Evaluating the effects of rescaling parameters in large-scale genomic simulations
Büyük ölçekli genom simülasyonlarında parametre yeniden ölçeklendirilmesinin etkilerinin değerlendirilmesi
- Tez No: 442165
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYŞEGÜL CEREN BİRAND ÖZSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bilgisayar simülasyonları biyolojik bilimlerin, bir tanesi de evrimsel biyoloji olan, bir çok alt dalında yaygın olarak kullanılmaktadır. Birkaç bin bazdan birkaç milyon baza kadar genomik bölgelerin modellendiği büyük ölçekli genom simülasyonlarının kullanımı yaygınlaşmaktadır. Bu simülasyonların hesaplama gücü ihtiyaçları yüksektir. Literatürde bu simülasyonların bellek ve zamansal ihtiyaçlarını azaltmak amacıyla sunulmuş çeşitli yöntemler bulunmaktadır. Bu çalışmada bu yöntemlerden, nesil ve birey sayılarının azaltılarak, mutasyon oranının artırıldığı bir tanesi incelenecektir. Bu yeniden ölçeklendirme yöntemi son yıllarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Popülasyon dinamiklerini değiştirebileceği için bir çok kez eleştirilmiş olmasına rağmen, yeniden ölçeklendirme yönteminin popülasyon dinamikleri üzerindeki etkilerini değerlendiren çok fazla çalışma yapılmamıştır. Bu çalışma parametrelerin yeniden ölçeklendirilmesinin popülasyon dinamiklerini nasıl değiştirebileceğini basit bir modelle açıklamakta ve simüle edilmiş genomlardaki polimorfik lokus oranının kayda değer bir şekilde değiştiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Computer simulations are widely used in many subdisciplines of biological sciences, which evolutionary biology. Large-scale genomic simulations, where several kb (kilo base) to several Mb (mega base) genomes are modeled, are being increasingly used. These simulations require high computing power. There are some methods proposed in the literature to decrease the time and memory demand of these simulations. This study is concentrated on one of those methods, where both the number of generation, and the number of individuals are decreased, and mutation rate is increased. This rescaling method is widely used in recent years. Even though it has been criticized many times, since it could change the population dynamics, there are not many studies that evaluates the effect of rescaling on population dynamics. This study demonstrates how the rescaling of the parameters could change population dynamics with a simple model, and shows that the proportion of polymorphic loci in the simulated genomes could be significantly affected.
Benzer Tezler
- Yüksek yapılar için tasarlanan yeni tip bir yarı-aktif kontrollü sismik titreşim sönümleyicinin deneysel incelemesi ve sistem modeli
Experimental investigation and system modeling of a novel semi-active controlled seismic vibration damper designed for high-rise structures
SEFER ARDA SERBES
Doktora
Türkçe
2026
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN ENGİN
- Fraktal geometri ve hidrolik pürüzlülük
The Fractal geometry and the hydraulic roughness
SAİT ALANSATAN
- Standardize yağış indisinin çarpıklık ve basıklık açısından yorumlanması ve yeni bir kuraklık indisinin geliştirilmesi
Interpretation of the standardized precipitation index in terms of skewness and kurtosis and the development of a new drought index
MURAT GÜL
Doktora
Türkçe
2026
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAVUZ SELİM GÜÇLÜ
- Meydanların yeniden organizasyon sürecinde mekansal bileşenlerin etmen tabanlı modellerle değerlendirilmesi: Bakırköy Cumhuriyet Meydanı örneği
Assessment of spatial components using agent-based modelling in the reorganization process of urban squares: a case study of Bakirkoy republic square
HANDE ALACA EPİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiKentsel Tasarım Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL EREN KÜRKÇÜOĞLU
- LİDAR verileri ile SAM üretiminde farklı arazi türlerine göre performans araştırması
Performance research according to the different terrain types in SAM production with LİDAR data
NURAY BAŞ
Doktora
Türkçe
2016
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL GONCA COŞKUN