R316Q mutasyonunu taşıyan FTO proteininin 3T3-L1 hücre hattındaki proteom düzeyinde araştırılması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 433378
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET DOĞAN GÜLKAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
ÖZET Amaç Fat mass and obesity-associated protein (FTO) DNA ve RNA'yı oksidatif olarak demetile eden bir enzimdir. FTO'nun katalitik aktivitesinin araştırıldığı birçok çalışma olmasına rağmen FTO'nun varlığı veya yokluğunun hücre proteomuna etkisi henüz çalışılmamıştır. Bu çalışmanın amacı, mutant (R316Q) ve yabanıl FTO proteinlerinin 3T3-L1 hücrelerinin soluble proteomunda yaratacağı olası değişiklikleri araştırmaktır. Yöntem Yabanıl ve mutant FTO proteinlerini eksprese eden 3T3-L1 hücrelerinden elde edilen protein lizatları DIGE deneyinde kullanıldı. Farklıcalık gösteren protein spotları jellerden kesilerek MALDI-TOF/TOF ile tanımlandı. Bulgular Karşılaştırılan jellerde 300'den fazla protein spotu belirlenmiş fakat bunlardan sadece sekiz tanesi jeller arasında farklılık göstermiştir. Bu proteinlerden bazıları yapısal proteinler olup yabanıl tip FTO ekspresyonu sonrası artışları çok düşük seviyededir. Diğer taraftan tanımlanan bu proteinlerden bir tanesi olan heteronuclear ribonucleoprotein K (HNRPK)'nın ekspresyonu hem mutant hem de yabanıl FTO ekspresyonu sonrası 3 kat artmıştır. Sonuç 3T3-L1 hücrelerinde FTO ekspresyonuna bağlı HNRPK seviyesinde artış görülmüştür. Bu sonuç, HNRPK'nın pre-mRNA işlenmesi, hnRNA'nın nüklear mekaniması, DNA hasarına p53/TP53 cevabı gibi oldukça önemli fizyolojik fonksiyonlara katılan multifonksiyonel bir protein olması açısından değerlidir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Objective Fat mass and obesity-associated protein (FTO) is an enzyme that oxidatively demethylates DNA. Although there are numerous studies regarding its catalytic function, the overall existance or absence of FTO on cellular proteome has not been investigated. The purpose of this study,thus,was to investigate the changes in soluble proteome of 3T3-L1 cells upon expression of WT and the mutant (R316Q) FTO proteins. Methods 3T3-L1 cells expressing either WT or the mutant FTO proteins were used in DIGE experiments. Spots displaying differences in their abundancies were cut from the gels and identified by MALDI-TOF/TOF. Results More than 300 protein spots were detected on the gels but there were only eight spots displayed differences in their abundancies. Some of these protein spots arose from structural proteins and their increase was barely evident after expression of WT-FTO protein. On the other hand, one of those protein spots that belonged to heteronuclear ribonucleoprotein K (HNRPK) displayed a more than 3-fold increase in its abundancy when both WT and the mutant proteins were expressed. Conclusions We demonstrated an increase in HNRPK levels upon FTO expression. This finding may be very important since HNRNPK is a multifunctional protein involving several important physiological functions including pre-mRNA processing, nuclear metabolism of hnRNAs and p53/TP53 response to DNA damage.