On interaction patterns in proteins
Protein etkileşim örüntüleri üzerine
- Tez No: 418629
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyofizik, Science and Technology, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilim ve Teknoloji Stratejileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteinler, hücresel faaliyetlerin gerçekleşmesinde çeşitli roller oynayan moleküler makineler gibi hareket ederler. Fizik kanunları atomik düzenlenmeler üzerinde etkilidir. Ancak proteinler, amino asit örgütlenmeleri üzerinden evrimsel bilgiyi taşırlar. Proteinlerin üç boyutlu yapısını anlamak, onların şekilleri ve fonksiyonları arasındaki güçlü bağı keşfetmek için son derece önemlidir. Bu, aynı zamanda ağ yapılarının küresel ölçüde iletişimi nasıl etkilediğini incelemek için gerekli motivasyonu sağlar. Bu tezde proteinlerin etkileşim örüntüleri, bölgesel yapılanmaları ve küresel özellikleri anlamak için çalışılmıştır. Amino asitlerin sağladığı uzaysal bilgi sayesinde karmaşık protein sistemleri basitleştirerek modellenebilir. Bu doğrultuda, proteinleri temsil edecek yapay ağlar oluşturulur.Yapay ağların proteinleri en iyi şekilde temsil etmeleri için proteinlerin ağsal özellikleri onlara atfedilir; örneğin komşuluk dağılımı ve kümelenme karakteristiği gibi. Bu aşamadan sonra oluşturulan yapay ağlar ile proteinler arasındaki farkların izi sürülerek proteinlere has özellikler araştırılır. Söz konusu başkalaşımlar proteinlerin rastgeleliğe ne kadar yakın olduklarını da gözler önüne sermekte yardımcı olurlar. Ek olarak ilk kez bu tezde tanıtılan Mutasyon-Minimizasyon (MuMi) metodu, tek nokta alanin mutasyonlarının benzetimlenmesiyle, proteinlerin rastgele oluşan doğal karışıklıklara tepkisini inceleme imkanı sunar. Yaklaşımımız, proteinlere özgü örüntüleri keşfetmeyi ve biyolojik faaliyetlerde hususi görev alan amino asitleri teşhis etmeyi mümkün kılmaktadır.
Özet (Çeviri)
Proteins act like molecular machines that perform various functions in cellular activities. The physical laws determine the rules of atomic arrangements, however the organization of amino acids in proteins inherit evolutionary information. Understanding the three-dimensional structures of proteins are crucial for the exploration of the strong relationship between structure and functionality. This provides motivation to inspect how the network structure affects communication in global scale. In this thesis, we study the interaction patterns in proteins to explore what kind of local mechanisms and global properties they inherit. Using the spatial information of amino acids, simplified models of complex molecular systems are built. We generate synthetic structures that resemble proteins in terms of network properties such as degree distribution and clustering characteristics. The differences between synthetic structures and proteins are traced to distinguish proteins from non-protein structures. Such a differentiation points out patterns that are peculiar to proteins and reveal the randomness within the proteins. We introduce the Mutation-Minimization (MuMi) method which mimics single point alanine mutation scan to investigate how proteins respond to naturally occurring random perturbations. Our approach enables us to unravel motifs that are common in protein structures and point out amino acids that have significant functional roles in biological activities.
Benzer Tezler
- Zeytinyağı endüstri atıksularının anaerobik biyolojik stabilizasyon yöntemi ile arıtılması ve kinetik model geliştirilmesi
Başlık çevirisi yok
ERSİN KASIRGA
- Physiological and genetical aspects of rhizobium cicer-chickpea symbiosis
Nohut-rhizobium cicer simbiyozunun genetik ve fizyolojik yönden incelenmesi
ESRA YILDIZ ERDAL
Yüksek Lisans
İngilizce
1994
BiyomühendislikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRDAL ALAEDDİNOĞLU
- Molecular dynamics study of macromolecular motions and polypeptide helical stabilites in solution
Başlık çevirisi yok
PEMRA DORUKER
- Farklı konakçı ağaçlar üzerinde yaşayan ökseotu (Viscum album) bitkisinde biyokimyasal analizler
Biochemical analyses in mistletoe (Viscum album) growing on different host trees
EVREN ÖNAY
- Doğu Akdeniz bölgesinden örneklenen Drosophila melanogaster populasyonlarındaki Gpdh ve In(2L)t ile ilişkili alkol dehidrogenaz (Adh) polimorfizmi ve bu polimorfizmin vücut büyüklüğü karakterleri ile olan ilişkisi
Onthe Alcohol deydrogenase (Adh) polymorphism in context of the polymorphism at Gpdh and In(2L)t, and its relation to body size traits in populations of Drosophila melanogaster from the Eastern Mediterranean region
ERGİ DENİZ ÖZSOY
