Geri Dön

Sakız ağacında (Pistacia lentiscus L.) tür içi varyasyonların moleküler markörler ile araştırılması

Intraspecific variations in mastic tree (Pistacia lentiscus L.) studied by molecular markers

PDF İndir

  1. Tez No: 431978
  2. Yazar: PELİN TURHAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TAMER ÖZCAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Botanik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 98

Özet

Sakız ağacı (Pistacia lentiscus L.) Anacardiaceae familyasının önemli bir üyesidir ve kanser gibi birçok hastalıkta tedavi edici özelliği bulunmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'de doğal yayılış gösteren ve bazı kültür varyetelerini de kapsayan, toplam 35 lokaliteden toplanan P. lentiscus örneklerinin tür içi varyasyonları, mikrosatelit ve retrotranspozon arası gen bölgeleri düzeyinde ISSR ve IRAP markör teknikleri kullanılarak araştırıldı. Çalışmada ayrıca yaprak morfolojisi ölçümleri de yapılarak fenotipik karakterler arasındaki korelasyonlar“Pearson”katsayısıyla belirlendi. PZR sonucunda, kullanılan 12 ISSR primerinden 9 tanesi, boyutları 161-1884 bç arasında değişen 81 bant fragmenti ile % 96,3 polimorfizm gösterdi. IRAP PZR sonucunda ise Bagy-1 bölgesinde 126-1426 bç arasında 20 bant, LTR2 bölgesinde 192-1844 bç arasında 17 bant ve LTR4 bölgesinde 124-2027 bç arasında 35 bant fragmenti ile tam polimorfizm elde edildi. PIC değerleri sırasıyla 0,458 (ISSR) ve 0,418 (IRAP) olarak bulundu. Genetik benzerlik matrisleri“Jaccard”katsayısı kullanılarak hesaplandı. En yüksek genetik benzerliklerin ISSR için 0,933 ile Girit bireyleri (LG2 ile LG3) arasında, IRAP için ise 0,593 ile L25A (C1, Bodrum, 3m) ve L29A (C1, Milas, 8m) arasında bulunduğu belirlendi. Filogenetik ilişkilerini belirlemek amacıyla“Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean”(UPGMA) yöntemiyle, örneklerin dendrogramları oluşturuldu. 35 farklı genotipi kapsayan filogenetik analizlerde gen havuzunun ISSR verileri temelinde başlıca 12, IRAP verileri kullanılarak 4 ana gruba ayrıldığı tespit edildi. Kullanılan markör verilerinin kombinasyonuyla gerçekleştirilen temel bileşen analizinde (PCA), örnekler genotip profillerine göre başlıca 3 farklı bölgede konumlandı. Çalışma kapsamında yabani genotipler ile bazı kültür varyetelerinden elde edilen sonuçlar, P. lentiscus'un yüksek oranlarda tür içi varyasyonlara sahip olduğunu gösterdi. Bu çalışma, tür düzeyindeki örnekleme sayısı, metodların kombinasyonu ve Bagy-1 retrotranspozon polimorfizminin incelenmesi yönünden özgün bir araştırma olup, P. lentiscus'un gen havuzundaki moleküler varyasyonun aydınlatılması, tarımsal ıslah çalışmaları ve tür sınırlarını saptamaya yönelik moleküler taksonomik araştırmalar için referans niteliğindedir.

Özet (Çeviri)

Mastic tree (Pistacia lentiscus L.) is important species of Anacardiaceae family and has a therapeutical feature in various disease such as a cancer. In the present study, intra-specific variations in 35 samples of mastic tree obtained from their natural localities of Turkey and some cultur varieties were examined with using ISSR and IRAP marker techniques on the level of microsatellite and retrotransposons gene sites. Additionally, morphological measurements of some leaf characteristics were carried out and correlation between the phenotypic characters was determined with using Pearson coefficient. Nine of 12 selected ISSR primers produced 81 band fragments between 161-1884 bp with 96.3% polymorphism as the result of PCR. 20 band between 126-1426 bp in Bagy-1 sites, 17 band between 192-1844 bp in LTR2 sites and 35 band between 124-2027 bp in LTR4 sites. Besides, full polymorphism were obtained by IRAP PCR. PIC values were 0.458 (ISSR) and 0.418 (IRAP). Genetic similarity matrix were calculated with Jaccard coefficient. Maximum genetic similarity were found as 0.933 in Cretan samples (LG2 and LG3) for ISSR results and 0.593 between L25A (C1, Bodrum, 3m) and L29A (C1, Milas, 8m) for IRAP results. Dendrograms of the samples based on ISSR and IRAP data were constructed by“Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean”(UPGMA) for determining of phylogenetic relations of the accessions. 35 samples of mastic tree were divided into 12 groups by ISSR phylogeny analysis and 4 groups by IRAP methods. Examined samples were segregated on 3 different places mainly in the scatterplot of principal component analysis (PCA) based on combined data of both marker systems. In this study, the results obtained from wild genotypes and some cultivars showed that P. lentiscus has very high ratios of intraspecific variations. The present work as an original study in terms of the large sampling at species level, usage of the combined results of ISSR and IRAP methods and the examining of Bagy-1 retrotransposons polymorphism may be evaluated as a reference for analysing of the gene pool of P. lentiscus, agricultural breeding programs, molecular taxonomic studies for delimitation of taxa and contributing to species concept of Pistacia.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    413408

    Evaluation of wild type mastic tree (Pistacia lentiscus L.) germplam by molecular markers

    Yabani̇ ti̇p sakız ağacı (Pi̇staci̇a lenti̇scus L.) gen havuzunun moleküler markörler i̇le değerlendi̇ri̇lmesi̇

    ALİMU ABUDULİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

    PROF. DR. AHMET ONAY

  2. Tez No

    335524

    Sakız ağacı (Pistacia lentiscus L.) 'nın in vitro klonal mikroçoğaltılması

    In vitro clonal micropropagation of lentisk (Pistacia lentiscus L.)

    FATİH MEHMET KILINÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiDicle Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ONAY

  3. Tez No

    259859

    Pistacia lentiscus L. (sakız ağacı)'da ağaç çapı, boyu ve üretim döneminin sakız verimine etkisi

    The effects of tree diameter, lenght and production period in Pistacia lentiscus L. (gum tree)

    LEVENT MORKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Ormancılık ve Orman MühendisliğiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZAFER CEMAL ÖZKAN

  4. Tez No

    705148

    Phytochemical studies on the mastic gum of Pistacia lentiscus var. Chia collected from Karaburun peninsula and bioactivities of isolates

    Karaburun yarımadasından toplanan Pistacia lentiscus var. Chia damla sakızı üzerinde fitokimyasal çalışmalar ve izolatların biyoaktiviteleri

    MEHMET DEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL BEDİR

    PROF. DR. PETEK BALLAR KIRMIZIBAYRAK

  5. Tez No

    522379

    Bazı ağır metal uygulamalarının in vitro ortamda çoğaltılmış juvenil Pistacia lentiscus L. (sakız ağacı) eksplantlarında triterpenoit miktarları üzerine etkisinin belirlenmesi

    Determination of the effect of some heavy metal applications on the triterpenoid quantities of juvenile mastic tree (Pistacia lentiscus L.) proliferated in in vitro medium

    HATİCE AKKUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiBatman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMİNE AYAZ TİLKAT

Geri Dön