Tomato chlorosis virus (ToCV) izolatlarının örtü protein gen bölgesinin moleküler olarak belirlenmesi
Molecular analysis of coat protein region of Tomato chlorosis virus isolates
- Tez No: 434745
- Danışmanlar: Prof. Dr. İBRAHİM ÖZER ELİBÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Domates kloroz virüsü (Tomato chlorosis virus, ToCV) Closteroviridae familyasına ait Crinivirus cinsinden özellikle domateslerde önemli zararlara yol açan bir virüstür. Bu virüs doğada beyazsineklerle taşınmaktadır. Bu çalışma ile Antalya'nın beş farklı bölgesinden izole edilen ToCV'nin kılıf protein geninin ilk tam sekansı ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Virüs RNA'sı PureLink® RNA Mini Kit kullanılarak enfekteli domates bitkilerinden izole edilmiş ve saflaştırılmıştır. Virüsün kısmi RNA2 genomu (1163 bp) ile tüm kılıf protein genini (774 bp) dizilemek için ToCV'ye özgü primerler tasarlanmıştır. Kılıf protein familyasının analizi ToCV kılıf proteininin Closter_coat protein superfamily' ye (closter kılıf protein süperailesi) dahil olduğunu göstermiştir. Antalya'dan izole edilen beş ToCV izolatının kılıf protein dizilemesi bu bölgenin oldukça korunmuş olduğunu göstermiştir; Merkez ve Serik izolatlarının aminoasit sekansı % 100 benzer olarak bulunmuştur. Diğer ülke izolatları ile ToCV-Türkiye'nin sekans analizleri bizim izolatlarımızın Yunan izolatı ile büyük bir benzerlik gösterdiğini (% 99.22) göstermiş ve Neighbor Joining algoritması kullanılarak filogenetik ağaçta bir küme oluşturulmuştur. Filogenetik analiz ToCV'nin Crinivirus cinsinden bir virüs olduğunu tastiklemiş ve Tatlı patates klororotik cücelik virüsü'ne (Sweet potato chlorotic stunt virus, SPCSV) çok benzer olduğunu da ortaya koymuştur. Gelecekte yapılacak tüm genom analizi bizim izolatlarımız ile diğer ülke izolatlarının ilişkisini daha açık bir biçimde tanımlayacak ve genomik organizasyonunu da daha net değerlendirme olanağı verecektir.
Özet (Çeviri)
Tomato chlorosis virus (ToCV), belonging to the genus Crinivirus, family Closteroviridae, causes important diseases especially in tomato. ToCV is naturally transmitted by whiteflies. In this study, we report the first complete sequence and characterisation of the coat protein coding gene of tomato chlorosis virus from five different regions in Antalya. The virus RNA was isolated and purified from infected tomato plants on the field using PureLink® RNA Mini Kit. ToCV specific primers were designed to sequence the partial RNA 2 genome (1163 bp) of the virus which included the full coat protein gene (774 bp). Analysis of the coat protein family confirmed that ToCV coat protein belongs to the Closter coat protein super family. The coat protein sequence of the five isolates from Turkey proved to be highly conserved such that the amino acid sequence of Merkez and Serik isolates were found to be 100 percent similar. Sequence analyses of ToCV-Turkey with other isolates revealed the greatest identity with Greek isolate (99.22%), forming a cluster in the phylogenetic tree using the neighbour joining algorithm. Phylogenetic analysis confirmed assignment of ToCV in the genus Crinivirus, being most similar to Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV). Future studies on the complete genome will define more clearly it's the relatedness and genomic organisation to assess more definitively its relationship.
Benzer Tezler
- Eskişehir ili domates ve biber ekim alanlarında görülen bazı virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonları
Determination and molecular characterization of some virus diseases on tomato and pepper plants in Eskişehir province
FARUK ÖNCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN YEŞİL
- Batı Akdeniz bölgesi domates üretim alanlarında domates kloroz virüsü (Tomato Chlorosis Virus; ToCV)'nün biyolojik ve moleküler karakterizasyonu
Molecular chracterization and biological of tomato chlorosis virus (ToCV) in tomato production areas in Western Mediterranean region
NEVİN AKDURA
Doktora
Türkçe
2011
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAYRAM ÇEVİK
- Adana ve Mersin illerinde domates kloroz virüsü (Tomato chlorosis crinivirus, tocv)'nün saptanması ve moleküler karakterizasyonu
Detection and molecular characterisation of tomato chlorosis virus (Tomato chlorosis crinivirus, tocv) in Adana and Mersin
DENİZ PEHLİVAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAADETTİN BALOĞLU
- Bazı domates genlerinin domates kloroz virüsü (Tomato chlorosis Virus, ToCV) enfeksiyonu sırasında ekspresyonlarının incelenmesi
Expression analysis of some tomato genes during Tomato chlorosis Virus infection
NADİRE SAKALLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAYRAM ÇEVİK
- Antalya ili patlıcan yetiştiriciliğinde sorun olan virüs hastalıklarının belirlenmesi ve en yaygın virüsün moleküler karakterizasyonu
Determination eggplant's viruses and molecular characterization of the most common virus in eggplant production in Antalya province
PELİN SARIKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN FİDAN