Sinarit balığı (Dentex dentex) yetiştiriciliği yapılan kuluçkalık tanklarında bakteriyel biyofilm oluşumu
Bacterial biofilm formation in common dentex (Dentex dentex) hatchery tanks
- Tez No: 411493
- Danışmanlar: PROF. DR. SÜHEYLA KARATAŞ STEINUM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu çalışmada, sinarit balığı (Dentex dentex) yetiştiriciliği yapılan kuluçkalık tanklarındaki biyofilm bakterilerinin çeşitliliği ve farklı beslenme dönemlerinde biyofilmi oluşturan bakterilerin kompozisyonundaki değişim, konvansiyonel bakteriyolojik kültür yönteminin yanı sıra pirodizilemenin kullanıldığı metagenomik bir çalışmayla tespit edilmiştir. Konvansiyonel kültür sonrası yapılan bakteriyolojik teşhiste, Pseudoalteromonas sp. türlerinin tüm örnekleme dönemi boyunca biyofilm içinde baskın olduğu gözlenmiştir. Bununla birlikte, balık patojeni olduğu bilinen ve potansiyel olarak balıklarda hastalık oluşturabilecek Listonella anguillarum, Vibrio harveyi, Vibrio tapetis ve Tenacibaculum discolor türleri de biyofilm içinden izole edilerek tanımlanmıştır. Bu patojen bakterilerin biyofilm içinde sadece kültür ile çoğaltıldıklarında tespit edilebilecek düzeyde düşük sayılarda bulunduğu sonucuna varılmıştır. Diğer taraftan kültürden-bağımsız metagenomik yaklaşımın cins çeşitliliğini daha fazla üye ile ortaya çıkardığı görülmüş ve Methylobacterium, Phycisphaera, Microscilla, Shimia, Ruegeria, Fluviicola, Phaeobacter, Donghicola, Winogradskyella, Roseobacter, Sulfitobacter, Lishizhenia, Rhodobacter, Parvibaculum, Lewinella, Marivirga ve Ochrobactrum cinslerine ait bakteriler biyofilm içinde tespit edilmiştir. Bu önemli fark, modern kültürden-bağımsız yöntemlerin kullanımının önemini ortaya koymuş ve sonuçların sadece kültür edilebilen bakterilerden oluşmasını önleyerek kuluçkalık tanklarındaki biyofilmin gerçek kompozisyonunu çok daha nesnel bir şekilde ortaya çıkarmıştır. Akuakültür sistemlerinde biyofilm oluşumu ve kompozisyonuyla ilgili olarak daha önce yapılmış çeşitli metagenomik çalışmalar olmakla birlikte, bu çalışma mevcut literatürde sinarit balıkları yetiştiriciliğinde yapılmış ilk biyofilm çalışmasıdır. Bu nedenle bu çalışmanın biyofilmlerle ilgili mevcut bilgi ve sinarit balığı yetiştiriciliğinin erken evrelerindeki kayıpların azaltılmasına yardımcı olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, the diversity of biofilm bacteria in common dentex (Dentex dentex) hatchery tanks and the biofilm´s compositional change in response to different feeding regimes, were investigated both by conventional bacteriological culturing as well as through a metagenomics approach using pyrosequencing. According to bacterial identification after conventional culturing, the biofilm samples were dominated by Pseudoalteromonas species throughout the sampling period. However, some bacterial species known as fish pathogens and potentially disease-causing bacteria such as Listonella anguillarum, Vibrio harveyi, Vibrio tapetis and Tenacibaculum discolor were also isolated and identified. Such disease causing bacteria may be present in so low numbers that they are only identifiable through culture enrichment. On the other hand, the culture-independent metagenomics approach revealed a much wider diversity with members from many genera including Methylobacterium, Phycisphaera, Microscilla, Shimia, Ruegeria, Fluviicola, Phaeobacter, Donghicola, Winogradskyella, Roseobacter, Sulfitobacter, Lishizhenia, Rhodobacter, Parvibaculum, Lewinella, Marivirga and Ochrobactrum. This significant difference illustrated the importance of using additional modern culture-independent methodology to avoid bias towards culturable bacteria thus revealing a more objective picture of the hatchery tank biofilm real composition. The formation and composition of biofilm communities in aquaculture systems has previously been investigated by metagenomics, but to the best of our knowledge this is the first biofilm study related to common dentex culture. This work will therefore contribute to current biofilm knowledge and may utimately be of help to reduce losses during the early critical stages of common dentex rearing.
Benzer Tezler
- Kültür deniz balıklarında stafilokok enfeksiyonlarının çeşitli diyagnostik metotlarla tespiti üzerine bir çalışma
A study on the detection of staphylococcal infections in cultured marine fish using various diagnostic methods
ÖZGÜR ÇANAK
Doktora
Türkçe
2017
Histoloji ve Embriyolojiİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLŞEN TİMUR
- Bazı dezenfektan maddelerinin çipura (Dparus aurata), levrek (Dicentrarchus labrax), sinarit (Dentex dentex) ve fangri (Pagrus pagrus) yumurtalarının dezenfeksiyonuna etkisi
Effect of the certain disinfectant to sea bream (Sparus aurata), sea bass (Dicentrarchus labrax), common dentex (Dentex dentex) and red porgy (Pagrus pagrus) eggs disinfection
ERKAN CAN
Doktora
Türkçe
2006
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KÜRŞAT FIRAT
- Türkiye' de kültür deniz balıklarında streptokok enfeksiyonlarının farklı diyagnostik tekniklerle tespiti
Determination of streptococcal infections in cultured marine fish by different diagnostic tecniques in Turkey
ÇİĞDEM ÜRKÜ
Doktora
Türkçe
2017
Histoloji ve Embriyolojiİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLŞEN TİMUR
- Yetiştiriciliği yapılan sinarit (Dentex dentex L.) balıklarında görülen parazitler
The parasites of cultured common dentex (Dentex dentex L.)
ESAT ÇİLLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
ParazitolojiEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EROL TOKŞEN
- Ağ kafeslerde alternatif sparıdae türlerinin; sinagrit (Dentex dentex L., 1758), sivriburun karagöz (Diplodus puntazzo cetti, 1777), kırma mercan (Pagellus erythrinus L., 1758), mırmır (Lithognathus mormyrus L., 1758), çipuraya (sparus aurata L., 1758) göre gelişim parametrelerinin karşılaştırılması
Comparison of growth performance; alternative sparidae species common dentex (Dentex dentex L., 1758), sharpsnout seabream (Diplodus puntazzo cetti, 1777), common pandora (Pagellus erythrinus L., 1758), striped seabream (Lithognathus mormyrus L.,1758) with gilthead seabream (sparus aurata L.,1758) in net cages
SAİT CENK SERT
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Bölümü
YRD. DOÇ. DR. ALİ YILDIRIM KORKUT