Geri Dön

Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)

İnterlökin 1 beta (IL-1ß) için peptid kökenli inhibitör dizaynı

PDF İndir

  1. Tez No: 297782
  2. Yazar: ECE BULUT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

İnterlökin 1 beta (IL-1ß), İnterlökin kesici enzim Kaspaz-1 (ICE) tarafından hücre içinde aktif hale getirilen önemli bir inflamatuar sitokindir. Aktivasyonla birlikte IL-1ß hücre dışına salgılanır. IL-1ß'nın yüksek dozda salınımları romatoid eklem iltihabı ve intestinal inflamasyonla ilişkilendirilmiştir. Bu yüzden L-1ß'nın bloke edilmesi bu tarz hastalıkların kontrolünde önemli rol oynamaktadır. IL-1ß'nın hücre zarına gömülü reseptörü (IL-1R) ve aksesuar proteini (IL-1RAcP) bulunmaktadır. IL-1ß'nın reseptörüne ve aksesuar proteinine bağlanmasıyla bu proteinlerin hücre içindeki kısımları birbirine yaklaşır ve daha çok IL-1ß salınımı için hazır hale gelir. Bu çalışmada aktif IL-1ß'nın inhibisyonu hesaplamalı bağlama teknikleriyle incelenmiştir. IL-1ß'nın reseptörüne bağlanırken aktif özellik gösteren kısımları bağlanma noktası olarak seçilmiştir. Uygun inhibitor adayı bulmak için yaygın olarak kullanılan Genetik Algoritma ve Saklı Markov Modeline dayalı Viterbi Algoritması bağlanma enerjileri ve yapısal özellikleri dikkate alınarak hedef protein üzerine uygulanmıştır. Sonuç olarak, Genetik Algoritma yardımıyla üçlü ve beşli peptid adayları ve Viterbi Algoritması yardımıyla otuz adet yedili peptid adayı bulunmuştur. En uygun adayı bulmak için seçilen peptid dizilimleri Moleküler Dinamik Simülasyonlarından hesaplanan bağlanma enerjileri yardımıyla tekrar elenmiştir. En muhtemel adayların IL-1?'yı da inhibe ettiği gözlemlenmiştir. Ligandların kopma süreçleri atom bazında incelenerek olasılık dağılımları gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Interleukin 1 beta (IL-1ß) is a pro-inflammatory cytokine which is activated intracellularly by the cleavage of Caspase-1 (Interleukin converting enzyme, ICE). Upon activation, IL-1ß is secreted to the extracellular region. Increased expression of IL-1ß is associated with several diseases such as rheumatoid arthritis and intestinal inflammation. Thus in controlling these kinds of diseases, blocking IL-1ß has great importance. IL-1ß has an embedded receptor (IL-1R) and an accessory protein (IL-1RAcP) in the cell surface. IL-1ß binds to its receptor and to the accessory protein which juxtaposes the intracellular domains of its receptors and causes more expression of IL-1ß. In this study, inhibition of active IL-1ß has been studied extensively by using computational docking tools and techniques. Binding residues of IL-1ß to its receptor were accepted as docking regions. Genetic Algorithm (GA) and Viterbi algorithm (VA) based on the Hidden Markov Model were applied to obtain the most suitable inhibitor candidate by considering its binding free energy and secondary structure conformation. As a result, tripeptide and pentapeptide candidates from Genetic Algorithm and thirty heptapeptide candidates from the Viterbi Algorithm were obtained. Elimination of the candidates was achieved by Molecular Dynamics Simulations by calculating binding free energies of the ligands. Most potent inhibitor for IL-1ß was observed to inhibit IL-1? as well. The unbinding process of ligands was investigated and their probability distribution graphs were examined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    312122

    Understanding the membrane penetration of antimicrobial peptides

    Antimikrobiyal peptitlerin hücre zarina giriş mekanizmasinin incelenmesi

    BEGÜM ALAYBEYOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  2. Tez No

    246028

    Investigation of beta-lactamase ligand binding in vivo and in silico

    Beta-laktamaz ligand bağlanmasının hücre içinde ve hesaplamalı olarak incelenmesi

    PINAR KANLIKILIÇER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. AMABLE HORTAÇSU

    YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  3. Tez No

    420459

    Protein katlanma yolaklarının engellenmesiyle kanser mekanizmasının inhibe edilmesi için Hsp70 substrat bağlanma bölgesine spesifik inhibitör dizaynı.

    Designing specific Hsp70 substrat binding domain inhibitor for perturbing protei̇n folding pathways to inhibit cancer mechanism.

    KÜBRA AÇIKALIN COŞKUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyokimyaGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSA GÖKÇE

    PROF. DR. YUSUF TUTAR

  4. Tez No

    297789

    De novo peptide design strategies

    Peptid dizayn stratejileri

    EVRİM BESRAY ÜNAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Mühendislik BilimleriKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    856583

    SCARA5 reseptörünün SRCR bölgesinin hesaplamalı yapısal modellenmesi ve bilgisayar temelli ilaç tasarım yöntemi kullanılarak geliştirilecek reseptör bloker'ının MCF-7 insan meme kanser hücre hattındaki sitotoksik etkilerinin in vitro araştırılması

    Computational structural modelling of the SRCR region of the SCARA5 receptor and in vitro investigation of the cytotoxic effects of a receptor blocker developed by using computer-based drug design method in MFC7 human breast cancer cell line

    ORHAN KOÇAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ECE ŞİMŞEK

Geri Dön