Bazı endemik Colchicum l. taksonlarının kloroplast genom dizilerinin belirlenmesi
Determination of chloroplast genome sequences of some endemic Colchicum l. taxa
- Tez No: 578729
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜL ÖZ, DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Botanik, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Botanik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Colchicum bitkisi içerdiği alkaloidler nedeniyle farmasotik açıdan, araştırma çalışmalarında kullanılan laboratuvar reaktif sarfları açısından ticari değere sahip bir bitkidir ve birçok taksonu ülkemizde yaygındır. Bu çalışmada, Türkiye'ye endemik olan Colchicum taksonlarından Colchicum baytopiorum, Colchicum davisii ve Colchicum lingulatum subsp. rigescens taksonlarından elde edilen total genomu yeni nesil dizileme yöntemiyle dizilenmiş ve genomik DNA'dan kloroplast DNA'sı ayıklanmıştır. Elde edilen veriler ile kloroplast DNA'sının bitki markörleri olan bazı genler üzerinden kloroplast DNA'ları arasındaki farklar ve benzerlikleri ortaya çıkarmak, filogenetik çalışmalara ışık tutmak, yeni markörlerin ortaya çıkması için bir adım atmak hedeflenmiştir. Bu çalışmada, toplanan 3 farklı Colchicum taksonunun yaprak numunelerinden genomik DNA izolasyonu yapılmış ve Illumina HiSeq2000 yeni nesil dizileme (NGS) cihazında örnek materyallerin DNA tüm dizisi çıkarılmış ve CLC Genomics programı ile bu verilerin biyoinformatik analizi yapılmış ve yorumlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Genus Colchicum has a commercial value in terms of laboratory reagent consumables used in research studies because of the alkaloids it contains and many taxa are common in our country. In this study, some endemic taxa from Turkey; Colchicum baytopiorum (C.D.Brickell), Colchicum davisii (C.D.Brickell) and Colchicum lingulatum subsp. rigescens (K.Perss.) genome, derived from leaves, sequenced with next generation sequencing methods and genomic DNA from a chloroplast DNA has been extracted. With the obtained data, it is aimed to reveal the differences and similarities between chloroplast DNAs through some genes which are plant markers of chloroplast DNA, to shed light on phylogenetic studies and to take a step for emergence of new markers. In this study, genomic DNA was isolated from leaf samples of 3 different Colchicum taxa, and DNA whole sequence of sample materials was extracted from Illumina HiSeq2000 new generation sequencing (NGS) device and bioinformatics analysis of these data was performed with CLC Genomics program and interpreted.
Benzer Tezler
- Bazı zambak (lilium spp.) türlerinin ın vıtro çoğaltımı
In vitro propagation of some lilium (lilium spp.) speci̇es
DOĞAN GÜRSAN
- Denizli'de yayılış gösteren bazı nadir ve endemik taksonlar üzerinde palinolojik araştırmalar
Palynological studies on some rare and endemic taxa distributed in Denizli
ABOUZAR HASSANPOUR
- Türkiye florasındaki acı çiğdem (Colchicum L.) yeni tür adaylarının karakterizasyonunda ISSR markörlerin kullanımı
Using ISSR markers for characterization of new meadow saffron (Colchicum L.) species candidates in the flora of Turkey
HAYRİYE GENİŞEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MİNE SARSAĞ GÜMÜŞ
DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN
- İstanbul çevresinin bazı Colchicum türleri üzerinde morfolojik, anatomik ve sitolojik araştırmalar
Başlık çevirisi yok
ORHAN KÜÇÜKER
- Farklı Colchicum spp türlerine ait toprakların karbon ve azot mineralizasyonları ile mikrobiyal parametrelere etkisi
Effect of different Colchicum species soils on carbon and nitrogen mineralizations and microbial parameters
İPEK EKİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADIK DİNÇER