DNA dizilerinin de Bruijn grafları ile incelenmesi
Analysis of DNA sequences with de Bruijn graphs
- Tez No: 444299
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ KARCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Biyomühendislik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Son yıllarda bilgisayar bilimlerindeki hızlı gelişmelere paralel olarak genetik mühendisliğinin önemi artmıştır. Bu gelişmeler biyoinformatik ve biyoistatistik disiplinlerinin ortaya çıkmasına ve ilerlemesine vesile olmuştur. Günümüzde özellikle“İnsan Genom Projesi”ile biyolojik verilerin daha hızlı ve daha güvenilir yöntemlerle incelenmesi hayati bir konu haline gelmiştir. Bu amaçla, bilgisayar bilimlerinin temel konularından graflar ve graf algoritmaları daha sık kullanılmaya başlanmıştır. Son yıllarda genetik verilerin hizalanması, dizilenmesi, sadeleştirilmesi ve analiz edilmesinde graf tabanlı yaklaşımlar çok sık kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında, biyolojik veri olarak DNA dizileri, DNA dizileme ve DNA dizi sadeleştirmede kullanılan De Bruijn grafları incelenmiş ve DNA verileri üzerinden De Bruijn graflarını modelleyen bir yazılım aracı geliştirilmiştir. Bu çalışmanın esasını oluşturan De Bruijn grafları basit DNA dizileri kullanılarak çeşitli örneklerle detaylı olarak incelenmiştir. Örnek DNA kısa-okuma verileri ile referans genom elde etmek için De Bruijn graflarını modelleyerek geliştirilen bir yazılım aracı ile uygulamalar sunularak sonuçlar değerlendirilmiştir. Sonuç olarak bu tez çalışmasında geliştirilen yazılım ile De Bruijn graflarının DNA dizileme, DNA sadeleştirilmesi işlemlerinde önceki yöntemlere göre daha hızlı ve güvenilir sonuçlar verdiği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Parallel to the rapid advances in computer science in recent years has increased the importance of genetic engineering. These advances have led to the emergence and improvement of bioinformatics and biostatistics disciplines. Nowadays especially the“Human Genome Project”with faster and more reliable method of investigation biological data has become is a crucial topic. For this purpose, the main theme of graphs and graph algorithms in computer science began to be used more often. In recent years, graph-based approaches, alignment of genetic data, sequencing, simplification and analysis have been used very often. In this thesis, especially De Bruijn graphs used in the simplification of genetic data and analysis were described in detail. In this thesis, De Bruijn graphs which are used in biological data such as DNA sequences, DNA sequencing and DNA simplication were investigated and the implemantion of De Bruijn graphs on DNA data was handled. The De Bruijn graphs, basic-building blocks of this study were investigated by using DNA sequences. In order to obtain reference genome with short-reads data by using De Bruijn graphs a software was implemented. In conclusion, in this thesis DNA sequences were analyzed by using De Bruijn graphs and graph algorithms. De Bruijn graphs of the developed software, DNA sequencing, DNA simplification of the process has been shown to provide faster and more reliable results than the previous methods.
Benzer Tezler
- Ardışık tekrarlı DNA dizilerinin optimum düzeyde bulunmasına yönelik programlama çalışması
Programming on finding tandem repeat sequences at optimum level
ONUR İNAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiPamukkale ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUSTAFA TEMİZ
Y.DOÇ.DR. KADİR YALDIR
- DNA dizilerinin tayinine yönelik uygulama seti (kit) tipinde elektrokimyasal nanobiyosensörlerin tasarımı
Design of electrochemical nanobiosensors in the application kit type for the determination of DNA sequences
HASRET SUBAK
- Fluoresan in situ hibridizasyonun mitotik ve miyotik kromozomlar üzerinde uygulanması ve karşılaştırılması
Application and comparison of fluoresence in situ hybridization on meiotic and mitotic chromosomes
ASLI NİLÜFER SİLAHTAROĞLU
Doktora
Türkçe
1995
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASIM CENANİ
- Read mapping methods optimized for multiple gpgpus
Çoklu gpgpu sistemleri için eniyilenmiş dizi hizalama yöntemleri
AZITA NOURI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN
- Özgün DNA dizilerinin floresan in situ hibridizasyon (FISH) tekniği için işaretlenmesi
Spesific DNA fragments labelling for flouresan in situ hybridization (FISH)
KADER YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEHER BAŞARAN