Phylogenetic analysis of Colchicum L. species with chloroplast genome-specific markers
Colchicum L. türlerinin kloroplast genomuna özgü markörler ile filogenetik analizi
- Tez No: 394352
- Danışmanlar: PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 207
Özet
Colchicum türlerinin moleküler yöntemler kullanılarak taksonomik sınıflandırılmasını amaçlayan çalışmaların sayısı oldukça sınırlıdır. Colchicum türlerinin yaygın dağılımı ve çok sayıda endemik türlerin bulunması, Türkiye'nin Colchicum çeşitliliği açısından önemli bir merkez olduğunun göstergesidir. Otuz ikisi endemik 49 tür ve 16 aday türü kapsayan toplam 168 Colchicum populasyonunda, kloroplast genomuna ait trnT-trnL-trnF genler arası bölgelerin DNA dizi analiz bilgilerine göre filogenetik ilişkiler incelenmiştir. Bitki örnekleri Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü (ABKMAE - Yalova)'nden temin edilerek genomik DNA'ları izole edilmiştir. Bu çalışmada kloroplast genomunun kodlama yapmayan trnT-trnL-trnF bölgeleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) çoğaltılarak "ABI 310 Genetik Analiz Sistemi'nde dizi analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen dizi bilgileri ClustalW programı kullanılarak karşılaştırılmıştır. Tez çalışmasında yer alan ve Türkiye'nin yedi coğrafik bölgesinden toplanmış Colchicum genotiplerinin muhtemel alt gruplarını da içeren genel populasyon yapısını belirlemek amacıyla STRUCTURE (v.2.3) yazılımı kullanılmıştır. Bu gen havuzunda yer alan Colchicum genotiplerinin populasyonlar içindeki genetik varyasyonlarını ortaya koymak için GenAlEx (v.6.41) programı kullanılarak Temel Bileşen Analizi (PCA - Principal Component Analysis) gerçekleştirilmiştir. Filogenetik analiz için MEGA 6.06 programı kullanılarak Neigbour-joining temelli genetik ağaç oluşturulmuştur. PCA, STRUCTURE ve filogenetik analizler büyük uyum göstermiştir. Analizler genotipleri iki gruba ayırmıştır. En büyük farklılık C6501 (C. kurdicum (Bornm.) Stef.) ve C4207 (C. variegatum Linnaeus) populasyonları arasında 0.023 olarak bulunmuştur. Tür adayları kısmen birbirlerinden ayrılmıştır. Colchicum üzerine simdiye kadar çok az filogenetik araştırma yapılmıştır. Analizlerimiz, Colchicum türleri içindeki filogenetik boşlukları doldurmak adına önemli bilgiler sunmuş ve Colchicum cinsi hakkındaki bilgilerimizi arttırmıştır.
Özet (Çeviri)
The number of studies aimed to tackle the taxonomic classification of Colchicum species via molecular tools is extremely limited. Occurrence of the high frequencies of Colchicum species in Turkey and the elevated number of the endemics is an indication that Turkey is a major center of diversity for Colchicum. Phylogenetic relationships among 49 species, of which 32 are endemic and 16 candidate species covering 168 populations of large Colchicum genus were investigated using DNA sequence data from the chloroplast intergenic region trnT-trnL-trnF. Plant materials were obtained from Atatürk Central Horticultural Research Institute (AKMAE - Yalova) and genomic DNAs were isolated. In this study, non-coding trnT-trnL-trnF regions of chloroplast genome were amplified and PCR products were directly sequenced using“ABI 310 Genetic Analysis System”. The sequences were aligned with ClustalW software. In order to identify population structure of possible subgroups belong to Colchicum genotypes, collected from seven regions of Turkey, the software program STRUCTURE (v.2.3) was used. Principle Component Analysis (PCA) was conducted for determination of genetic variation among Colchicum genotypes by GenAlEx (v.6.41) program. For phylogenetic analysis, a Neighbor-joining based genetic tree was constructed by MEGA 6.06. PCA, STRUCTURE and phylogenetic analyses showed great consistency. The analyses clustered the genotypes into two groups. The maximum dissimilarity coefficient was found to be as 0.023 between C6501 (C. kurdicum (Bornm.) Stef.) and C4207 (C. variegatum Linnaeus). Endemic C. szovitsii Fisch. Et Mey. ssp. szovitsii was found to be the most dispersed species. Candidate species were slightly seperated from one another. So far, very few phylogenetic studies on Colchicum have been performed. Our analysis presented valu-able data to fill the gaps in phylogenetic relationships among Colchicum species and improved our knowledge of Colchicum genus.
Benzer Tezler
- Türkiye florasına ait Colchicum L. genusunun morfolojik parametreler ve DNA barkodlama sistemiyle tanımlanması
Identification of Colchicum L. genus belong to Turkey's flora by morphological parameters and DNA barcoding system
EZGİ ÇABUK ŞAHİN
Doktora
Türkçe
2016
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YILDIZ AYDİN
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Identification of Colchicum L. species of Turkey's flora by sequence analysis of nrDNA its region
Türki̇ye florasına ai̇t Colchi̇cum L. türleri̇ni̇n nrDNA its bölgesi̇ di̇zi̇ anali̇zleri̇ i̇le beli̇rlenmesi̇
SEREN METE
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Türkiye florasındaki acı çiğdem (Colchicum L.) yeni tür adaylarının karakterizasyonunda ISSR markörlerin kullanımı
Using ISSR markers for characterization of new meadow saffron (Colchicum L.) species candidates in the flora of Turkey
HAYRİYE GENİŞEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MİNE SARSAĞ GÜMÜŞ
DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN
- Molecular characterisation and association mapping with morphological data of Colchicum L. species in the flora of turkey
Türkiye florasında bulunan Colchicum L. türlerinin moleküler karakterizasyonu ve morfolojik veriler ile genom düzeyinde ilişkilendirme haritalaması
ABDURRAHMAN UMUT TÜYEL
Doktora
İngilizce
2015
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Bazı endemik Colchicum l. taksonlarının kloroplast genom dizilerinin belirlenmesi
Determination of chloroplast genome sequences of some endemic Colchicum l. taxa
OKAN ÜNLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Botanikİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL ÖZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM