Molecular mapping of N gene conferring resistance to root-knot nematodes in pepper
Biberde kök-uru nematoduna dayanıklılık sağlayan N geninin haritalanması
- Tez No: 342909
- Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY, PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 44
Özet
Biber (C. annuum) tarım ürünleri arasında dünya çapında büyük bir öneme sahiptir ve Türkiye biber üretimi bakımından dünya sıralamsında üçüncü sırada gelmektedir. Biber türünün ekonomik değerinin yanında, sağlıklı besin içerikleri bakımından da büyük öneme sahiptir, bu yüzden biber üretiminin arttırılması ve geliştirilmesi büyük önem arz etmektedir. Türkiye de kök uru nematodları (Meloidogyne species) biber büyümesini ve gelişmesini etkileyen en önemli biyotik faktörlerden birisidir. Kök uru nematoduna karşı dirençlilik sağlayan dominant olarak kalıtılan N geni, biber türünün 9. kromozomunda; Me1 genine 7 cM ve Me3 genine 2 cM uzaklıkta olduğu araştırmalar sonucunda tespit edilmiştir. Bu projenin amacı; N genine yakın bir konumda bulunacak ve MAS?de (Marker Assisted Selection) kullanışlı olabilecek bir makör geliştirmektir. Bu amaca ulaşabilmek için 132 SSR Hpms primeri, 230 EST-SSR markörü ve 45 kromozom 9 spesifik primeri belirlenmiştir ve bu markörler bir linkage haritası oluşturmada kullanılmıştr. SSR Hpms markörleri kapillar analizleri sonucunda 19% polimorfizim, EST-SSR markörleri 5.2% ve 9. kromozom spesifik markörler 20% polimorfizim göstermiştir. Toplama bakıldığında, kullanılan 407 adet markörün yanlızca 11.3%?i polimorfizm göstermiştir ki bu sonuçlar beklentilerin çok altındadır. Sonuç olarak, bulunan polimorfik markörler JoinMap programı ile analiz edilmiştir ve 3 adet N geni ile bağlantılı markör bulunmuştur. Bulunan markörlerden ScarPM6a N genine 3.6 cM mesafe ile en yakın olanıdır. ScarPM6bN genine 10.2 cM yakınlıkta ve ScarN N genine 22.6 cM yakınlıkta bulunmuştur. Analiz edilen bu markörler ilerde N genine sıkı bir şekilde bağlı bir markör bulmada ve kök uru nematoduna karşı yeni biber türleri geliştirme de MAS?de uygulama alanlarında kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Pepper (C. annuum) is one of the most important agricultural crops worldwide and Turkey ranks third among all countries in pepper production. Pepper species have economical and also pharmaceutical importance so, it is vital to develop different methods to increase pepper yields. The root-knot nematode (Meloidogyne species) is one of the most important biotic factors that affect pepper growth and development in Turkey. The dominantly inherited N gene which was mapped on chromosome P9, 7 cM from Me1 and 2 cM from Me3, confers resistance to pepper species against Meloidogyne species. The aim of this work was to develop a marker tightly linked to the N gene which can be used in marker-assisted selection. A total of 132 SSR Hpms primers, 230 EST-SSR markers and 45 chromosome 9 specific primers were used to a construct linkage map and find an N linked marker. Hpms SSR markers gave 19% polymorphism by capillary electrophoresis, EST-SSR markers showed 5.2% polymorphism by agarose gel electrophoresis while the chromosome 9 specific markers, yielded 20% polymorphism by fragment analyzer. When all 407 analyzed markers are considered, only 11.3% polymorphism was observed and these results were expected because we used an intraspecific population. The, polymorphic markers were mapped in a ?Carolina Wonder? X ?AZN-1? F2 population and analyzed with JoinMap software. Three markers were linked with the N gene. These markers are ScarPM6a (3.6 cM), ScarPM6b (10.2 cM) and ScarN (22.6 cM) which are located with same segregation group with the N gene. These markers will allow development of a marker tightly linked to the N gene which can be used in marker-assisted selection to increase the efficiency and effectiveness of pepper breeding for nematode resistance.
Benzer Tezler
- Expression, purification, and characterization of soluble recombinant TNFR1
Çözünür rekombinant TNFR1'in üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
DERYA HATİPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Role of histone variant H3.3 in transcription and mitotic progression
Histon varyantı H3.3'ün transkripsiyonda ve mitoz bölünme ilerlemesindeki rolü
AYŞEGÜL ÖRS
Doktora
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Türkiye'de endemik Turcıchondrostoma fahırae (Cyprınıformes: Leucıscıdae)'nin moleküler sitogenetik özellikleri
Molecular cytogenetic characteristics of endemic Turcichondrostoma fahirae (Cypriniformes: Leuciscidae) in Türkiye
GÜLDANE GÖZEN TAVŞAN
- Endometrium kanserinde adjuvan tedavi seçiminde sentinel lenf nodu uygulaması ve moleküler sınıflamanın birlikte kullanılması
Use of sentinel LYMPH node and molecular classification in selection of adjuvan treatment in endometrium cancer
MERVE ÖLÇENOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumOndokuz Mayıs ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM YALÇIN
- Expression, purification, and characterization of recombinant human IL-2
Rekombinant insan IL-2'nin ekspresyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu
BUSE AKGÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY