Erzurum ili patates tarlalarından izole edilen bitki patojeni Streptomyces türlerinin tanısı ve karakterizosyonu
Identification and characterization of plant pathogenic Streptomyces species from potato fields in Erzurum province
- Tez No: 335056
- Danışmanlar: DOÇ. DR. RECEP KOTAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Erzurum, Patates uyuzu, Streptomyces, MIS, PCR, Erzurum, Scab disease, Streptomyces, MIS, PCR, PAI
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 129
Özet
Bu çalışmada; Erzurum ili patates üretim alanlarında adi uyuz hastalığına neden olan Streptomyces türlerinin tanısı ve karakterizasyonu hedeflenmiştir. Uyuz belirtileri taşıyan patates yumrularından izolasyonlar yapılmış ve Actinomycetes benzeri koloni yapısı sergileyen strainler kültüre alınmıştır. Bu strainler arasından patojenite testleri pozitif olarak değerlendirilenler klasik (spor zinciri şekli ve rengi, toksik maddelere duyarlılık, melanin ve çözünebilir pigment üretimi) ve moleküler metotlarla (Polimeraz Zincir Reaksiyonu=PCR) tanılanmıştır. Mikrobiyal tanı sistemi (MIS) kullanılarak izolatların yağ asidi metil ester profilleri belirlenmiş ve patojenite bölgelerindeki hedef genlerin (TxtAB, Nec1, TomA) varlığı araştırılmıştır. Araştırma sonucunda; toplam 114 fitopatojen Streptomyces straini elde edilmiştir. Bunlardan 47?si Streptomyces scabiei, 15?i Streptomyces bottropensis, 8?i Streptomyces stelliscabiei, 5?i Streptomyces setonii, 4?ü Streptomyces eupopascabiei, 4?ü Streptomyces violaceus, 3?ü Streptomyces puniciscabiei, 2?si Streptomyces luridiscabiei ve 2?si de Streptomyces intermedius olarak tanılanmıştır. Geri kalan 24 strainin ise tür seviyesinde tanısı yapılamamıştır. MIS ve PCR metotları ile tüm strainler cins düzeyinde Streptomyces olarak tanılanmıştır. Ayrıca S. scabiei, S. bottropensis, S. stelliscabiei ve S. europaeiscabiei strainlerinin tür düzeyinde tanıları PCR ile de desteklenmiştir. S. stelliscabiei, S. bottropensis, S. europaeiscabiei, S. violaceus, S. setonii, S. puniciscabiei, S. luridiscabiei ve S. intermedius türlerinin Türkiye için; tanılanan tüm türlerin ise Doğu Anadolu Bölgesi için patates bitkisinde yeni kayıt olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, yapılan analizler strainlerin patojenite bölgelerinde TxtAB operonu, Nec1 ve TomA genlerini sırasıyla %90, %94 ve %95 oranında ihtiva ettiğini göstermiştir. Ancak, bu genlerden bir veya birkaçı açısından noksanlık gösterebilen strainlerin de var olduğu tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, the identification and characterization of plant pathogenic Streptomyces species, which cause scab lesions in potato production areas of Erzurum province, was aimed. Isolations made from potato tubers with symptoms of scabies, and Actinomycetes-resembling bacterial colonies were cultivated. The strains with positive pathogenicity reaction were identified according to classical (spore chain and color, susceptibility to toxins, melanin and soluble pigment production) and molecular methods (polymerase chain reaction=PCR). Fatty acid methyl ester profiles of the isolates were identified using microbial identification system (MIS) and presence of target genes (TxtAB, Nec1, TomA) were investigated in pathogenicity island (PAI).As a result of the research; a total of 114 phythopathogen Streptomyces strains were obtained. Of these; 47 strains were determined as Streptomyces scabiei, 15 as Streptomyces bottropensis, 8 as Streptomyces stelliscabiei, 5 as Streptomyces setonii,4 as Streptomyces eupopascabiei, 4 as Streptomyces violaceus, 3 as Streptomyces puniciscabiei, 2 as Streptomyces luridiscabiei, and 2 as Streptomyces intermedius. The remaining 24 strains could not be identified at species level. All strains were identified as Streptomyces at genus level by MIS and PCR methods. Moreover, species level identifications of S. scabiei, S. bottropensis, S. stelliscabiei and S. europaeiscabiei strains were supported with PCR. S. stelliscabiei, S. bottropensis, S. europaeiscabiei, S. violaceus, S. setonii, S. puniciscabiei, S. luridiscabiei and S. intermedius species are first records on potato for Turkey and, all identified strains are first records on potato for Eastern Anatolia Region. In addition, the analyzes showed the existence of TxtAB operon and Nec1 and TomA genes in pathogenicity island at rates of 90%, 94%and 95%, respectively. However, it was also determined that some strains lacked one or more of these genes.
Benzer Tezler
- Erzurum ili patates üretim alanlarında bulunan bitki paraziti nematod türlerinin tespiti ve popülasyon yoğunluklarının araştırılması
Determination of plant parasitic nematode species in potato production areas of Erzurum province and investigation of their population densities
AYŞENUR ASLAN
Doktora
Türkçe
2024
ZiraatAtatürk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER ÇALMAŞUR
PROF. DR. İBRAHİM HALİL ELEKCİOĞLU
- Patates (Solanum tuberosum L.) 'de yabancı ot kontrolü için kritik periyodun belirlenmesi
Determination of the critical period of weed control in potato (Solanum tuberosum L.)
MİNE KATKAT RUŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
ZiraatAtatürk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ZENGİN
- Erzurum ili Pasinler ilçesinde patates üretim maliyeti ve tarımsal ilaç kullanımının maliyetler üzerine etkisi
Potato production cost and effects of pesticide use in Pasinler district, Erzurum province
AHMET SEMİH UZUNDUMLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. AVNİ BİRİNCİ
- Erzurum ekolojik koşullarında bazı patates (Solanum tuberosum L.) çeşitlerinin performanslarının belirlenmesi
Determination of performances of some potato (Solanum tuberosum L.) varieties in erzurum ecological conditions
ÜNLÜHAN TUFAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDOĞAN ÖZTÜRK
- Bursa ili Karacabey ilçesinde organik ve konvensiyonel şeftali üretiminin maliyetler açısından karşılaştırılması
The comparisin of the costs of organic and conventional peach production in Karacabey district, Bursa province
KORAY ER
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. AVNİ BİRİNCİ