Structure prediction of TB rPOß and its mutations binding analysis
TB rPOß geni modellenmesi ve mutasyon bağlanma analizi
- Tez No: 318409
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tüberküloz bugün hala yüksek risk sınıfında bir hastalıktır. Verem tedavisinde en yaygın kullanılan ilaç rifampisindir. Günümüzde biliyoruz ki bu ilacın TB üzerinde ki etki bölgesi RNA Polimerazdır. Yapılan araştırmalarda ne yazık ki henüz Rpoß için üç boyutlu bir kristal yapısı elde edilememiştir. Bu çalışmada DNA sekansından yola çıkılarak; üç boyutlu model oluşturulması, bu model üzerinden mutasyon dirençlerinin ölçülmesi ve sonuçlarının değerlendirilmesi hedeflenmiştir.DNA veya Amino Asit sekanslarından yararlanarak üç boyutlu modelleme yapan bir çok online tool arasından yapılan modellemeler sonucunda deneysel sonuçlara en uygun çıkan model kullanılmıştır.En iyi model bulunduktan sonra, bu model üzerinde TB mutasyonları uygulanarak yeni durumda RIF'in bağlanma enerjileri ölçülmüştür.
Özet (Çeviri)
Today Tuberculosis is a disease that is still a high-risk categories. Rifampicin is a drug that?s used common in the treatment of TB. We know that the effect of this drug in the region of RNA polymerase on TB. Unfortunately, there isn?t any three-dimensional crystal structure in the rpoß. In this study, three-dimensional model was created from DNA sequence and applied the resistance mutations of TB for computing resistance .There are many online tools for three-dimensional modeling with using DNA or amino acid sequences. And the best result of the modeling was used in studying that?s more same with the experimental results.After finding best model, the mutations were applied for computing binding energy of mutations.
Benzer Tezler
- Physics and applications of coupled cavity structures in photonic crystals
Fotonik kristallerdeki etkileşimli-kavite yapılarının fiziği ve uygulamaları
MEHMET BAYINDIR
Doktora
İngilizce
2002
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKMEL ÖZBAY
- İki boyutlu kafes parametrelerinin sınırlı veri alanlarından hesaplanması
The Calculation of the 2-D lattice parameters from short data records
NURŞEN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. AHMET HAMDİ KAYRAN
- Advancing conformal prediction with fuzzy logic and ıts extensions to system ıdentification
Konformal tahminin bulanik mantik ile geliştirilmesi ve sistem tanimlamadaki kullanimi
SALEH MSADDI
Doktora
İngilizce
2025
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUFAN KUMBASAR
- Prediction of common stock returns with financial ratios: an applied study in İstanbul Stock Exchange
Hisse senedi getirilerinin finansal oranlar ile tahmini. İ.M.K.B. üzerine uygulamalı bir çalışma
ERTAN MERTOĞLU
- Ekstrem rüzgarların yapay sinir ağları ve çoklu lineer regresyon kullanılarak kısa süreli tahmini
Short term prediction of extreme winds using artificial neural network and multiple lineer regression
MELEK AKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. AHMET ÖZTOPAL