Özünde düzensiz yapılı proteinler arasından seçilen bir grup proteinin rezidülerinin yerleşme özelliklerinin hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the extent of regularities in residue packing in a representative group of intrinsically disordered proteins
- Tez No: 430290
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EVREN CABİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyomühendislik, Biostatistics, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bu çalışmada özünde düzensiz yapılı proteinlerin (ÖDYP) rezidü yerleşme düzenleri hesaplamalı yöntemlerle incelenmiştir. Kullanılan ölçüt, proteinlerin alfa karbonlarının koordinatlarından Delaunay Teselasyonu ile elde edilen tetrahedronların küresellik değerleridir. Kontrol grubu olarak seçilen ÖDYP olmayan proteinlerin (alfa proteinler, beta proteinler) rezidü yerleşme düzenlerini incelemek için oluşturulan tetrahedronların küresellik değerlerinin dağılımlarının heterojen oldukları saptanmıştır. Bu sebeple kontrol grubu iki ayrı grup olarak alfa proteinler ve beta proteinlerden oluşmaktadır. Kontrol grubu proteinlerin ÖDYP grubu proteinler ile Kolmogorov-Smirnov testi ile karşılaştırılmaları sonucu ÖDYP grubu proteinlerin hem alfa, hem de beta proteinlerden küresellik ölçütü kullanıldığında farklılık gösterdiği bulunmuştur. Bu tez çalışmasında elde edilen bulgulara göre ÖDYP'ler birbirleri ile bir grup oluşturmak yerine kendilerine özgü bir yapı sergilemektedirler.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the extent of regularities in residue packing of intrinsically disordered proteins (IDPs) were investigated by computational methods. The criterion is the sphericity of the tetrahedra obtained by Delaunay Tesellation of the C-alpha coordinates of proteins. It is observed that the distributions of the sphericity values of the tetrahedra of the control group proteins which are non-IDPs (alpha proteins, beta proteins) are heterogeneous. Therefore, the control group consists of two separate groups as alpha proteins and beta proteins. It has been found that the IDPs are distinct from both alpha proteins and beta proteins after the comparison of the two sample Kolmogorov-Smirnov test results of proteins in control group, and IDPs, according to the sphericity criterion. As an interesting result of this study, each IDP present as a unique structure instead of belonging to the same structural group.
Benzer Tezler
- Thermodynamic, structural and dynamical analyses of random coil state of proteins
Proteinlerin rastgele sarım halinin termodinamik, yapısal ve dinamik analizleri
ÇİĞDEM SEVİM BAYRAK
Doktora
İngilizce
2013
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Yeni Cami'nin akustik açıdan performans değerlendirmesi
Evaluation of the acoustical performance of the New Mosque
EVREN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVTAP YILMAZ DEMİRKALE
- A computational study on pathogenic exon-1 Huntington fragment fiber structure and its nucleation
Patojenik ekson-1 Huntington fragment lif yapısı ve çekirdeklenmesi üzerine hesaplamalı bir çalışma
MERVE KUNAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
- Güneş verileri bağlamında optimum yapı kabuğu tasarımı odaklı bir yöntem önerisi
A method proposal on the optimum building envelope design in the context of solar data
MERYEM ALAGÖZ
- Ultrathin titanium dioxide coatings on carbon nanotubes for stable lithium oxygen battery cathodes
Ultra ince titanyum dioksit kaplı dayanıklı lityum oksijen pili katotu
FARUK OKUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Mühendislik Bilimleriİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EDA YILMAZ