Geri Dön

Thermus sp. K6' dan yeni, kriptik, küçük, çok kopyalı bir plazmitin (pHIG22) izolasyonu ve kısmi karakterizasyonu

Isolation of a novel, cryptic low molecular-weight, multicopy plasmid, pHIG22, from Thermus sp. K6 and its partial characterization

PDF İndir

  1. Tez No: 285379
  2. Yazar: HALİL İBRAHİM GÜLER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 81

Özet

Bu çalışmada, Alangüllü (Aydın) Kaplıcası'ndan alınan su ve çamurlu su örneklerinden izole edilen iki izolatın cins tayini yapılmıştır. Thermus cinsine ait olduğu belirlenen 2 bakteriden plazmit izolasyonu yapılmıştır.Thermus sp. K6 ve Thermus sp. M5 olarak adlandırılan iki izolattan yapılan plazmit izolasyonu sonucu Thermus sp. K6 bakterisinden izole edilen plazmitin tüm baz sırası elde edildi. İzole edilen plazmitin 2222 bp büyüklükte, %63 GC içeriğine sahip, çok kopyalı, cryptic bir plazmit olduğu belirlendi. İlk kez tanımlanan bu plazmit pHIG22 olarak adlandırıldı.pHIG22 için yapılan BLAST araştırmaları sonucunda, GenBank'ta herhangi bir plazmit veya diziye benzerlik elde edilemedi. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda; genom üzerinde muhtemel 5 ORF bölgesi belirlendi. Belirlenen ORF'lerden; 426 bp olan ORF-1 ve 741 bp olan ORF-2 ana zincirde, 696 bp olan ORF-3, 387 bp olan ORF-4 ve 741 bp olan ORF-5'in de tamamlayıcı zincirde olduğu belirlendi. Yapılan promotor analizi sonucu pHIG22'nin tamamlayıcı zincirinde 2 promotor bölge tespit edildi.pHIG22, pUC18 klonlama vektörü ve kanamisin kaseti birleştirilerek E.coli-Thermus shuttle vektörü oluşturuldu. pHIG22 genomundan belirli diziler PCR ile çoğaltılarak pET28a+ vektörüne klonlandı. Oluşturulan rekombinant plazmitler ile termofilik bakterilere transformasyon çalışmaları yapıldı.

Özet (Çeviri)

In this study, thermophilic bacteria of both water and mud samples were isolated from Alangullu (Aydın) hot spring. Two isolates of those were determined belongs to Thermus genus and it was examined whether they harboured plasmid or not.Plasmid content of two isolates, named Thermus sp. K6 and Thermus sp. M5, respectively, were examined. A small, novel and multicopy cryptic plasmid, named pHIG22, was isolated from Thermus sp. K6. The nucleotide sequence of pHIG22 revealed that plasmid was 2222 bp long, with a total G + C content of 63%.According to results of BLAST searches, the sequence didn?t show any similarities to any other plasmids; also the amino acid sequences of five putative open reading frames did not show similarities to those in the databases. ORF-1 426 bp long, ORF-2 741 bp long in leading strand; ORF-3 696 bp long, ORF-4 387 bp long and ORF-5 741 bp long in complementary strand were determined. Two promoter regions were predicted in complementary strand according to promotor analyses tools.E.coli-Thermus shuttle vector were constructed by using pHIG22, pUC18 cloning vector and kanamycin cassette. Desired regions from genome of pHIG22 were amplified with PCR and cloned to pET28a+ vector. Constructed recombinant plasmids were tried to transform to thermophilic bacteria.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    348353

    Termofilik Thermus sp. NCCB 100425T esterazının saflaştırılması ve biyokimyasal karakterizasyonu

    Purification and biochemical characterization of thermophilic Thermus sp. NCCB 100425T esterase

    MEHMET ALİ TEKİNCANLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MELİKE YILDIRIM AKATIN

  2. Tez No

    202086

    Ege bölgesindeki çeşitli sıcak su kaynaklarından thermus genusu bakterilerin izolasyonu, moleküler yöntemlerle identifikasyonu ve ß-galaktosidaz aktivitesinin saptanması

    Isolation and identification of the genus thermus from various hot springs in aegean region by molecular biology methods and determination of ß-galactosidase activity

    NERMİN SARIGÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RENGİN ELTEM

  3. Tez No

    324580

    Bazı jeotermal kaynaklardan termofilik bakterilerin izolasyonu ve endüstriyel öneme sahip enzimlerin belirlenmesi

    Isolation of thermophilic bacteria and determination of their industrially important enzymes from some geothermal sources in Turkey

    HATİCE AKDAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYNUR GÜL KARAHAN

    PROF. DR. MUHSİN KONUK

  4. Tez No

    447010

    Sıcak su kaynaklarından termofilik mikroorganizmalarin izolasyonu, identifikasyonu ve poli-β-hidroksibütirat üretim yeteneklerinin belirlenmesi

    Isolation of thermophilic microorganisms from hot springs, identification and determination their ability to poly-β hydroxybutyrate pruduction

    SERAP GEDİKLİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇABUK

    DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU

  5. Tez No

    120437

    Aydın yöresi jeotermal sularındaki termofilik bakterilerin incelenmesi

    An Investigation on thermophilic bacteria from geothermal waters of Aydın province

    GAMZE BAŞBÜLBÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    BiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. HALİL BIYIK

Geri Dön