Geri Dön

Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)

İnterlökin 1 beta (IL-1ß) için peptid kökenli inhibitör dizaynı

PDF İndir

  1. Tez No: 297782
  2. Yazar: ECE BULUT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Peptidler, Peptides
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

İnterlökin 1 beta (IL-1ß), İnterlökin kesici enzim Kaspaz-1 (ICE) tarafından hücre içinde aktif hale getirilen önemli bir inflamatuar sitokindir. Aktivasyonla birlikte IL-1ß hücre dışına salgılanır. IL-1ß'nın yüksek dozda salınımları romatoid eklem iltihabı ve intestinal inflamasyonla ilişkilendirilmiştir. Bu yüzden L-1ß'nın bloke edilmesi bu tarz hastalıkların kontrolünde önemli rol oynamaktadır. IL-1ß'nın hücre zarına gömülü reseptörü (IL-1R) ve aksesuar proteini (IL-1RAcP) bulunmaktadır. IL-1ß'nın reseptörüne ve aksesuar proteinine bağlanmasıyla bu proteinlerin hücre içindeki kısımları birbirine yaklaşır ve daha çok IL-1ß salınımı için hazır hale gelir. Bu çalışmada aktif IL-1ß'nın inhibisyonu hesaplamalı bağlama teknikleriyle incelenmiştir. IL-1ß'nın reseptörüne bağlanırken aktif özellik gösteren kısımları bağlanma noktası olarak seçilmiştir. Uygun inhibitor adayı bulmak için yaygın olarak kullanılan Genetik Algoritma ve Saklı Markov Modeline dayalı Viterbi Algoritması bağlanma enerjileri ve yapısal özellikleri dikkate alınarak hedef protein üzerine uygulanmıştır. Sonuç olarak, Genetik Algoritma yardımıyla üçlü ve beşli peptid adayları ve Viterbi Algoritması yardımıyla otuz adet yedili peptid adayı bulunmuştur. En uygun adayı bulmak için seçilen peptid dizilimleri Moleküler Dinamik Simülasyonlarından hesaplanan bağlanma enerjileri yardımıyla tekrar elenmiştir. En muhtemel adayların IL-1?'yı da inhibe ettiği gözlemlenmiştir. Ligandların kopma süreçleri atom bazında incelenerek olasılık dağılımları gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Interleukin 1 beta (IL-1ß) is a pro-inflammatory cytokine which is activated intracellularly by the cleavage of Caspase-1 (Interleukin converting enzyme, ICE). Upon activation, IL-1ß is secreted to the extracellular region. Increased expression of IL-1ß is associated with several diseases such as rheumatoid arthritis and intestinal inflammation. Thus in controlling these kinds of diseases, blocking IL-1ß has great importance. IL-1ß has an embedded receptor (IL-1R) and an accessory protein (IL-1RAcP) in the cell surface. IL-1ß binds to its receptor and to the accessory protein which juxtaposes the intracellular domains of its receptors and causes more expression of IL-1ß. In this study, inhibition of active IL-1ß has been studied extensively by using computational docking tools and techniques. Binding residues of IL-1ß to its receptor were accepted as docking regions. Genetic Algorithm (GA) and Viterbi algorithm (VA) based on the Hidden Markov Model were applied to obtain the most suitable inhibitor candidate by considering its binding free energy and secondary structure conformation. As a result, tripeptide and pentapeptide candidates from Genetic Algorithm and thirty heptapeptide candidates from the Viterbi Algorithm were obtained. Elimination of the candidates was achieved by Molecular Dynamics Simulations by calculating binding free energies of the ligands. Most potent inhibitor for IL-1ß was observed to inhibit IL-1? as well. The unbinding process of ligands was investigated and their probability distribution graphs were examined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1010656

    Kalsinörin proteinini hedefleyerek kandidiyaz hastalığının tedavisine yönelik peptit tabanlı moleküllerin bilgisayar ortamında tasarımı

    In silico design of peptide-based molecules targeting calcineurin protein for the treatment of candidiasis

    YAĞMUR DİCLE ALTUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY

  2. Tez No

    297789

    De novo peptide design strategies

    Peptid dizayn stratejileri

    EVRİM BESRAY ÜNAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Mühendislik BilimleriKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  3. Tez No

    420459

    Protein katlanma yolaklarının engellenmesiyle kanser mekanizmasının inhibe edilmesi için Hsp70 substrat bağlanma bölgesine spesifik inhibitör dizaynı.

    Designing specific Hsp70 substrat binding domain inhibitor for perturbing protei̇n folding pathways to inhibit cancer mechanism.

    KÜBRA AÇIKALIN COŞKUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSA GÖKÇE

    PROF. DR. YUSUF TUTAR

  4. Tez No

    297800

    Beta-lactamase binding to BLIP and BLIP based peptides

    Beta-laktamazın BLIP?e ve BLIP bazlı peptite bağlanması

    ASLIGÜL DOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  5. Tez No

    989964

    Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations

    Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması

    MERVE YÜCE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

Geri Dön