Geri Dön

Catastrophic evolution of trimethoprim resistance

Tri̇metoprim direnci̇ni̇n katasrofi̇k evri̇mi̇

PDF İndir

  1. Tez No: 389509
  2. Yazar: TUĞÇE ALTINUŞAK
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ERDAL TOPRAK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 121

Özet

Antibiyotik direnci büyüyen bir sağlık sorunudur bu yüzden antibiyotik direncinin moleküler temelini anlamak çok önemlidir. Patojenik bakteriler yatay gen transferi yada mutasyon kazanarak antibiyotiklere dirençli hale gelirler. En yaygın bulunan direnç mekanizmaları ise antibiyotik moleküllerinin hedef aldığı proteinlerin genleri üzerinde meydana gelen mutasyonlardır. Biz bu çalışmada, antibiyotik direncine yol açan genetik gidim izlerinin ekolojik faktörlerce nasıl değiştini araştırdık. E.coli populasyonlarını“Morbidostat”diye adlandırdığımız cihazı kullanarak trimetoprime karşı dirençli hale getirdik. Altı kültürü hafif seyreltme faktörü(~0.3 saat-1), diğer 7 kültürü ise kuvvetli seyreltme föktürü (~0.6 saat-1) kullanarak evrimleştirdik. Dört haftanın sonunda bütün populasyonlar DHFR geni üzerinde yada promotorunda oluşan mutasyonlar kazanarak adım adım trimetoprim direnci kazandılar. İlk mutasyon çoğunluka promotor bölegisinde, sonraki mutasyonlar ise DHFR' da aminoasit değişimi olarak gözlemlendi. İlk aminoasit değişimi özellikle SCA analizi sonucunda bulduğumuz sektör bölgesinde görülüldü. Ayrıca,Kuvvetli seyreltilme ile evrimleştirilen kültür populasyonlarının evrimsel gidim izleri şarşıtıcı bir şekilde heterojen ve tahminden uzaktı. Uzun süreçli klonal karışma çoğunlukla kuvvetli seyreltilme ile evremleştirilen kültürlerde mevcuttu. Böylece, Trimethoprim direncinin evriminin ekolojik faktörlerce gelen fitnes kısıtlamasına bağlı olduğu sonucuna vardık.

Özet (Çeviri)

Understanding the molecular basis of antibiotic resistance is of great importance since antibiotic resistance is an ever growing public health problem. Pathogenic bacteria can accumulate resistance against antibiotics via horizontal gene transfer and spontaneous mutations. One of the most prevalent resistance mechanisms is increased antibiotic tolerance as a result of spontaneous mutations on the enzymes that are targeted by antibiotic molecules. Here, in this study, we investigated how ecological factors influence genetic trajectories that lead to antibiotic resistance. In a custom made continuous culture device that we call the Morbidostat, we evolved several wild type Escherichia coli populations against trimethoprim where six of these populations were continuously diluted with a mild dilution factor (~0.3 hour-1) and remaining seven populations were continuously diluted with a strong dilution factor (~0.6 hour-1).At the end of four weeks, all of the populations evolved to similar levels of trimethoprim resistance in a stepwise manner by accumulating three or four mutations on the promoter and coding regions of DHFR gene. The first mutation was almost always on the promoter region and the following first amino acid replacement on the protein was chosen from the sector regions we predicted by Statistical Coupling Analysis (SCA). Strikingly, evolutionary trajectories of the populations that evolved under strong dilution were far from predictability and population structures were highly heterogeneous. Prolonged clonal interference was abundantly observed in the populations evolving under strong dilution. Our results suggest that evolution of resistance highly depend on fitness constraints imposed by ecological factors

Benzer Tezler

  1. Tez No

    665338

    Nemrut Volkanının Yapısal-Volkanolojik İncelenmesi ve Doğal Risk Potansiyelinin Belirlenmesi

    Volcano-Tectonic Investigation of Nemrut Volcano and Determination of its Natural Risk Potential

    İNAN ULUSOY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Jeoloji MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERKAN AYDAR

  2. Tez No

    202862

    Zonguldak-Kozlu kıyıötesi sahasının sığ sismik verilerinin değerlendirilmesi

    Interpretation of shallow seismic data acquired from offshore Zonguldak-Kozlu

    VEYSEL PİŞKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Deniz Bilimleriİstanbul Üniversitesi

    Deniz Jeolojisi ve Jeofiziği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEDRİ ALPAR

  3. Tez No

    838678

    17 Ağustos 1999 Marmara Depremi ile 6 Şubat 2023 Kahramanmaraş depremlerinin boylamsal analiz yöntemi ile karşılaştırılması

    Comparison of 17 August 1999 Marmara Earthquake and 6 February 2023 Kahramanmaraş earthquake through longitudinal analysis method

    MİNE FIRAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDA KUNDAK

  4. Tez No

    842476

    Deep learning approaches for hailstorm detection and forecasting using CNN and LSTM algorithms: Comparative evaluation of radar products

    Derin öğrenme yaklaşımlarıyla dolu fırtınası tespiti ve tahmini için CNN ve LSTM algoritmalarının kullanılması: Radar ürünlerinin karşılaştırmalı değerlendirmesi

    NAHİT ÇATMADIM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SİNAN ÖZEREN

  5. Tez No

    605727

    Envisioning plural futures through narratives and design

    Anlatılar ve tasarım ekseninde çoklu gelecek tahayyülleri

    ELİF GÖZDE ÖZTOPRAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. PELİN DURSUN ÇEBİ

Geri Dön