Investigation of mouth opening mechanism of Human topoisomerase I at the atomic-scale level
Human topoisomerase I'ın ağız kısmının açılma mekanizmasının atomik seviyede incelenmesi
- Tez No: 392442
- Danışmanlar: DOÇ. DR. LEVENT SARI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Human Topoisomerase I, Topotecan, Molecular Dynamics, AFM
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 45
Özet
Enzim olarak çalışan topoizomerase proteinleri, topolojik bir değişmez olan 'linking' sayısını ayarlayarak DNA topolojisini düzenleyen enzimlerdir. DNA topolojisi geometrik deformasyondan bağımsızdır, bu yüzden topolojik durumunu değistirmek için bir ya da iki iplikçiğinin kesilmesi zorunludur. Topoizomerler bu çok önemli işleri hücre içinde, özellikle DNA replikasyonu ve transkripsyonu esnasında başaran enzimlerdir. Bu çalışmada, biz DNA –topoizomer-topotekan `dan oluşan üçlü yapıdaki topoizomer enzimi kompleki üzerine equilibrium (denge) moleküler similasyonları yaptık. Moleküler Dinamik simulasyonlarımız DNA-protein kompleksine ilaç molekülü varken yapıldı ve ilaç molekülünün proteinin ağız kısmında açılmaya etkisi olup-olmadığı analiz edildi. Ayrıca, anti-kanser ilaç molekülü bu üçlü (DNA-protein-Topotecan) yapıyı stabil halde tutarken, proteinin her bir amini asidinin tek tek hareketleri incelendi. Bu hareketlerin toplam mekanizmaya etkileri çalışıldı. Bu çalışmadan elde ettiğimiz en önemli sonuç, bütün similasyon süresince topotecan molekülü, proteinle olan etkileşimi korumaktadır. Bunun sebebini araştırdığımızda, TPT ile Asp533 amino asit arasındaki etkileşinin çok önemli olduğunu gözlemledik. Bu direkt hidrojen bağ, proteinin açılmasını engellemektedir. Bu bağın kopması durumunda, proteinin açıldığını gözlemledik.
Özet (Çeviri)
The enzymes, topoisomerases (Topos) are very important enzymes that adjust topology of DNA, by changing the linking number. DNA topology of is independent of geometry and deformations. The only way to change topology is to cut one or two strands need to get the required topological states. Topos are the proteins that accomplish these crucial functions. There are two classes of topoisomerases that are distinguished by their mechanism of action. Type I enzymes alter DNA topology by generating transient single-stranded breaks in the double helix. These breaks allow the broken strand to rotate around its intact component. After the relaxation, a second esterification occurs to reverse the intermediate. Beyond the critical role that topoisomerases play in major DNA processes including replication, transcription and recombination, these enzymes are targets of some anticancer drugs. We have carried out equilibrium molecular dynamics, and analzed the simulations. The most important result of this study is the observation that the anti-cancer drug molecule topotecan keeps the lips of the enzyme closed for almost all the simulation time.The most curial interaction between topotecan and the enzyme is found to be the hydrogen bond between Asp533 and E-ring hydroxyl of drug molecule.
Benzer Tezler
- Structural and energetic investigation of effects of anti-cancer molecule topotecan on the mechanism of human topoisomerase I by means of molecular dynamics simulations
Anti-kanser molekül topotekanın human topoizomeraz I in mekanizmasına olan etkisinin yapısal ve enerjetık yönden moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
FİLİZ CAMCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiFatih ÜniversitesiFizik Bölümü
YRD. DOÇ. DR. LEVENT SARI
- Dikey dalan sıvı jeti için farklı jet çıkış geometrilerinin havalandırma miktarına etkisinin sayısal olarak incelenmesi
Investigation of the different nozzle geometries for vertical plunging water jet air entrainment with numerical methods
BURAK ALP KARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAKUP ERHAN BÖKE
DR. ZAFER GEMİCİ
- Farklı tipteki poliolefin liflerin betonun mekanik özelliklerine etkisi
The effect of polyolefin fibers on the mechanical properties of concrete
BURAK YORULMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEKİR YILMAZ PEKMEZCİ
- Betonun Mod I durumundaki göçmesine agrega konsantrasyonunun etkisi
Başlık çevirisi yok
A. FERHAT SARISU
- Çimento ile stabilize edilen zeminlerin mikromekanik ve kohesif kırılma özelliklerinin araştırılması
Investigation of micromechanical and cohesive fracture properties of cement stabilized soils
MERVE KARTAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
İnşaat Mühendisliğiİzmir Demokrasi Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAZİFE DOĞAN