energy they contain. These ligand-independent motions possess functionalimportance according to experimental evidences for a large number of proteins and alink between these motions and functional motions are established both in terms ofstructure and timescale. These intrinsic fluctuations are revealed by low-frequencyindividual modes of proteins which are determined using a simplified version of normalmode analysis termed as Anisotropic Network Model (ANM). In this study, we applymodal analysis to eleven proteins including enzymes, antibodies and signal proteins.We investigate a kinetic relation between modal analysis and protein motions. For thispurpose we employ eigenvalues of Hessian matrix which carry information about thevibrational frequencies of these modes. In ANM studies these eigenvalues are used todetermine the low and high frequency modes of protein. Our findings imply acorrespondence between eigenvalues and kinetic/thermodynamic properties of proteinmotions. These intrinsic motions establish a dynamic equilibrium between distinctconformers of the protein and as we have proposed eigenvalues of Hessian matrixcorrelate well both with the timescales of these motions and thermodynamics of thesemotions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    246298

    Conformational transitions of proteins explored by Monte Carlo simulations integrated with collective modes

    Proteinlerde konformasyonel geçişlerin kolektif modlar ve Monte Carlo simülasyon teknikleri ile incelenmesi

    NİGAR KANTARCI ÇARŞIBAŞI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. PEMRA DORUKER TURGUT

    PROF. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Tez No

    855131

    Rock inhibitörü'nün mezenkimal kök hücre senesensi üzerine etkisinin incelenmesi

    Investigation of the effect of rock inhibitor on meseenchymal stem cell senescence

    MUSTAFA BURAK ACAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERVET ÖZCAN

  3. Tez No

    610920

    Prostat kanseri hedefli kit tasarımı; platin ve titanyum nanoparçacık temelli konjugatların geliştirilmesi, radyoizotopik modifikasyonlar ve in vitro/in vivo uygulamalar

    Prostate cancer targeted kit design; development of platinum and titanium nanoparticle based conjugates, radioisotopic modifications and in vitro/in vivo applications

    VOLKAN TEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Radyoloji ve Nükleer TıpEge Üniversitesi

    Nükleer Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PERİHAN ÜNAK

  4. Tez No

    118964

    Expression of MDR 1 gene in HL 60 cells selected with vincristine

    Vincristine ile seçilmiş HL 60 hücrelerinde MDR 1 geninin ifadesi

    YUSUF BARAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  5. Tez No

    55961

    Biyomagnetik olaylar

    Başlık çevirisi yok

    M.TOGAN ÇANDIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. İNCİ AKKAY

Geri Dön