Regulation of keratin 8 during cancer cell division
Kanser hücre bölünmesinde keratin 8'in düzenlenmesi
- Tez No: 941856
- Danışmanlar: PROF. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 141
Özet
Keratinler, Tip I ve Tip II ara filamentler olarak sınıflandırılan hücre iskeleti proteinlerdir. Bu yapılar hücreye mekanik dayanıklılık ve stabilite sağlar. Ancak bu sağlam yapıların, hücre bölünmesi gibi dinamik süreçlerde nasıl düzenlendiği ve işlev gördüğü hakkında yeterli bilgi bulunmamaktadır. Hücre bölünmesinin biyokimyasını ve keratinlerin düzenlenmesini daha iyi anlamak amacıyla kanser hücre bölünmesinde keratin 8'e odaklanıldı. Keratin 8, ifade seviyesinin tümör oluşumu sırasında korunması ve farklı hücre tiplerinde gösterdiği çeşitlilik nedeniyle dikkat çeken bir adaydır. Bu filament yapılar, hücre bölünmesi sırasında, tam olarak bilinmeyen mekanizmalar yardımıyla filament olmayan kümelere ayrılmaktadır. Keratin 8'in fosforilasyona bağlı çözünürlüğünü anlamak amacıyla farklı hücre hatlarında hücre döngüsüne bağlı fosfoproteom analizi gerçekleştirildi ve hücreler arası düzenlenen fosforilasyon bölgeleri incelendi. Bu amaç doğrultusunda TiO2 fosfopeptit zenginleştirme yöntemi ile hem etiketsiz hem de dimetil etiketleme bazlı kantitatif yaklaşımlar kullanıldı. DDA, DIA ve PRM temelli kütle spektrometresi yöntemleri uygulanarak keratin 8'in hücre bölünmesi sırasında hücre tipine özgü veya hücreler arası ortak olarak düzenlenen fosforilasyon bölgeleri belirlendi ve kantitatif olarak analiz edildi. Keratinlerin işlevsel rollerini daha iyi anlamak için keratin 8 ile etkileşen proteinler immünopresipitasyon yöntemiyle araştırıldı. Keratin 8'in diğer hücre iskeleti proteinleriyle ilişkisini incelenerek mikrotübüllerle olan etkileşimine odaklanıldı ve mitozdaki rolü detaylandırıldı. Keratin 8'e bağlı mikrotübül etkileşimcilerini belirlemek için mikrotübül çöktürme metotları uygulandı. Metafaz sırasında keratin 8'in NDC80 kompleksi ile olan ilişkisi analiz edilerek kinetokor-mikrotübül bağlantısındaki rolü süper-çözünürlüklü görüntüleme ile araştırıldı. Bu çalışma, hücre bölünmesi sırasında keratinlerin düzenlenmesi ve işlevi ile ilgili kapsamlı bir bilgi sunmuştur.
Özet (Çeviri)
Keratins are cytoskeletal proteins classified as Type I and Type II intermediate filaments. These filamentous structures provide mechanical strength and stability to the cells, but it is not known well how these robust structures are regulated and function during dynamic processes, such as cell division. To better understand the biochemistry of cell division and the regulation of keratins, I focused on keratin 8 in cancer cell division. Keratin 8 is a good candidate with a maintained expression during tumorigenesis and has diverse expression patterns in different cell types. During cell division, these filamentous structures split into non-filamentous clusters with mechanisms that are not well understood. To uncover the phosphorylation-dependent disassembly, I analyzed the cell cycle-dependent phosphoproteome of keratin 8 in different cell lines and investigated its commonly regulated phosphorylation sites. I took label-free and dimethyl labeling-based quantitative approaches combined with TiO2 phosphopeptide enrichment methodology. I applied DDA, DIA, and PRM-based mass spectrometry methods and identified and quantified commonly regulated or cell-type specific phosphorylation sites of keratin 8 during cell division. To understand the functional role of keratins, interaction partners of keratin 8 were investigated by immunoprecipitation. I focused on the relation of keratin 8 with other cytoskeletal elements and further searched for its role in mitosis by analyzing its relation with microtubules. I performed microtubule pelleting assays to determine keratin 8-dependent microtubule interactors. I focused on the NDC80 complex during metaphase and further investigated the role of keratin 8 at the kinetochore-microtubule attachment by super-resolution imaging. Our study brought a better understanding of the regulation and functioning of keratins during cell division.
Benzer Tezler
- The regulation of keratin 8 by aurora B during the cell cycle
Keratin 8 proteininin aurora B tarafından hücre bölünmesi sırasında regulasyonu
BÜŞRA HARMANDA
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- The regulation of keratin 8 during the cell cycle
Keratin 8'in hücre döngüsündeki düzenlenmesi
BÜŞRA HARMANDA
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Preeklampside anjiyogenez faktörleri ile plazma proteomu arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
Assessment of the relation between angiogenesis factors and plasm proteome in preeclampsia
VİLDAN YAMAN
Doktora
Türkçe
2021
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
PROF. DR. ALİ BENİAN
- Dönerlerde heterosiklik aromatik amin oluşumu üzerine farklı pişirme yöntemlerinin etkisi
Effects of different cooking methods on the formation of heterocyclic amines in doner
NESRİN ÖZSARAÇ
Doktora
Türkçe
2015
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAY KOLSARICI
- Akut böbrek iskemi/reperfüzyon hasarınakarşı ceviz septa ekstraktının renal koruyucu etkisinin araştırılması
Investigation of the renal defensive influence of jugnasa septa extract against acute renal ischemia/reperfusion injury
KHASIIAT IMINOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN AŞKIN