Geri Dön

SRC kinase activation investigated by computational methods

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 400446
  2. Yazar: ELİF ÖZKIRIMLI
  3. Danışmanlar: PROF. CAROL BETH POST
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Histoloji ve Embriyoloji, Radyasyon Onkolojisi, Radyoloji ve Nükleer Tıp, Histology and Embryology, Radiation Oncology, Radiology and Nuclear Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Purdue University
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Kanser Epidemiyolojisi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 150

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

The regulatory mechanism of Src tyrosine kinases includes conformational activationby a change in the catalytic domain tertiary structure and in domain-domaincontacts. Phosphorylation of Tyr416 on the activation loop and disruption of contactsbetween the catalytic domain (CD) and the regulatory SH3 and SH2 domains shiftsthe enzyme population to the activated form. This conformational activation wasinvestigated using non-equilibrium dynamics to investigate the transition pathwaybetween the active and inactive Src CD conformations in the presence or absence ofthe regulatory domains. Calculations on the isolated CD revealed an electrostatic networkof residues that switch between active and inactive conformations, thus guidingthe activation transition of the CD. The exchange between interactions couples thethree main motions of the CD: rearrangement of the activation loop (A-loop), opening/closing of the two CD lobes and movement of an helix (C). Extension of thesecalculations to include the regulatory domains showed that this switched electrostaticnetwork, in cooperation with two highly conserved residues at the CD/regulatory domaininterface, establish long-range communication between the active site and theregulatory domains. Analysis of the full-length kinase calculations showed that thelarge-scale motions of the regulatory domains (release from CD contacts) and ofthe CD (lobe-lobe opening) upon opening are governed by domain-domain contacts.These calculations also give insight into the mechanism of independent regulation bythe two regulatory domains.

Benzer Tezler

  1. Understanding the impact of phosphorylation and membrane on structure and dynamics of ras by means of molecular dynamics simulations

    Fosforilasyon ve membranın ras yapısı ve dinamikleri üzerindeki etkisinin moleküler dinamik simülasyonlarıyla anlaşılması

    METEHAN İLTER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyofizikİstanbul Medipol Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE ŞENSOY

  2. Tümör nekroz faktörü reseptör 1'in (NTFR1) sinyal iletim mekanizmasının araştırılması

    Investigation of the signal transduction mechanism of tumor necrosis factor receptor 1 (TNFR1)

    FATMA ZEHRA HAPİL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Tıbbi BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ

  3. Çeşitli bitki ekstrelerinin hücre ölüm mekanizmaları üzerine etkilerinin doku kültüründe araştırılması

    Investigation of the effects of various plant extracts on cell death mechanisms on tissue culture

    ÖZLEM DAĞDEVİREN ÖZSÖYLEMEZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA GÜL ÖZCAN

  4. Hepatosellüler karsinomda epitelial-mezenkimal transizyon sürecinde C-met sinyalizasyonu ve lncRNA hotair'ın ilişkisinin araştırılması

    Investigation of the relationship of C-MET signalization and lncRNA hotair in epithelial-mesenchymal transition of hepatocellular carcinoma

    HANDE TOPEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAFİYE NEŞE ATABEY