Geri Dön

Applications of evolutionary bioinformatics in basic and biomedical research

Temel ve biyomedikal araştırmalarda evrimsel biyoinformatik uygulamalar

PDF İndir

  1. Tez No: 403025
  2. Yazar: OGÜN ADEBALİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. IGOR B. JOULINE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: The University of Tennessee
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 201

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

With the revolutionary progress in sequencing technologies, computational biology emerged as a game-changing field which is applied in understanding molecular events of life for not only complementary but also exploratory purposes. Bioinformatics resources and tools significantly help in data generation, organization and analysis. However, there is still a need for developing new approaches built based on a biologist's point of view. In protein bioinformatics, there are several fundamental problems such as (i) determining protein function; (ii) identifying protein-protein interactions; (iii) predicting the effect of amino acid variants. Here, I present three chapters addressing these problems from an evolutionary perspective. Firstly, I describe a novel search pipeline for protein domain identification. The algorithm chain provides sensitive domain assignments with the highest possible specificity. Secondly, I present a tool enabling large-scale visualization of presences and absences of proteins in hierarchically clustered genomes. This tool visualizes multi-layer information of any kind of genome-linked data with a special focus on domain architectures, enabling identification of coevolving domains/proteins, which can eventually help in identifying functionally interacting proteins. And finally, I propose an approach for distinguishing between benign and damaging missense mutations in a human disease by establishing the precise evolutionary history of the associated gene. This part introduces new criteria on how to determine functional orthologs via phylogenetic analysis. All three parts use comparative genomics and/or sequence analyses. Taken together, this study addresses important problems in protein bioinformatics and as a whole it can be utilized to describe proteins by their domains, coevolving partners and functionally important residues.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    737560

    Comparative whole genome sequencing and bioinformatic analysis of afreeze-thaw stress-resistant, industrial Saccharomyces cerevisiae strain

    Donma-erime stresine dirençli bir endüstriyel Saccharomyces cerevisiae suşunun karşılaştırmalı tüm genom dizileme ve biyoinformatik analizi

    BURCU TUĞBA ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  2. Tez No

    310529

    Constructing peptide (GEPI)-protein molecular hybrids by using genetic engineering methods for materials and medical applications.

    Malzeme ve medikal uygulamalar için gen mühendisliği yoluyla peptid (GEPI)-protein hibritlerin oluşması.

    DENİZ ŞAHİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANDAN TAMERLER

    PROF. DR. MEHMET SARIKAYA

  3. Tez No

    709824

    Heuristic algorithms for solving chemical shift assignment problem in protein structure determination

    Sezgisel algoritmalar ile protein yapı belirlemesindeki kimyasal kayma atama probleminin çözümü

    EMEL MADEN YILMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ŞİMA UYAR

    PROF. DR. PETER GÜNTERT

  4. Tez No

    427900

    Tuz stresi altında yetiştirilen arpa (Hordeum vulgare L.) bitkilerinde homobrassinolid etkisi

    Effect of homobrassinolide on barley (Hordeum vulgare L.) plants grown under salt stress

    SEVGİ MARAKLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI

  5. Tez No

    327269

    Minimum tepe örtüsü problemi üzerine

    On the minimum vertex cover problem

    ONUR UĞURLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MatematikEge Üniversitesi

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. URFAT NURİYEV

    YRD. DOÇ. DR. MURAT ERŞEN BERBERLER

Geri Dön