Bayesian and meta-analyses of cell-cycle gene expression data
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 403022
- Danışmanlar: DR. E. OLUSEGUN GEORGE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Matematik, Mathematics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıty Of Memphıs
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Özet yok.
Özet (Çeviri)
Gene expression experiments conducted under a variety of conditions can allow for concurrent tests of more than one hypothesis. It is common for such experiments to be conducted independently by different researchers, using possibly different microarray platforms. In the second and fourth chapter of this thesis, we propose a differential metaanalytic procedure to pool the data from various sources and test the relative significance of the hypotheses under consideration. The specific application made in this thesis is to 10 time-course cell-cycle experiments on fission yeast S. Pombe (Oliva et al., 2005; Peng et al., 2005; Rustici et al., 2004), and the hypotheses of interest concern the question of differential expression and periodic regulation of genes. Besides addressing the above differential meta-analysis issue, we explore how timecourse gene expression data can be used to test for periodicity. In this context, the commonly used procedures for testing include the Permutation test by de Lichtenberg et al. (2005) and the G-test by Fisher (1929), both of which are designed to evaluate periodicity against noise; however, it is possible that a given gene may have expression that is neither cyclic, nor just noise. In the third chapter, we introduce an Empirical Bayes approach to test for periodicity and compare its performance in terms of sensitivity and specificity with that of the other two methods through simulations and by application to the S. Pombe cell-cycle gene expression data. We use 'conserved' and 'cycling' genes by Lu et al. (2007) to assess the sensitivity, and CESR genes by Chen et al. (2003) to assess the specificity of our method. Kocak, M., Zhang, G., Narasimhan, G., George, E.O., Pyne, S. (2010) use George and Mudholkar' (1983) 'Difference of Two Logit-Sums' method to pool bivariate Pvalues across independent experiments, assuming independence within a pair. We propose a Bayesian approach for pooling bivariate P-values across independent experiments, which accounts for potential correlation between paired P-values. We will investigate the operating characteristics of the Bayesian method trough simulations and apply it to the S. Pombe cell-cycle data.
Benzer Tezler
- Klasik ve bayes meta analiz yöntemlerinin incelenmesi: Sağlık alanında bir uygulama
Review of classical and bayesian meta-analysis methods: An application in health field
SAMET HASAN ABACI
- Oyunlaştırılmış öğretim ileti biçimlerinin öğrencilerin akademik başarıları üzerindeki etkilerinin bayesyen ağ meta-analizi ile incelenmesi
Investigating the effects of gamified instructional delivery modes on students' academic achievement using bayesian network meta-analysis
ZERRİN DAĞLI
Doktora
Türkçe
2026
Mersin ÜniversitesiBilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Effectiveness of conceptual change strategies in science education: A meta-analysis
Fen eğitiminde kavramsal değişim stratejilerinin etkinliği: Meta-analiz
ÇAĞATAY PAÇACI
Doktora
İngilizce
2022
Orta Doğu Teknik ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Identifying Key Elements of Non-Pharmacological Treatment Package for Fibromyalgia: Evidence Synthesis and Delphi Exercise
Fı̇bromı̇yaljı̇ içı̇n Farmakolojı̇k Olmayan Tedavı̇ Paketı̇nı̇n Temel Unsurlarının Belı̇rlenmesı̇: Kanıt Sentezı̇ ve Delphi Egzersı̇zı̇
BURAK KUNDAKCI
Doktora
İngilizce
2021
The Unıversıty Of NottınghamFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Kendine zarar verme davranışı olan ve olmayan majör depresif bozukluk tanılı ergelerde akut sosyal stresin karar verme ve metakognitif süreçlere etkisi
The effect of acute social stress on decision-making and metacognitive processes in adolescents diagnosed with major depressive disorder, with and without non-suicidal self-injury
ANIL ŞAFAK KAÇAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Sağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...