Theoretical and experimental investigation of binding of small molecular weight drugs to proteins
Küçük molekül ağırlıklı ilaçların proteinler ile etkileşimlerinin teorik ve deneysel olarak incelenmesi
- Tez No: 286932
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SEDA KIZILEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Protein bağlama, İlaç maddeleri, Protein binding, Drug substances
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, küçük molekül ağırlıklı ilaçların proteinler ile etkileşimleri incelenmiştir. İlk olarak, bu etkileşimin bağlanma sabitleri teorik olarak simülasyon programıyla hesaplanmıştır. Sonrasında, ilgili bağlanma sabitleri Yüzey Plazmon Rezonansı (YPR) tekniği yardımıyla deneysel olarak belirlenmiştir. Hesaplanan teorik bağlanma sabitleri, KD, ile YPR'den alınan deneysel veriler karşılaştırılmıştır. Bu tez çalışmasında, kristal yapısı bilinen Escherichia coli (E. coli) DNA photolyase enzimi, model protein olarak kullanılmıştır. İlgili protein ve sekiz ilacın etkileşimleri, hem teorik olarak hem de deneysel olarak incelenmelerinin sonunda, iki teknikle de elde edilen verilerin benzer olduğu görülmüştür. Bu çalışmada uygulanan tekniklerin, ilaçların henüz bilinmeyen yan etkilerinin ortaya çıkartılmasında önemli olabileceği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, interaction of small molecular weight drug compounds with proteins has been characterized. The binding constants of interactions were first theoretically calculated using molecular docking simulations. Next, these interactions were experimentally investigated via Surface Plasmon Resonance (SPR). The theoretical binding constants, KD, predicted from theoretical calculations have been compared with the experimental values obtained from SPR. As a model protein, Escherichia coli (E.coli) DNA photolyase was used due to its known crystal structure. Among the eight drugs analyzed, theoretical and experimental values have shown similar binding affinities between selected drug and protein pairs. The results obtained in this study may be significant to characterize the unknown interactions of existing drugs with various proteins.
Benzer Tezler
- Floresans teknik kullanılarak farklı polimer sistemlerde ağ yapı oluşum sürecinin incelenmesi
Studying on network formation in various polymeric systems by using fluorescence technique
DEMET KAYA
Doktora
Türkçe
2004
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER PEKCAN
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Karıştırıcılar ve karıştırma kabındaki akım olaylarının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
NADİR İLTEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ÖMER SAMİH MERTBAŞ