Konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yapraklarından SSH yöntemiyle izole edilen genlerin tanımlanması
Defining of genes isolated from conventional common bean leaves by using SSH method
- Tez No: 414169
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Dünya nüfusunun büyük bir çoğunluğu beslenme alışkanlıklarında protein ihtiyaçlarını tahıllardan sağlamaktadırlar. Bitkisel protein kaynakları arasında en fazla protein, yemeklik tane baklagillerden alınmaktadır. Fasulye, yemeklik tane baklagiller arasında ekim alanı ve üretim miktarı bakımından dünyada ilk sırayı almaktadır. Ülkemizde ise TÜİK 2014 verilerine göre 91.000 ha alandan 215.000 ton fasulye üretimi gerçekleştirilmiştir. Konvansiyonel tarım, kimyasal ilaç, gübre, hormon ve GDO'lu tohum kullanımını mümkün kılan tarımsal üretim biçimidir. Konvansiyonel tarımda amaç birim alandan maksimum verimi en ekonomik şekilde elde etmektir. Bu çalışmada konvansiyonel koşullarda yetiştirilmiş fasulye ( Phaseolus vulgaris ) bitkisinde anlatımı artan genler, organik koşullarda yetiştirilen fasulyede anlatımı artan genlerle karşılaştırılarak klonlanmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyonu(SSH) yöntemi kullanılarak, Phaseolus vulgaris yapraklarından cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Yaprak kütüphanesinden 58 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI (National Center for Biotechnology Information)'a ait GenBank veritabanıyla BlastN ve BlastP uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır. Blast sonuçları incelendiğinde elde edilen dizinlerinin; 5-metiltetrahidropteroltri-glutamat-homosistein metil transferaz, asit fosfataz, aktin, endopeptidaz, kallus proteini, sisteince zengin salım proteini, Klorofil A- B binding, Klorofil manganez stabilizasyon proteini, sitokrom, D-alanin-D-alanin ligaz, DNAj protein, ekstraselüler dermal protein, format dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz, gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz, histon, endopeptidaz, late embryogenesis abundant hydroxyproline-rich glycoprotein, metiyonin sentaz, patogenez ilişkili protein, proteaz, sintaksin, s-adenozil metiyonin dekarboksilaz, tohum olgunlaşma proteini, squamous hücreli karsinoma antijen recognized by T-cell like, tioredoksin, transkripsiyon faktörü MYB44, translationally-controlled tumor protein like, universal stress protein, vignain protein kodlayıcı genlere benzerlik gösterdiği bulunmuştur. Bulunan proteinlerin, fotosentez ve karbonhidrat metabolizmasında görev alan ve hücre yapısına katılan proteinler olduğu tespit edilmiştir. Bunlardan özellikle; gliseraldehit-3 fosfat dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz enzimleri; bitkinin karbonhidrat ve protein metabolizmasında görev almasından, tohum olgunlaşma proteini ise, bitkide embriyo gelişimini sağlamasından dolayı önemlidir.
Özet (Çeviri)
The vast majority of world population, supply their protein demand from cereals. The largest amount of protein can be obtained the granular leguminous seeds among vegetable protein sources. In terms of growth area and production amount common bean have the first place in the world among the other granular leguminous seeds which are used for cooking. According to FAO (Food and Agriculture Organization) 2009 statistics, in our country growth area and amount of production is recorded as 169.000 He and 784.000 tons respectively. Conventional agriculture is a type of agricultural production which makes it possible to use chemical pesticides, fertilizers, hormone and genetically modified seed. The goal of conventional agriculture is to gain the maximum efficiency from per unit area with the most economical way . Common bean plants grown in conventional conditions ( Phaseolus vulgaris ) in this study was done an analysis of the increasing genes. The cDNA library are established from the leaves of Phaseolus vulgaris by using Suppression Substractive hybridization (SSH) method. Sequence analysis of 58 clones from the leave library was built. Bioinformatics analyzes were carried out to be evaluated the EST sequences of the cDNA sequences. Sequences were compared by the GenBank database belonging to NCBI (National Center for Biotechnology Information) by using the BLAST and BLASTP application. Blast results indicated that 5-methyltetrahydropteroyltri-glutamate-homocysteine methyl transferase 1 isoform, acid phospatase, actin, endopeptidase, callus protein, cysteine-rich secretory protein, chlorophyll a-b binding protein, chloroplast manganese stabilizing protein-II, cytochrome P450 like TBP, D-alanine D alanine ligase, DNAj protein, extracellular dermal glycoprotein, formate dehydrogenase, fructose biphosphate aldolase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, histone, KDEL-tailes cystein endopeptidase CEP1, late embryogenesis abundant hydroxyproline-rich glycoprotein, glutathione transferase, methionine syntase, phatogenesis related protein, protease htpx, putative syntaxin-24, s-adenosylmethionine decarboxylase, seed maturation protein PM37, squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cell like, thioredoxin-like protein CDSP32, transcription factor MYB44, translationally-controlled tumor protein like, universal stress protein, vignain encoding coding genes. Especially; glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, fructose bisphosphate aldolase enzymes are important due to taking role in the plant's carbonhydrate and protein metabolism, seed maturation protein's significancy is ensuring the development of the plant's embryo.
Benzer Tezler
- Organik koşullarda yetiştirilmiş fasulyede (Phaseolus vulgaris L.) anlatımı artan genlerin SSH yöntemiyle izolasyonları
Analysis of genes isolated from common bean grown under organic conditions using SSH method
ÖZLEM TURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
DR. ESRA YÜCA
- Organik ve konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yetiştiriciliğinde tuz stresi uygulamasında aktivasyonu artan DREB2A geninin ekspresyonunun karşılaştırılması
The comparison between DREB2A gene expression of conventional and organic bean (Phaseolus vulgaris L.) farming which has increasing activity under salt stress application
NESLİHAN ŞİMŞEK KIZIL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yetiştiriciliğinde hümik asit, mikrobiyal gübre ve fosfat kayası uygulamalarının verim ve verim öğelerine etkisi
Effects of humic acid and microbiological fertilizer and phosphate rock on yield and yi̇eld components in production of field bean (Phaseolus vulgaris L.)
HAMDİ ÖZAKTAN
Doktora
Türkçe
2017
ZiraatAnkara ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMALETTİN YAŞAR ÇİFTCİ
- Farklı ıslatma koşullarının nohut, fasulye ve soya fasulyesinin belirli fiziksel özellikleri ve antibesinsel faktörleri üzerine etkisi
Effect of different soaking conditions on certain physical properties and antinutritional factors of chickpea, bean and soybean
KÜBRA KURU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiOrdu ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BEKİR GÖKÇEN MAZI
- Bazı kültür bitkilerinin ımazamox sürüklenmesine tepkisinin belirlenmesi
Determination of some crops response to simulated imazamox drift
BAYRAM USTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT KARACA