Çok amaçlı genetik algoritmalarla çoklu dizi hizalama
Multiple sequence alignment by multi-objective genetic algorithms
- Tez No: 315713
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Çoklu dizi hizalama, çok amaçlı genetik algoritma, biyoinformatik, Multiple sequence alignment, multi-objective genetic algorithm and bioinformatics
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çoklu dizi hizalama moleküler biyoloji ve biyoinformatikte önemli bir problemdir. Bu tezde biyolojik dizilerin çoklu hizalanması genetik algoritma yardımıyla gerçekleştirilmiştir. Biyolojik diziler üzerinde işlem yapan birçok yöntem bulunmaktadır. Bu yöntemlerin birçoğu tek bir amaca ulaşmak için çalışmaktadırlar. Bazı problemlerde birden fazla amacı gerçekleştirmek gerekir. Bu gibi durumlarda tek amacı optimize eden yöntemler istenilen sonucu vermez.Bu tezde önerilen yöntem çoklu dizi hizalamayı birden fazla amaç kullanarak gerçekleştirmektedir. Yöntem daha önce geliştirilmiş yöntemlerden bu açıdan farklılık göstermektedir. Geliştirilen bu algoritma iki amaç parametresine bağlı en iyi çözüm kümesini sunmaktadır. Bu amaçlar benzerlik ve hizalama uzunluğudur. BALIBASE veritabanı üzerinde yapılan deneysel sonuçlar, önerilen yöntemin yaygın olarak kullanılan diğer yaklaşımları ClustalW ve SAGA ile karşılaştırıldığında etkili çözümler verdiği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Multiple sequence alignment is an important problem in molecular biology and bioinformatics. Multiple alignment of biological sequences using genetic algorithm was carried out in this thesis. There are many methods that operate on biological sequences. Many of these methods work to achieve a single purpose. Some problems need to perform more than one purpose. In such cases, methods are desired to optimize the sole purpose of this feature.In this thesis, using the proposed method performs more than one purpose multiple sequence alignment. The method in this respect are different from the methods developed previously. This algorithm was developed with two objectives depend on the parameter set offers the best solution. These are similarity and alignment lenght. The experimental results conducted on BALIBASE demonstrated that with repect to proposed method gives the effective solutions two well known other methods, ClustalW and SAGA.
Benzer Tezler
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER
- Bazı sert çekirdekli meyve türlerinde döllenme biyolojisi üzerinde yöntem çalışmaları
Başlık çevirisi yok
ATBİMOĞLU ADALET
- Cam ve plastik seraların sonbahar domates üretimi yönünden karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
ERGUN DURAN