Transcriptome analysis of morphine biosynthesis in Opium poppy (Papaver somniferum L.)
Haşhaş (Papaver somnıferum L.)'ta transkriptom analizi ile morfin sentez mekanizmasının araştırılması
- Tez No: 441746
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM İLKER ÖZYİĞİT, YRD. DOÇ. DR. TUĞBA GÜRKÖK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 199
Özet
Haşhaş (Papaver somniferum L.) dünyanın en eski tıbbi bitkilerinden biridir. Tıbbi ve dolayısıyla ekonomik değeri haşhaşın benzilizokuinolin (BIA) üretimine dayanmaktadır. Morfin, haşhaşta yoğun olarak bulunan önemli bir BIA alkaloidi olup tıpta narkotik ağrı kesici ve uyuşturucu olarak kullanılmaktadır. Bu tezde Illumina HiSeq plantformu kullanılarak toplam 36,16 Gb dizi verisi elde edilmiş ve MeJA elisitörü ile indüklenen morfince zengin (MR) ve fakir (MP) haşhaş varyetelerinin kapsül ve gövde dokularındaki metabolit profilleriyle birlikte bütüncül bir yaklaşımla kıyaslanarak değerlendirilmiştir. Alkaloid analizleri her iki varyetede de kapsül dokularında morfin düzeylerinin indüklendiğini göstermiştir. GO ve KEGG analizlerinde, stres yanıtı, sinyal iletimi ve sekondar metabolit biyosentezi ile ilgili biyolojik işlemlerin öne çıktığı tesbit edilmiştir. Aquaporin TIP, 2ODD, bHLH113, calmodulin, (+)-neomenthol dehydrogenase, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase, major latex protein 146, NRT1/PTR Family proteins, F-box/LRR-repeat proteinlerini kodlayan transkriptlerin MeJA uygulamasıyla ifade düzeyleri en çok değişen genler olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, BIA biyosentezine özgün SalSyn, SalAT, SalR, T6ODM, COR ve CODM enzimlerine ait transkriptlerde dokuya ve varyeteye göre değişim olduğu saptanmıştır. Bu tezde bugüne kadar elde edilmiş en kapsamlı transkriptom verisi üretilmiş olup bu bilgiler haşhaşta BIA biyosentez mekanizmasının araştırılacağı ileri işlevsel genomik çalışmalar için kaynak oluşturacak niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Opium poppy (Papaver somniferum L.) is one of the most ancient medicinal plants of the world. Its medicinal and economic importance is highly dependent on the benzylisoquinoline alkaloid (BIA) production. Morphine is one of the most important and abundant BIA commercially obtained opium poppy. It is mainly used as narcotic analgesic in medicine. In this thesis, a total of 36,16 Gb sequence data was generated by Illumina HiSeq platform and transcriptome profiles of elicitor (MeJA) induced capsule and stem tissue from morphine rich (MR) and morphine poor (MP) cultivars are compared with an integrative metabolite and transcriptome approach. Alkaloid analysis confirmed the induction of morphine levels in both MR and MP capsule tissues. Based on GO and KEGG pathway analysis, biologic processes related to stress response, signal transduction and seconder metabolite biosynthesis are found to be prominent. Aquaporin TIP, 2ODD, bHLH113, Calmodulin, (+)-neomenthol dehydrogenase, (S)-tetrahydroprotoberberine N-methyltransferase, major latex protein 146, NRT1/PTR family, F-box/LRR-repeat protein coding transcripts are found to be the most differentially expressed transcripts. Besides, morphine biosynthesis route-specific transcripts corresponding to SalSyn, SalAT, SalR, T6ODM, COR and CODM enzymes were found to be differentially expressed in different tissues and cultivars. This thesis produced the largest transcriptome data obtained so far and is an important source for further functional genomic studies to investigate BIA biosynthesis mechanism in opium poppy.
Benzer Tezler
- Morfin içeriği indüklenmiş haşhaş (Papaver somniferum L.) bitkisinde genom düzeyinde transkriptom analizi
Genome wide transcriptome analysis in morphine content induced opium poppy (Papaver somniferum L.)
TUĞBA GÜRKÖK
Doktora
Türkçe
2013
BiyolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSKENDER PARMAKSIZ
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Haşhaş (Papaver somniferum L.) mikro-RNA larının (miRNA) tanımlanması ve miRNA hedef gen ekspresyon analizlerinin belirlenmesi
Identification of opium poppy micro-RNAs (miRNA) and expression analyses of their target gene transcripts
HATİCE BÖKE
Doktora
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Hacıhaliloğlu kayısı (Prunus armeniaca) çeşidinde transkriptom analizi
Transcriptome analysis of apricot (Prunus armeniaca) varriety 'Hacıhaliloğlu'
ONUR CANBULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Glioblastoma multiformeli hastalarda transkriptom analizi
Transcriptome analysis of glioblastoma multiforma patients
DİDEM SEVEN
- Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress
Thermoplasma volcanium GSS11'ın ekstrem stres altında transcriptom analizi
SEMA ZABCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK