Geri Dön

Measles virus RNA investigation in peripheral whole blood specimens collected from subacute sclerosing panencephalitis patients by real-time PCR method

Subakut sklerozan panensefalit hastalarından toplanan periferik tam kan örneklerinde eş-zamanlı PZR yöntemiyle kızamık RNA'sının araştırılması

  1. Tez No: 438693
  2. Yazar: NERMİN BAŞAK ŞENTÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLDEN ÇELİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 83

Özet

Subakut Sklerozan Panensefalit (SSPE) SSPE hastalığı, kızamık enfeksiyonu sırasında mutasyona uğramış kızamık virüsünün dormant haldeyken beyine yerleşmesiyle hastalık geçirildikten yıllar sonra aktif hale geçerek beyinde geri dönüşü olmayan tahribatlara yol açan ölümcül bir hastalıktır. SSPE'nin teşhisinde kızamık virüsünün araştırılması için eş-zamanlı PZR tekniği kullanılarak yapılan çalışmalar en güvenilir pozitif sonuçları vermesi bakımından genellikle beyin biyopsi materyallerinin kullanımına dayanmaktadır. Ancak kan örnekleriyle yapılan bir çalışmada pozitif sonuçlara rastlanması, hedef materyal olarak beyin yerine daha kolay elde edilen kan örneklerinin kullanımının önünü açmıştır. Bu çalışmada kızamık aşısı ve bir hastadan hücre kültürü yöntemiyle elde edilmiş kızamık suşu pozitif kontrol, Yeditepe Üniversitesi Hastanesi'nin sağladığı altı sağlıklı donörden elde edilen tam kan örnekleri ise negatif kontrol olarak kullanılmıştır. SSPE'ye sebep olan kızamık virüsünde N (nükleoprotein) genince kodlanan RNA'nın en fazla rastlanılan trankript olması nedeniyle N geninin çoğaltılmasına karar verilmiştir.Biz bu çalışmada bir SSPE hastasının kan örneğinden pozitif sonuç almayı başardık. Ancak diğer hastalarda N RNA varlığını tespit edemedik. Sonuç olarak eş-zamanlı PZR validasyonu bir pozitif sonuçla doğrulanmış oldu. Ancak internal kontrol kullanılarak uygulanan daha kapsamplı multipleks eş-zamanlı PZR yöntemleri ve sekanslama ile birlikte yapılan daha detaylı moleküler analizler SSPE teşhisinde daha tutarlı ve güvenilir sonuçların elde edilmesi için gereklidir.

Özet (Çeviri)

Subacute Sclerosing Panencephalitis (SSPE) disease is an infection resulted from a virus which undergoes mutation during measles infection and is transferred to the brain in its dormant form. It can turn into its active form after many years and leads to irreversible damages in CNS and followed by death. Studies performed with real-time PCR method in diagnosis of SSPE is generally based on using brain biopsy materials for investigation measles virus (MV) RNA considering its being most reliable and frequently positive material. However, that positive results were found in a study carried out with blood samples of SSPE patient, shed a light on using blood material, which is easier to obtain, as a target material instead of brain material. In this study, measles vaccine and cell cultured measles strain from a patient were used as positive controls and whole blood specimens of six healthy donors provided from Yeditepe University Hospital were used as negative controls. Since it is determined that RNA encoded by N (nucleoprotein) gene belonging to the genome of the measles virus causing SSPE is the most abundant transcript, it was aimed to amplify N gene of MV-RNA. In this study we succeeded to obtain a positive result in a SSPE patient blood sample. However, no N RNA detection could be achieved in rest of the other patient blood samples. As conclusion, real-time PCR method validation we performed was confirmed with one positive result. Nevertheless, development of more comprehensive multiplex real-time PCR methods using internal control and additionally further detailed molecular analysis by sequencing will be required to obtain more accurate and conclusive results in diagnosis of SSPE.

Benzer Tezler

  1. Cost and benefit analysis of features used in machine learning based pre-miRNA detection

    Makine öğrenimine dayalı öncül miRNA tespitinde kullanılan özelliklerin fayda ve maliyet analizi

    RABİA SULUYAYLA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. JENS ALLMER

  2. Kabakulak ve komplikasyonlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of mumps complications in children with mumps infection

    NELGİN GERENLİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bakanlığı

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYSU SAY

  3. Periferal kan lenfositlerinde kızamık virusu reseptörlerinin incelenmesi

    Analysis of measles virus receptors on peripheral blood lymphocytes

    PINAR AKPINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. A. KEVSER PİŞKİN ÖZDEN

  4. Subakut sklerozan panensefalitli hastalarda protein s100b düzeyleri, hastalığın klinik ve radyolojik bulgular ile ilişkisinin değerlendirilmesi

    The evaluation of the relation between protein s100b levels and clinical and radiological findings of the disease in patients with subacute sclerosant panencephalitis

    İBRAHİM HOCANLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHarran Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALPAY ÇAKMAK

  5. Subakut sklerozan panensefalitte demiyelinizasyon mekanizması: deneysel bir çalışma

    Demyelination mechanisms in subacute sclerosing panencephalitis (SSPE): an experimental study

    SERDAR BEKEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BANU ANLAR