Integrated analysis of drug resistance in Saccharomyces cerevisiae and identification of key transcription factors involved in drug resistance
Saccharomyces cerevısiae?da ilaç direncinin bütünleştirilmiş analizi ve ilaç direncine dahil olan anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
- Tez No: 297802
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Bu çalışmada, ilaç direnç genleri QDR3 ve PDR3'ün, kaybına tepki olarak görülen değişiklikleri sistem düzeyinde değerlendirmek için, glikoz veya amonyum limitli sürekli kültürlerde büyütülmüş üç homozigot delesyon mutantının, ?qdr3/?qdr3, ?pdr3/?pdr3 ve ?ho/?ho, transkriptom verileri incelenmiş ve bu veriler metabolom verileri ve akı dağılımları ile bütünleştirilmiştir. İlaç direncini kontrol eden etmenleri anlayabilmek için, söz konusu genetik ve çevresel pertürbasyonlara tepki veren anahtar yazılım etmenleri belirlenmiştir. Farklı omiks verileri arasındaki örtüşmeler, QDR3 delesyon suşunda glikoz limitasyonunda, karbon kaynaklarının kullanımında olası bir yetmezliği açığa çıkarmıştır. Bu yetmezlikten sorumlu olabilecek genler, ilaç direnci genleri ile solunum genleri arasındaki protein-protein etkileşimlerinin saptanması aracılığı ile olduğu gibi, ayrımsal gen anlatımına sahip olan yazılım etmenlerinin saptanması aracılığı ile de belirlenmiştir. Transkriptom analizi, QDR3'ün farklı bir etki mekanizmasının olabileceğine işaret etmiş ve anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi, QDR3 aktivitesi ile demir iyonu taşınması arasında belirlenmemiş bir ilişki olduğunu önermiştir. Anahtar yazılım etmenlerinin analizi, hem ilaç direnci genlerinin delesyonuna hem de besinsel ortamdaki değişikliklere verilen yanıtın aydınlatılmasına katkıda bulunmuştur. QDR3 yokluğunda ve glikoz sınırlandırmalı ortamlarda maya metabolizmasında görülen değişimler ile oksidatif stress arasında bir ilişki bulunduğu, pertürbasyonlara yanıt veren altağların oluşturulmasıyla saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the transcriptome data from the three homozygous deletion mutants, ?qdr3/?qdr3, ?pdr3/ ?pdr3, and ?ho/?ho, of Saccharomyces cerevisiae grown in glucose or ammonium limited continuous cultures were investigated and integrated with the metabolome data and the flux distributions in order to evaluate system based changes in response to the loss of drug resistance genes, QDR3 and PDR3. Key transcription factors responsive to the respective genetic and environmental perturbation cases were identified to be able to understand the dynamic regulation of drug resistance. The overlaps between different omics data revealed a possible deficiency in QDR3 deletion strain in the utilization of carbon sources under glucose limitation. The genes, which may be affected from that deficiency, were determined through the identification of differentially expressed transcription factors as well as the protein-protein interactions between the drug resistance genes and the respiratory genes. The transcriptome analysis indicated the presence of an alternative mechanism for the QDR3 functioning, and revealed also an undetermined relation between QDR3 activity and iron ion transport through the identification of key transcription factors. The analysis of key transcription factors shed light on the responses to the deletion of the drug resistance genes, and also to the changes in the nutritional environment. The alterations in the yeast metabolism in the absence of QDR3 gene could be attributed to oxidative stress under glucose limitation through the construction of perturbation responsive subnetworks.
Benzer Tezler
- The effects of story telling and role playing on young learners' vocabulary learning and retention
Hikaye anlatım ve rol oynama yöntemlerinin genç öğrenicilerin kelime öğrenimi ve hatırlamasına etkileri
OSMAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Eğitim ve ÖğretimNecmettin Erbakan ÜniversitesiYabancı Diller Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN ÇAKIR
- Bilişim sistemleri ve hava kuvvetleri komutanlığında bilişim sistemi uygulamaları
Information systems and their applications in the air forces command
AYKUT ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Bilgi ve Belge Yönetimiİstanbul Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ MURAT FERMAN
- Kamu kurumu niteliğinde meslek kuruluşlarında süreç yönetimi: Denizli Ticaret Odası'nda uygulanması
Process management in professional organisations with public institution status: Application in Denizli Chamber of Commerce
BİLGE TEKİN
- Türev finansal araçlar ve muhasebeleştirilmesi
Derivative financial instruments and accounting
EMİN KURTCEBE