Geri Dön

Model checking of apoptosis signaling pathways in lung cancers

Akciğer kanseri vakalarında apoptoz sinyal yollarının model denetlemesi

PDF İndir

  1. Tez No: 309639
  2. Yazar: MEHTAP AYFER PARLAK
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYSU BETİN CAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilişim Sistemleri Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

Model denetleme farklı alanlarda otomatik geçerleme ve analiz yapmak için yaygınolarak kullanılan bir formel geçerleme tekniğidir. Bu çalışmada bir model denetlemeyöntemini biyolojik bir sisteme uyguladık. Öncelikle akciğer kanseri vakalarındaapoptoz yani programlanmış hücre ölümü sinyal yollarını, boole değerler alabilen birağa dönüştürdükten sonra NuSMV modeline çevirdik. Bu ağı içsel ve dışsal apoptozyolları ile p53 sinyal yolunu ve akciğer kanserlerinde gözlenen p53 - DAP Kinazyolunu birleştirerek oluşturduk. Sonrasında oluşturduğumuz bu modeli, deneyselsonuçlara uygunluk açısından kontrol ettik ve akciğer kanserlerinde apoptozdinamiklerini sembolik model denetleyici NuSMV kullanarak sorguladık ve apoptozile akciğer kanseri arasındaki ilişkiyi belirledik. Son olarak bütün süreci, çevrimkuralları ve biyolojik sorgular için zamansal özellik paternleri sunarak genelledik.Böylece herhangi bir sinyal yolunun model denetleme sürecinin otomatizeedilebilmesine zemin hazırladık.

Özet (Çeviri)

Model checking is a formal verification technique which is widely used in differentareas for automated verification and analysis. In this study, we applied a ModelChecking method to a biological system. Firstly we constructed a single-cell,Boolean network model for the signaling pathways of apoptosis (programmed celldeath) in lung cancers by combining the intrinsic and extrinsic Apoptosis pathways,p53 signaling pathway and p53 - DAP Kinase pathway in Lung cancers. Wetranslated this model to the NuSMV input language. Then we converted knownexperimental results to CTL properties and checked the conformance of our modelwith respect to biological experimental results. We examined the dynamics of theapoptosis in lung cancer using NuSMV symbolic model checker and identified therelationship between apoptosis and lung cancer. Finally we generalized the wholeprocess by introducing translation rules and CTL property patterns for biologicalqueries so that model checking any signaling pathway can be automated .

Benzer Tezler

  1. Tez No

    805713

    Silostazol'ün yüksek glikoz seviyesine maruz kalmış glomerüller üzerindeki etkilerinin ve otofajinin bu süreçteki rolünün ex-vivo olarak incelenmesi

    Investigation of the effects of cilostazol on glomeruli exposed to high glucose levels and the role of autophagy in this occasion

    HALİL İBRAHİM SAYGI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Histoloji ve Embriyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖZDE ERKANLI ŞENTÜRK

  2. Tez No

    744983

    The computational study on the elucidation of the binding interactions and mechanism of anti-neoplastic purine derivative drugs with DNA: Molecular docking and md simulation studies

    Anti-neoplastik pürin türevi ilaçların dna etkileşimlerinin ve bağlanma mekanizmalarının moleküler kenetlenme ve md simulasyonları ile incelenmesi

    SOYKAN AĞAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

  3. Tez No

    891876

    Investigation of the role of proteoglycan PRG4A in brain regeneration and BIRC6 in idiopathic infertility using zebrafish models

    Proteoglikan PRG4A'nın beyin hasarında ve BIRC6'nın idiopatik infertilitedeki rolünün zebrabalığı modeli kullanılarak araştırılması

    UMUT ÇAĞIRAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN

    DOÇ. DR. EVİN İŞCAN

  4. Tez No

    252581

    Model checking of ambient calculus specifications against ambient logic formulas

    Çevrel cebir tanımlamalarının çevrel mantık formülleri ile model denetlemesi

    OZAN AKAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET UFUK ÇAĞLAYAN

  5. Tez No

    381029

    Data abstraction method for model checking of real-time systems

    Gerçek zamanlı sistemlerin model denetimi için veri soyutlama yöntemi

    MUSTAFA DURSUN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMİH BİLGEN

Geri Dön