Theoretical and experimental investigation of binding of small molecular weight drugs to proteins
Küçük molekül ağırlıklı ilaçların proteinler ile etkileşimlerinin teorik ve deneysel olarak incelenmesi
- Tez No: 286932
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SEDA KIZILEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Bu çalışmada, küçük molekül ağırlıklı ilaçların proteinler ile etkileşimleri incelenmiştir. İlk olarak, bu etkileşimin bağlanma sabitleri teorik olarak simülasyon programıyla hesaplanmıştır. Sonrasında, ilgili bağlanma sabitleri Yüzey Plazmon Rezonansı (YPR) tekniği yardımıyla deneysel olarak belirlenmiştir. Hesaplanan teorik bağlanma sabitleri, KD, ile YPR'den alınan deneysel veriler karşılaştırılmıştır. Bu tez çalışmasında, kristal yapısı bilinen Escherichia coli (E. coli) DNA photolyase enzimi, model protein olarak kullanılmıştır. İlgili protein ve sekiz ilacın etkileşimleri, hem teorik olarak hem de deneysel olarak incelenmelerinin sonunda, iki teknikle de elde edilen verilerin benzer olduğu görülmüştür. Bu çalışmada uygulanan tekniklerin, ilaçların henüz bilinmeyen yan etkilerinin ortaya çıkartılmasında önemli olabileceği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, interaction of small molecular weight drug compounds with proteins has been characterized. The binding constants of interactions were first theoretically calculated using molecular docking simulations. Next, these interactions were experimentally investigated via Surface Plasmon Resonance (SPR). The theoretical binding constants, KD, predicted from theoretical calculations have been compared with the experimental values obtained from SPR. As a model protein, Escherichia coli (E.coli) DNA photolyase was used due to its known crystal structure. Among the eight drugs analyzed, theoretical and experimental values have shown similar binding affinities between selected drug and protein pairs. The results obtained in this study may be significant to characterize the unknown interactions of existing drugs with various proteins.
Benzer Tezler
- Metiyoninyum içeren bazı bileşiklerin spektroskopik, elektronik ve doğrusal olmayan optik özelliklerinin DFT yöntemi ile incelenmesi
Investigation of spectroscopic, electronic and nonlinear optical properties of some methioninum containing compounds by DFT method
MUHAMMET OKUR
Doktora
Türkçe
2023
Fizik ve Fizik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ATALAY
- Structural dependence of protein binding and vibrational spectra of some odor molecules: Molecular docking and TD-DFT study
Koku moleküllerinin protein etkileşimlerinin ve titreşim spektrumlarının yapıya bağlılığının moleküler kenetlenme ve ZB-YFT ile incelenmesi
AYSUN SIRMA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
- Floresans yaşam zamanı kullanarak polimerik jellerin şişme mekanizmalarının incelenmesi
Investigation of swelling mechanisms of polymeric gels by using fluorescence lifetime
MATEM ERDOĞAN
Doktora
Türkçe
2003
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER PEKCAN
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Antibakteriyel etkili ofloksasin'in multispektroskopik olarak dna ile etkileşimi ve moleküler kenetlenme çalışmaları
Investigation of antibacterial drug ofloxacin interaction with dna by spectroscopic techniques and molecular docking studies
AYŞE ÖZALTAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
KimyaKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ÇEŞME