Integrated analysis of drug resistance in Saccharomyces cerevisiae and identification of key transcription factors involved in drug resistance
Saccharomyces cerevısiae?da ilaç direncinin bütünleştirilmiş analizi ve ilaç direncine dahil olan anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
- Tez No: 297802
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Bu çalışmada, ilaç direnç genleri QDR3 ve PDR3'ün, kaybına tepki olarak görülen değişiklikleri sistem düzeyinde değerlendirmek için, glikoz veya amonyum limitli sürekli kültürlerde büyütülmüş üç homozigot delesyon mutantının, ?qdr3/?qdr3, ?pdr3/?pdr3 ve ?ho/?ho, transkriptom verileri incelenmiş ve bu veriler metabolom verileri ve akı dağılımları ile bütünleştirilmiştir. İlaç direncini kontrol eden etmenleri anlayabilmek için, söz konusu genetik ve çevresel pertürbasyonlara tepki veren anahtar yazılım etmenleri belirlenmiştir. Farklı omiks verileri arasındaki örtüşmeler, QDR3 delesyon suşunda glikoz limitasyonunda, karbon kaynaklarının kullanımında olası bir yetmezliği açığa çıkarmıştır. Bu yetmezlikten sorumlu olabilecek genler, ilaç direnci genleri ile solunum genleri arasındaki protein-protein etkileşimlerinin saptanması aracılığı ile olduğu gibi, ayrımsal gen anlatımına sahip olan yazılım etmenlerinin saptanması aracılığı ile de belirlenmiştir. Transkriptom analizi, QDR3'ün farklı bir etki mekanizmasının olabileceğine işaret etmiş ve anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi, QDR3 aktivitesi ile demir iyonu taşınması arasında belirlenmemiş bir ilişki olduğunu önermiştir. Anahtar yazılım etmenlerinin analizi, hem ilaç direnci genlerinin delesyonuna hem de besinsel ortamdaki değişikliklere verilen yanıtın aydınlatılmasına katkıda bulunmuştur. QDR3 yokluğunda ve glikoz sınırlandırmalı ortamlarda maya metabolizmasında görülen değişimler ile oksidatif stress arasında bir ilişki bulunduğu, pertürbasyonlara yanıt veren altağların oluşturulmasıyla saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the transcriptome data from the three homozygous deletion mutants, ?qdr3/?qdr3, ?pdr3/ ?pdr3, and ?ho/?ho, of Saccharomyces cerevisiae grown in glucose or ammonium limited continuous cultures were investigated and integrated with the metabolome data and the flux distributions in order to evaluate system based changes in response to the loss of drug resistance genes, QDR3 and PDR3. Key transcription factors responsive to the respective genetic and environmental perturbation cases were identified to be able to understand the dynamic regulation of drug resistance. The overlaps between different omics data revealed a possible deficiency in QDR3 deletion strain in the utilization of carbon sources under glucose limitation. The genes, which may be affected from that deficiency, were determined through the identification of differentially expressed transcription factors as well as the protein-protein interactions between the drug resistance genes and the respiratory genes. The transcriptome analysis indicated the presence of an alternative mechanism for the QDR3 functioning, and revealed also an undetermined relation between QDR3 activity and iron ion transport through the identification of key transcription factors. The analysis of key transcription factors shed light on the responses to the deletion of the drug resistance genes, and also to the changes in the nutritional environment. The alterations in the yeast metabolism in the absence of QDR3 gene could be attributed to oxidative stress under glucose limitation through the construction of perturbation responsive subnetworks.
Benzer Tezler
- Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer
Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi
ÖZGE TATLI
Doktora
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- A lab-on-a-chip system integrating dielectrophoretic detection and impedance counting units for chemotherapy guidance in leukemia
Kemoterapinin yönlendirilmesini sağlayacak dielektroforetik teşhis ve empedans sayma birimlerinin entegre edildiği çip-üstü-laboratuvar sistemi
YAĞMUR DEMİRCAN YALÇIN
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK KÜLAH
- LNCaP hücrelerinde makrofaj kaynaklı enflamatuar çevresel stresle indüklenen entegre stres yanıtının tümör progresyonu ve antiandrojen terapötik yanıtları üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of M1 polarized macrophages-mediated inflammatory environmental stress induced integrated stress response on tumor progression and antiandrogen therapeutic efficacy in LNCaP cells
FATİH HUNÇ
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaKocaeli ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELTEM ÖZLEN DİLLİOĞLUGİL
DR. ÖĞR. ÜYESİ KEREM TEKE
- Membrane protein-based in vitro methods
Zar protein-tabanlı in vitro metotlar
FATİH İNCİ
Doktora
İngilizce
2013
Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK
- DEVELOPMENT OF MICROFLUIDIC BASED SINGLE CELL CAPTURING SYSTEMS FOR EARLY DETECTION OF DISEASES
Erken teşhise yönelik mikroakışkan tabanlı tek hücre yakalama sistemlerinin geliştirilmesi
EMRE ALTINAĞAÇ
Doktora
İngilizce
2020
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN KIZIL