Kolorektal kanserli hastalarda p16 tümör supressor genindeki promotor metilasyonu ve H3Lys9 metilasyonunun araştırılması
Investigation of p16 tumor supprssor gene promoter methylation and H3Lys9 metylation in colorectal cancer patients
- Tez No: 304411
- Danışmanlar: PROF. DR. NEJAT DALAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
DNA metillenmesi ile histon modifikasyonları (asetillenme, metillenme, fosforillenme gibi) gen ifadesini etkileyen epigenetik mekanizmalardır ve geri dönüşümlüdür. DNA metillenmesi ve histon metillenmesinin gen baskılanmasında birlikte rol aldıkları konusunda bilgiler artmaktadır. Ancak bu etkileşim mekanizması tam olarak aydınlatılmamıştır. Genomun geniş çaplı hipometillenmesi genom kararsızlığına yol açarken, belli kanserle ilişkili genlerin promotor bölgelerinde CpG adacıkları olarak adlandırılan noktalarda meydana gelen hipermetillenme bu genlerin susturulmasına yol açar. Hücre döngüsünün kontrolünde önemli rol oynayan siklin-bağımlı kinaz (CDK) engelleyici p16 bu genlerden biridir. Kromatinin yapısı gen ifadesi kontrolünde önemlidir. Kromatinin temel tekrarlayan yapısını oluşturan nukleozomların bileşenleri olan histonların metillenmesi gen ifadesini pozitif veya negatif yönde etkileyebilir. Çalışmamız kolorektal kanseri konu almıştır. Çalışmaya 71 hasta dahil edilmiş, sözkonusu parametreler normal ve tümörlü dokularda karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. DNA metillenmesi kantitatif olarak belirlenirken; histon metillenmesi kromatin immun çöktürme yöntemi ile tayin edilmiştir. DNA metillenmesinin belirlenmesinde öncelikle tümör ve normal dokudan izole edilen DNA'lar sodyum bisülfit yöntemiyle modifiye edilmiş daha sonra uygun tasarlanmış primer ve problar kullanılarak metillenme nicel olarak saptanmıştır. Histon metillenmesinin belirlenmesinde ise tümör ve normal dokudan, H3Lys9'un mono, -di ve trimetillenmiş türlerine özgü antikorlar kullanılarak çöktürülen kromatin fragmentleri PCR ile analiz edilmiştir. Hastaların 38'inde, tümör dokusunda normal dokuya göre daha yüksek oranda p16 promotör metillenmesi saptanmıştır. Ortanca metillenme değeri tümör dokusu için 24, normal doku için 3,5 olarak bulunmuş ancak tümör dokusu ile normal doku metillenme değerleri karşılaştırıldığında istatistiksel açıdan anlamlı bir fark gözlenmemiştir. H3K9'da mono, -di ve tri metillenme düzeylerinin normal doku ve tümor dokusunda benzer olduğu saptanmıştır. H3Lys9 monometillenmesi için ortanca değer tümör ve normal doku için sırasıyla 0,112 ve 0,08'dir. Dimetillenme için ortanca değer aynı sırayla 0,187 ve 0,325; trimetillenme için ise 0,257 ve 0,234 olarak hesaplanmıştır. İstatistiksel olarak tümör ve normal doku H3Lys9 metillenme değerleri arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır.
Özet (Çeviri)
DNA methylation and histone modifications are major epigenetic mechanisms that can affect gene expression. Epigenetic changes are reversible, and provide attractive targets for therapeutic intervention. New findings indicate that DNA and histone methylation act in concert in gene silencing, but the mechanism of this interaction is not fully elucidated. Aberrations in methylation contribute to carcinogenesis. Genome-wide hypomethylation can lead to genomic instability whereas in cancer cells methylation of the promoter regions of tumor suppressor genes inactivate these genes. Inactivation of the cyclin-dependent kinase inhibitor p16 by hypermethylation has been observed in many cancers, leading to disruption of cell cycle regulation and providing a growth advantage to affected cells. Chromatin structure plays an integral role in the control of the gene expression. Methylation of histones modulates chromatin structure by stimulating or inhibiting binding of specific proteins. In this study we investigated DNA and histone methylation of the p16 tumor suppressor gene in colorectal cancer. 71 patients were included the study. DNA methylation by real-time PCR and histone methylation was detected by chromatin immunoprecipitation. DNA samples from tumor and normal tissue were modified using sodium-bisulphide and methylation was analyzed quantitatively using appropriate probes and primers. In the chromatin immunoprecipitation assay, DNA-associated proteins were incubated with specific antibodies (for ?mono, -di and trimethylation) and the antibody-antigen complexes were captured. The protein complement of the immune complexes was digested away and the DNA was analyzed by PCR. Promoter methylation levels were higher in the tumor tissue compared to normal tissue in 38 patients. For tumor and normal tissues, the median values were 24 and 3,5 respectively. No statistical difference was observed between tumor and normal tissue samples. H3K9 ?mono, -di, and trimethylation levels were similar in the normal and tumor tissues. The median values for mono-, di- and trimethylation were 0,112, 0,08; 0,187, 0,325 and 0,257, 0,234 for tumor and normal tissue samples respectively. No difference was found between tumor and normal tissues H3Lys9 methylation.
Benzer Tezler
- Kolorektal karsinoma tanısı alan hastalarda KRAS, BRAF onkogen yapısal mutasyonları ve bazı tümör süpresör genlerin (HIC-1, P16, DAPK1, SFRP2 ve MGMT) dokuya özgü metilasyon profillerinin karşılaştırılması
Comparision of KRAS, BRAF oncogene mutations and tissue spesific promoter hypermethylation of some tumor suppressor genes (HIC-1, P16, DAPK1, SFRP2 and MGMT)
BİNNUR KÖKSAL
- Mide ve kolorektal kanserli hastalarda p16, MDMd2 gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Investigation of p16, MDM2 gene polymorphisms in gastric and colorectal cancer patients
GÜLAY TUNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN YAYLIM ERALTAN
- Gastrointestinal kanserli hastalarda APC, p16 ve RASSF1A genlerinin metilasyon profillerinin araştırılması
Investigation of methylation profiles of APC, p16 and RASSF1A genes in patients with gastrointestinal cancer
BERİL ERDEM
- Kolorektal kanserli hastalarda hox 2C ve hox 4B homeobox genlerin transkripsiyonlarının RT-PCR tekniği ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
M. FEVZİ POLAT
- Kolorektal kanserli hastalarda kök hücre gen ekspresyon profili ve prognostik önemi
The prognostic significance of the expression of the stemness genes ın patients with colorectal cancer
SIDIKA ÖZTOP
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN AKBULUT