Geri Dön

A drug-gene network for understanding drug mechanism of action

ilaçların etki mekanizmalarını anlayabilmek için ilaç-gen ağı

PDF İndir

  1. Tez No: 348679
  2. Yazar: NERMİN PINAR KARABULUT
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MURAT ÇOKOL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

Genetik ve kimyasal karışıklıkların birleştirildiği kemogenomik deneyler, genotip ve fenotip arasındaki ilişkinin keşfedilmesi için veri sağlar. Bu araştırmada biz, 300 tane kimyasala karşı S. cerevisiae'daki bütün delesyon suşlarının büyüme bilgisinin içerildiği, şu ana kadar üretilmiş olan en büyük kemogenomik veriyi hesaplamalı olarak analiz ettik. Şimdiye kadarki kemogenomik veri analizlerinde hep delesyon suşlarının kimyasallara karşı duyarlılık ilişkisi incelenmiştir ki bu ilaçların etki mekanizmalarının anlaşılmasına ve ilaç hedeflerini bulmaya ışık tutar. Biz ise bunun yanında bir de delesyon suşlarının kimyasallara karşı olan 'direnç' ilişkisini inceledik. Öyle bir gen kümesi bulduk ki bu genlerin hücreden silinmesinin, maya hücresini birçok ilaca karşı dirençli kıldığını farkettik. İlginç bir şekilde, bu genlerin RNA metabolizmasıyla ilgili fonksiyonlarda tesadüfen beklenmeyecek kadar işlevi olduğunu bulduk. Bu projedeki yaklaşımımız bize ilaçların ve genlerin birbiriyle 'duyarlılık' ve 'direnç' ilişkileriyle bağlandığı bir ilaç-gen ağı oluşturmamızı sağladı. Bu ağa kalite kontrol olarak yaptığımız analizlerde, ağdaki yüksek dereceli motiflerin aslında biyolojik olarak anlam ifade ettiğini farkettik. Bununla beraber, bu ağı kullanarak ilaç benzerlikleriyle ilgili, biyolojik amaca uygun bir ağ yansıması oluşturduk, ve sonrasında bu ağı ayrıntılı olarak analiz ettik. Elde ettiğimiz bu ilaç benzerlik ağını, ilaçların etki mekanizmalarını daha iyi anlayabilmek için yararlı bir araç olarak sunuyoruz.

Özet (Çeviri)

Chemogenomics experiments, where genetic and chemical perturbations are combined, provide data for discovering the relationships between genotype and phenotype. Here, we computationally analyzed the largest chemogenomics dataset, which combines more than 300 chemicals with virtually all gene deletion strains in the yeast S. cerevisiae. Traditionally, analysis of chemogenomic datasets has been done considering the sensitivity of the deletion strains to chemicals, and this has shed light into drug mechanism of action and nding drug targets.We also considered the deletion strains which are resistant to chemicals. We found a small set of genes whose deletion makes the yeast cell resistant to many chemicals. Curiously, these genes were enriched for functions related to RNA metabolism. Our approach allowed us to generate a network of drugs and genes that are connected with resistance or sensitivity relationships. As a quality assessment, we showed that the higher order motifs found in this network make biological sense. Moreover, by using this network, we constructed a biologically relevant network projection pertaining to drug similarities, and subsequently analyzed this network projection in detail. We propose the drug similarity network as a useful tool for understanding drug mechanism of action.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    542352

    Analysis of biochemical pathway with graph based algorithms

    Biyokimyasal yolaklarda çizge teorisi algoritmalarıyla analiz

    EMİNE RAVZA GÜR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER YILMAZ

  2. Tez No

    667595

    Liquid to soft solid transition of cellulose nanocrystal suspensions in presence of micelle forming surfactants

    Selüloz nanokristal süspansiyonlarının misel oluşturan sürfaktanlar aracılığılya sıvıdan yumuşak katı formuna geçmesi

    EREN KUŞHAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ERKAN ŞENSES

  3. Tez No

    346198

    Reconstruction and structural analysis of human protein-protein interaction networks for apoptosis and inflammatory pathways and implications for cancer

    İnsandaki apoptoz ve iltihabi yolakları için protein-protein etkileşim ağlarının yapısal olarak kurulması ve incelenmesi ile bu ağların kansere etkileri

    SALİHA ECE ÖZBABACAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

  4. Tez No

    854797

    Efficient optimization algorithms for computational biology

    Hesaplamalı biyolojide etkin eniyileme algoritmaları

    OĞUZ CAN BİNATLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği ve Operasyon Yönetimi

    PROF. DR. MEHMET GÖNEN

  5. Tez No

    574511

    Integrative analysis of transcriptome data and genome-scale metabolic networks to identify candidate drug targets and drugs for Parkinson's disease

    Transkriptom verilerinin genom-ölçekli metabolik ağlarla bütünleşik analizi ile Parkinson hastalığı için ilaç ve ilaç hedefi adayları belirlenmesi

    ALİ KAYNAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyomühendislikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

Geri Dön