Discovery of specific kinase inhibitors : Main focus on Aurora B and cSrc kinases
Aurora B ve cSrc kinazlara özgü inhibitör moleküllerin bulunması
- Tez No: 313563
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN, YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biochemistry, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Hücre içinde faaliyet gösteren kinazların denetim mekanizmalarının bozulması birçok kanser çeşidine sebep olmaktadır. Bu nedenle kinazlar kanser tedavisi için yürütülen araştırmaların ana hedeflerindendir. Bu doğrultuda hücre içi birçok yaşamsal olayı düzenleyen kinazlara özgü küçük molekül inhibitörleri geliştirilmiş ve yeni inhibitörler geliştirilmesine çalışılmaktadır. Bu projede kanser hastalığının tedavisi için Aurora B ve cSrc kinazını inhibe eden yeni ilaçların bulunması ve geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Aurora kinazlar sadece mitoz bölünme sırasında rol oynayıp bölünmeyen hücrelerde ifade edilmemesi sebebiyle kanser tedavisi için ideal hedeflerdendir ancak bu kinazını inhibe eden hiçbir ilaç henüz piyasada bulunmamaktadır. Aurora B kinaz için geliştiren ilaçların tümü kinazın aktif kısmına bağlanan ATP rekabetçi ilaçlardır bu ilaçlar az da olsa diğer yaşamsal kinazların da faaliyetini engellemektedir. Bu özgün araştırma projesinde Aurora B kinazın ve diğer 14 önemli kinazın aktif kısmına bağlanmayan ancak Aurora kinazların bu kinazları aktive eden proteinlerle bağlanma yerini hedefleyen moleküller hesaplamalı biyoloji metodları ile bulunmuş ve deneysel yöntemler ile sonuçların ümit vaat edici olduğu gösterilmiştir. İkinci bir proje olarak cSrc kinazın kendine özgü kısmı ilaç hedefi olarak belirlenmiştir. Aurora B projesinde uygulanan hesaplamalı yöntemler uygulanmıştır. Projede moleküller sadece hesaplamalı yöntemlerle bulunmuş deneysel çalışmalar yapılmamıştır. Bulunan ilaçlar özellikle cSrc kinaza bağlanmakta ve bağlanma şekli 2.çeşit kinaz sınıfına aittir.
Özet (Çeviri)
Many cancers have been associated with the deregulation of kinases that have become a prime target for cancer treatment. In this project, we aim to determine Aurora B kinase specific and cSrc kinase specific inhibitors by conducting virtual screening on ZINC database molecules. In our first project, our vision includes different binding site of drugs for the inhibition of Aurora B that have not yet been taken into account in previous reported studies. Indeed not only we aim to find the compounds that inhibit Aurora B but we also want to find drugs that are specific to Aurora B. Those molecules, which are theoretically shown to act as good inhibitors, are also verified experimentally. Promising results are obtained which display that our inhibitors cause reduction in Aurora B activity. As a second project, we identify cSrc specific inhibitors theoretically. The molecules found for cSrc are bound in the ATP pocket and extended into the allosteric site in the inactive conformation of the cSrc kinase. They are bound in conserved ATP pocket by hydrophobic interactions and resided in the allosteric site by making direct hydrogen bonds with residue GLU310. The binding mode of these inhibitors is the same as of type II kinase inhibitors. They bind to less conserved allosteric site and conserved ATP pocket simultaneously.
Benzer Tezler
- Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerindeimmünhistokimyasal ve moleküler yöntem ile ntrk füzyonu
Research of ntrk fusion by immunhistochemical andmolecular methods in non-small cell lung cancers
UBEYDULLAH ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
PatolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERDA BİR
- Identification of putative protein kinase inhibitors acting on liver cancer cells
Potansiyel protein kinaz inhibitörlerinin karaciğer kanserine karşı ilaç adayı olarak tanımlanması
EBRU BİLGET GÜVEN
Doktora
İngilizce
2012
Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- Assessing the function of chromatin modifying enzymes in medulloblastoma
Medulloblastoma'da kromatin değiştirici enzimlerin fonksiyonlarının incelenmesi
TOLGA LOKUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Akciğerin ileri evre skuamöz hücreli karsinomunda dek gen değişikliklerinin prognoz ve immünoterapi tedavisi ile ilişkisi
Dek gene rearrangement in advanced stage squamous cell carcinoma of the lung the relationship with prognosis and immunotherapy treatment
HANDE KARABAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
PatolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERDA BİR
- The role of IRE1 in metaflammation and atherosclerosis
IRE1'ın metaflamasyon ve aterosklerozdaki rolü
ÖZLEM TUFANLI
Doktora
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EBRU ERBAY