Predicting the effect of hydrophobicity surface on binding affinity of pcp-like compounds using machine learning methods
Hidrofibisti yüzeylerin PCP benzeri bileşiklerin bağlanma eğilimlerine etkisini makine öğrenmesi yöntemlerinin kullanılarak öngörülmesi
- Tez No: 286262
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FERDA NUR ALPASLAN, PROF. DR. ERDEM BÜYÜKBİNGÖL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Bu çalışmada, PCP benzeri bileşiklerin bağlanma eğilimleri moleküler hidrofobisiti kullanılaraköngörülmeye çalışılmaktadır. Moleküler hidrofibisiti bir molekülün bağlanma eğilimini etkileyenönemli bir faktördür. Moleküllerin moleküler hidrofobisiti değerleri üç¸ boyutlu koordinatsisteminde elde edilmektedir. Amacımız moleküllerin hidrofobisiti yüzeyindeki noktalarınsayısını azaltmaktır. Bu nedenle bu özellik küresel örgütlemeli harita ve k-ortalamakümeleme kullanılarak modellenmektedir. Moleküllerin bağlanma eğilimlerini öngörmekiçin SOM ve k-ortalama kümeleme kullanılarak elde edilen özellik kümesi ayrı ayrı kullanılacaktır.Bağlanma eğilimlerini öngörmek amacıyla destek vektör regresyonu ve kısmien küçük kareler regresyonu kullanılacaktır.
Özet (Çeviri)
This study aims to predict the binding affinity of the PCP-like compounds by means of molecularhydrophobicity. Molecular hydrophobicity is an important property which affects thebinding affinity of molecules. The values of molecular hydrophobicity of molecules are obtainedon three-dimensional coordinate system. Our aim is to reduce the number of pointson the hydrophobicity surface of the molecules. This is modeled by using self organizingmaps (SOM) and k-means clustering. The feature sets obtained from SOM and k-means clusteringare used in order to predict binding ffinity of molecules individually. Support vectorregression and partial least squares regression are used for prediction.
Benzer Tezler
- Influence of powder and emulsion polymer addition on strength and capillary properties of cement mortars
Toz ve emülsyon polimer katkılarının çimentolu harçların dayanım ve kılcallık özelliklerine etkisi
ZEHRA KÖKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA HULUSİ ÖZKUL
- An investigation into hydrophobic micro-textured surfaces on heat transfer and surface wetting phenomenon during vapor condensation
Hidrofobik mikro-talaşlanmış yüzeylerde buhar yoğuşmasında oluşan ısı transferi ve yüzey ıslanma olgusunun incelenmesi
THAMER KHALIF SALEM SALEM
Doktora
İngilizce
2018
Makine MühendisliğiÖzyeğin ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ARIK
DR. METE BUDAKLI
- Preparation and characterization of corn zein nanocomposite coated polypropylene films for food packaging applications
Gıda ambalajı uygulamaları için mısır proteini nanokompozitleri kaplı polipropilen filmlerin hazırlanması ve karakterizasyonu
ONUR ÖZÇALIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Polimer Bilim ve Teknolojisiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU ÖZEN
PROF. DR. FUNDA TIHMINLIOĞLU
- Protein fold classification and motif retrieval methods by using the primary and secondary structures
Primer ve sekonder yapılar kullanılarak proteinlerin fold düzeyinde sınıflandırılması ve motif çıkarımı
ÖZLEM POLAT
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRAY DOKUR ÖLMEZ
- Hybrid 3D bioprinting of functionalized structures for tissue engineering
Başlık çevirisi yok
SEYEDEH FERDOWS AFGHAH
Doktora
İngilizce
2020
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiMalzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHATTİN KOÇ