Elucidation of boron stress signaling pathways in yeast
Mayada bor stresi sinyal yolaklarının aydınlatılması
- Tez No: 418413
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET KOÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biology, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Bor sadece bitkiler için değil pek çok organizma için esansiyel bir mikrobesindir. Bor fazlalığı toksisite oluşturmaktadır ve bu toksisitenin mekanizması bilinmemektedir. Maya Saccharomyces cerevisiae çalışmada model system olarak kullanılmıştır. Bor metabolizması ile ilgili genlerin bulunması amacıyla maya genomu taranmıştır. Bulunan mutantların arasından altı bor dirençli ve sekiz bor duyarlı mutant seçilmiş ve hücrelerin bor stresiyle nasıl başa çıktıklarını anlamak amacıyla daha ileri araştırmalar yapılmıştır. Bor dirençli mutantlarda bir bor pompası olan ATR1 ve aktivatörü Gcn4 seviyelerinin arttığı bulunmuştur. Bor duyarlı mutantların ise farklı hücresel yolaklarda yer alan genleri eksiktir ve bor muamelesi ile hücre içerisinde yüksek miktarlarda bor biriktirdikleri bulunmuştur. Bor stresinin Gcn4 transkripsiyon faktörüne nasıl iletildiğini anlamak için, GCN4'ü regüle ettiği bilinen transkripsiyon faktörlerinin delesyon mutantları Gcn4 ve ATR1 ifadelenmelerine etkileri yönünden incelenmiştir. Ek olarak, Gcn4 transkripsiyon faktöründe birleşen TOR, PKA ve SNF1 gibi sinyal yolakları bor stress yanıt mekanizmasındaki rolleri yönünden analiz edilmiştir. Bor muamelesine yanıt olarak Gcn sisteminin, yüksüz tRNA stresi tarafından aktive edildiği bulunmuştur ve yüksüz tRNA'ların Gcn2'ye transferinde rol oynayan GCN1, Gcn2'nin kinaz aktivitesi için gerekmektedir. Aynı zamanda bor muamelesi, memeli hücrelerinde maya hücrelerine benzer şekilde eIF2α'nın fosfatlanmasına neden olmaktadır. Bu da bor toksisite ve tolerans mekanizmalarının maya ve memelilerde korunmuş olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Boron is an essential micronutrient not only for plants but also for many other organisms. The excess of boron causes toxicity and the mechanism of this toxicity is not known. The yeast Saccharomyces cerevisiae was used as a model system in this study. In order to reveal boron metabolism related genes, a genome-wide screen has been conducted. Among the identified mutants, six boron resistant and eight boron sensitive mutants were chosen for further investigation to understand how cells cope with boron stress. Boron resistant mutants were found to have increased levels of boron efflux pump ATR1 and its transcription activator Gcn4. The sensitive mutants were lacking the genes that are involved in different cellular pathways. They were found to accumulate higher amounts of boron inside the cells upon boron treatment. To reveal how boron stress is conducted to Gcn4 transcription factor, the deletion mutants of transcription factors that are known to regulate GCN4 were investigated in terms of their effects on Gcn4 and ATR1 expression. Additionally, signaling cascades that converge on Gcn4 transcription factor such as TOR, PKA, and SNF1 pathways were analyzed for their roles in boron stress response mechanism. We found that the Gcn system is activated by the uncharged tRNA stress in response to boron treatment and that GCN1, which plays a role in transferring uncharged tRNAs to Gcn2, was necessary for the kinase activity of Gcn2. Additionally, boron treatment caused the phosphorylation of eIF2α in mammalian cells, in a similar manner to that of yeast cells, which suggested that boron toxicity and tolerance mechanisms were conserved between yeast and mammals.
Benzer Tezler
- Puccinellia distans (Jacq.) Parl.'da boron hiperakümülasyonu ve tolerans mekanizmalarinin proteomiks yaklaşim kullanarak anlaşilmasi
Elucidation of boron hyperaccumulation and tolerance mechanisms in Puccinellia distans (Jacq.) Parl. using proteomics approach
CANTUĞ BAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANNE FRARY
- Omic analyses of stress-resistant Saccharomyces cerevisiae
Strese dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin omik analizleri
ENES FAHRİ TEZCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- Elucidation of boron tolerance mechanisms in Puccinellia distans (Jacq.) Parl. using a transcriptomic approach
Puccinellia distans (Jacq.) Parl.'da Bor Tolerans Mekanizmalarının Transkriptomik Yaklaşım Kullanarak Anlaşılması
SANİYE ELVAN ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANNE FRARY
- Balıkesir Bigadiç bor maden yataklarından bor toleransı yüksek bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Solation and characterization of the boron tolerant bacteria from samples collected from and around the Balikesir-Bigadiç boron reserves
ASLI TANRISEVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. BEKİR ÇÖL
- 2,4,6-tris[amino-hekza(hekziltiyo)ftalosiyanin]-s-triazin sentezi ve özelliklerinin incelenmesi
Synthesis and characterization of 2,4,6-tris[amino-hexa(hexylthio)phthalocyanine]-s-triazine
NAZAN OZAN