Evaluating the effects of rescaling parameters in large-scale genomic simulations
Büyük ölçekli genom simülasyonlarında parametre yeniden ölçeklendirilmesinin etkilerinin değerlendirilmesi
- Tez No: 442165
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYŞEGÜL CEREN BİRAND ÖZSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Bilgisayar simülasyonları biyolojik bilimlerin, bir tanesi de evrimsel biyoloji olan, bir çok alt dalında yaygın olarak kullanılmaktadır. Birkaç bin bazdan birkaç milyon baza kadar genomik bölgelerin modellendiği büyük ölçekli genom simülasyonlarının kullanımı yaygınlaşmaktadır. Bu simülasyonların hesaplama gücü ihtiyaçları yüksektir. Literatürde bu simülasyonların bellek ve zamansal ihtiyaçlarını azaltmak amacıyla sunulmuş çeşitli yöntemler bulunmaktadır. Bu çalışmada bu yöntemlerden, nesil ve birey sayılarının azaltılarak, mutasyon oranının artırıldığı bir tanesi incelenecektir. Bu yeniden ölçeklendirme yöntemi son yıllarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Popülasyon dinamiklerini değiştirebileceği için bir çok kez eleştirilmiş olmasına rağmen, yeniden ölçeklendirme yönteminin popülasyon dinamikleri üzerindeki etkilerini değerlendiren çok fazla çalışma yapılmamıştır. Bu çalışma parametrelerin yeniden ölçeklendirilmesinin popülasyon dinamiklerini nasıl değiştirebileceğini basit bir modelle açıklamakta ve simüle edilmiş genomlardaki polimorfik lokus oranının kayda değer bir şekilde değiştiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Computer simulations are widely used in many subdisciplines of biological sciences, which evolutionary biology. Large-scale genomic simulations, where several kb (kilo base) to several Mb (mega base) genomes are modeled, are being increasingly used. These simulations require high computing power. There are some methods proposed in the literature to decrease the time and memory demand of these simulations. This study is concentrated on one of those methods, where both the number of generation, and the number of individuals are decreased, and mutation rate is increased. This rescaling method is widely used in recent years. Even though it has been criticized many times, since it could change the population dynamics, there are not many studies that evaluates the effect of rescaling on population dynamics. This study demonstrates how the rescaling of the parameters could change population dynamics with a simple model, and shows that the proportion of polymorphic loci in the simulated genomes could be significantly affected.
Benzer Tezler
- LİDAR verileri ile SAM üretiminde farklı arazi türlerine göre performans araştırması
Performance research according to the different terrain types in SAM production with LİDAR data
NURAY BAŞ
Doktora
Türkçe
2016
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL GONCA COŞKUN
- Protecting cost of claims from exchange rate shocks in insurance sector
Sigorta sektöründe kasko hasar maliyetinin döviz kur şoklarından korunması
İSMAİL TELCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Sigortacılıkİstanbul Bilgi ÜniversitesiFinans Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GENCO FAS
- Mega projelerde inşaat ve risk yönetimi: Marmaray projesi kapsamında bir değerlendirme
Construction and risk management in mega projects, an assesments within Marmaray project
UĞUR KIZILTEPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN ALPKÖKİN
- Açıklanamayan infertilite nedeniyle gonadotropin ile ovulasyon indüksiyonu yapılan hastalarda gonadotropin tedavi başarısınınsüperoksit dismutaz ve tiyol disülfit hemostazıaçısından değerlendirilmesi
Evaluation of gonadotropin treatment success in patientsundergoing ovulation induction with gonadotropin due tounexplained infertility in terms of superoxide dismutase and thiol disulfide hemostasisthi̇ol di̇sulfi̇de hemostasi̇s
EDA KARAÇELEBİ ÖNDER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM UZUNLAR
- Kentsel atıksu arıtma tesislerinde nitrifikasyon hızı ve toksisitenin su geri kazanımı açısından değerlendirilmesi
Evaluation of nitrification rate and toxicity in urban wastewater treatment plants in terms of water recovery
MERYEM ÖZGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Çevre MühendisliğiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBiyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET İSTANBULLUOĞLU
PROF. DR. HAYRETTİN GÜÇLÜ İNSEL