Investigation of real time DNA repair via surface plasmon resonance (SPR)
DNA tamirinin yüzey plazmon rezonansı ile gerçek zamanlı incelenmesi
- Tez No: 286940
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SEDA KIZILEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
UV ışığına maruz kalan canlıların DNA yapısında büyük değişimler görülebilir. Siklobütan primidin dimerlerin (CPD) ve 6-4 lezyonlarının oluşumu bu değişimlerin en sık gözlemlenenleridir. Bir flavoprotein alt ailesine ait olan CPD I ve II fotoliaz enzimleri DNA üzerinde UV ışığı ile hasar görmüş bu bölgelere spesifik bağlanarak, hasarlı bölgelerin tamirini üstlenir. Mavi ışık enerjisini kullanarak tek zincrili ve çift zincirli DNA'ların UV-hasarlı bölgelerini tamir eden bu protein ailesine akraba olan kriptokromlar ise DNA tamirinden çok, bitkilerde ışık reseptörü, memelilerde ise sirkadiyan saatin önemli bir bileşeni olarak metabolizma içinde görev alır. Bu bilgiye rağmen, oldukça yeni keşfedilen bir kriptokrom çeşidinin de UV ışığı ile hasarlanmış tek zincirli DNA'yı fotoliaz enzimi gibi tamir edebildiği gözlemlenmiştir. CRY-DASH adı verilen bu protein henüz yeterli miktarda araştırmaya konu olmamıştır. Bu tezde, tek zincirli ve çift zincirli DNA'nın CRY-DASH ile etkileşimi, tamir süreci Yüzey Plazmon Rezonansı (SPR) adı verilen bir teknik yardımı ile incelenmiş olup, bu etkileşimin DNA-fotoliaz enzimi etkileşimi ile karılaştırması yapılarak CRY-DASH'in DNA'ya bağlanma etkinliği ölçülmüştür. SPR sayesinde CRY-DASH'in ve fotoliaz'ın DNA anlık bağlanması, bu bağlanmanın spesifikliği kinetik parametrelerin de hesaplanması ile görülmüştür. Bu çalışma DNA üzerindeki lezyonların tamirini SPR yöntemi ile göstermesi açısından önemlidir.
Özet (Çeviri)
DNA structure can be greatly affected by UV light exposure. The cyclobutane prymidine dimer (CPD) and 6-4 lesion formations along with the specific breaks on strands are the most common type of DNA damage caused by UV irradiation. Specific to UV-damaged DNA, CPD photolyase I and II construct two subfamilies of flavoproteins, and they have recognition and repair capabilities of CPD sites on both single stranded (ssDNA) and double stranded (dsDNA) DNA with the aid of blue light energy. The other types of flavoprotein family consist of cryptochromes (CRY), and the most commonly known types act as photoreceptors in plants, or circadian rhythm regulators in animals, but lack photorepair activity. Recently, it has been found that a specific type of cryptochrome also has photorepair activity on ssDNA. This protein, called cryptochrome-DASH (CRY-DASH), is yet to be studied for its binding to DNA with newly developed techniques. In this thesis, CRY-DASH-DNA interaction was investigated using Surface Plasmon Resonance (SPR) which is a common assay to characterize protein-DNA or protein-protein interactions. Next, interaction of UV damaged and undamaged DNA with CPD photolyase was then examined and compared with the interaction of damaged/undamaged DNA and CRY-DASH. SPR shows the immediate molecular binding of DNA to the surface and confirms the specific binding of photolyase and CRY-DASH with UV treated or UV untreated DNA by providing kinetic constants of binding. This study is significant for investigation of repair of lesions in the DNA structure using SPR.
Benzer Tezler
- Investigations of the structure function relationship of cryptochrome in unicellular organisms
Tek hücreli organizmalarda bulunan kriptokrom proteininin yapı-işlev ilişkisinin araştırılması
HANDE ASIMGİL
Doktora
İngilizce
2012
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI
- İnsan umblikal ven endotel hücresinde kalsitriol ve parikalsitolün oksidatif DNA hasarı ve onarımı üzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of calcitriol and paricalcitol effects on oxidative DNA damage and repair in human umbilical vein endothelial cells
MERVE AKIŞ
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL HÜRAY İŞLEKEL
- Siklofosfamid ile indüklenerek dna hasarı oluşturulmuş civciv embriyolarında ganoderma lucidum (curtis) p.karst (ölümsüzlük mantarı)'ın XPF gen ifadesinin üzerine etkisi
The effect of ganoderma lucidum (curtis) P.karst (reishi) on XPF gene expression in chicken embryos occured dna damage by inducing vi̇a cyclophosphami̇de
İLKYAZ YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ARSLAN
- Homolog olmayan uç birleşmesi (NHEJ) DNA onarım yolağının MCF7 hücre hatlarında gelişen doksorubisin direncine etkisinin araştırılması
Investigation of impact of non-homologous end joining (NHEJ) DNA repair pathway in the development of doxorubicin resistance in MCF7 cell lines
MEHMET ALİ AYKAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ
- Pankreas kanserinde DNA hasar ve onarımının incelenmesi
Investigation of DNA damage and repair in pancreatic cancer
FERİHA ÖZKAYA
Doktora
Türkçe
2015
Moleküler TıpDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP SERCAN
PROF. DR. FATOŞ GÜLDAL KIRKALI