Çok amaçlı genetik algoritmalarla çoklu dizi hizalama
Multiple sequence alignment by multi-objective genetic algorithms
- Tez No: 315713
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Çoklu dizi hizalama, çok amaçlı genetik algoritma, biyoinformatik, Multiple sequence alignment, multi-objective genetic algorithm and bioinformatics
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Çoklu dizi hizalama moleküler biyoloji ve biyoinformatikte önemli bir problemdir. Bu tezde biyolojik dizilerin çoklu hizalanması genetik algoritma yardımıyla gerçekleştirilmiştir. Biyolojik diziler üzerinde işlem yapan birçok yöntem bulunmaktadır. Bu yöntemlerin birçoğu tek bir amaca ulaşmak için çalışmaktadırlar. Bazı problemlerde birden fazla amacı gerçekleştirmek gerekir. Bu gibi durumlarda tek amacı optimize eden yöntemler istenilen sonucu vermez.Bu tezde önerilen yöntem çoklu dizi hizalamayı birden fazla amaç kullanarak gerçekleştirmektedir. Yöntem daha önce geliştirilmiş yöntemlerden bu açıdan farklılık göstermektedir. Geliştirilen bu algoritma iki amaç parametresine bağlı en iyi çözüm kümesini sunmaktadır. Bu amaçlar benzerlik ve hizalama uzunluğudur. BALIBASE veritabanı üzerinde yapılan deneysel sonuçlar, önerilen yöntemin yaygın olarak kullanılan diğer yaklaşımları ClustalW ve SAGA ile karşılaştırıldığında etkili çözümler verdiği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Multiple sequence alignment is an important problem in molecular biology and bioinformatics. Multiple alignment of biological sequences using genetic algorithm was carried out in this thesis. There are many methods that operate on biological sequences. Many of these methods work to achieve a single purpose. Some problems need to perform more than one purpose. In such cases, methods are desired to optimize the sole purpose of this feature.In this thesis, using the proposed method performs more than one purpose multiple sequence alignment. The method in this respect are different from the methods developed previously. This algorithm was developed with two objectives depend on the parameter set offers the best solution. These are similarity and alignment lenght. The experimental results conducted on BALIBASE demonstrated that with repect to proposed method gives the effective solutions two well known other methods, ClustalW and SAGA.
Benzer Tezler
- Many‐objective multi‐criteria diet optimization problem
Çok amaçlı çok kriterli diyet eniyileme problemi
CUMALİ TÜRKMENOĞLU
Doktora
İngilizce
2023
Beslenme ve Diyetetikİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ŞİMA ETANER UYAR
DR. ÖĞR. ÜYESİ BERNA KİRAZ
- Accelerating molecular docking using machine learning methods
Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması
ABDULSALAM YAZID BANDE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY
- Bilgisayar destekli yapısal ve şekil optimizasyonu için algoritma geliştirilmesi
Başlık çevirisi yok
İDRİS KAREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FERRUH ÖZTÜRK
- Elektrik dağıtım sistemlerinde birey odaklı konfor öncelikli talep yönetimi için akıllı yöntem geliştirilmesi
Developing an intelligent method for the user oriented comfort based demand response studies in the electricity distribution systems
MEHMET ALİ SÖNMEZ
Doktora
Türkçe
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BAĞRIYANIK
- Architectural form exploration by soft computing: The case of post-disaster shelter
Esnek hesaplama aracılığıyla mimari biçim arayışları: Afet sonrası barınak örneği
FÜSUN CEMRE KARAOĞLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEMA ALAÇAM