Observable real-time pulsed-field gel electrophoresis
İzlenebilir değişken alanlı jel elektroforezi
- Tez No: 453539
- Danışmanlar: PROF. DR. CENGİZHAN ÖZTÜRK, PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyo-Medikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Değişken Alanlı Jel Elektroforezi (DAJE), veya (Pulsed Field Gel Electrophoresis PFGE) çok büyük DNA moleküllerini birbirinden ayırmak için kullanılan çok önemli bir moleküler araştırma ve tanı tekniğidir. Birbirine çok benzeyen genomlardaki az sayıda dizi farklılıklarını kolayca ayırt edebilen DNA parmak izi incelemesi yönteminin geliştirilmesini sağlamıştır. Bu yöntemde, bir restriksiyon enzimi ile büyük DNA parçalarına bölünen hücre genomu DAJE ile ayrıştırılarak incelenir. Parmak izi incelemesi adli tıpta babalık testi, suçlunun saptanması gibi amaçlarla kullanılırken, enfeksiyon hastalıklar alanında moleküler epidemiyolojinin gelişmesini sağlamıştır. Salgına yol açan enfeksiyon etkeninin çeşitli örneklerden elde edilen suşlarına uygulanan parmak izi incelemesi ile enfeksiyon kaynağı ve yayılma yolları saptanabilmektedir. Bir salgının hastanede, bir ülkede hatta dünyada yayılmasını bu yolla izlemek salgına engel olmak için gerekli önlemleri almak açısından büyük önem taşımaktadır. Bu derece önemli ve güçlü bir teknik olan DAJE maalesef uygulaması zor olan, uzun zaman alan, iyi eğitimli çalışan ve pahalı aygıtlar gerektiren bir teknik olduğundan yaygın olarak kullanılamamaktadır. Dört yıl önce tamamlanan TÜBİTAK tarafından desteklenen bir proje çerçevesinde geliştirilen İzlenebilir Elektroforez adı verilen bir yöntem ve bu yöntemin uygulanmasını sağlayan bir aygıt, Türk Teknoloji Geliştirme Vakfı tarafından Akın Çakmakcı, sanayiye uygulanan tez çalısması ödülünü almıştı. Bu tez çalısmasında ise İzlenebilir Elektroforez adını verdiğimiz bir yöntem ve bu yöntemin uygulanmasını sağlayan bir aygıt geliştirilmiştir. Bu yöntemin etkinliğini saptamak için, hastane enfeksiyonuna sebep olan bakteri ve maya suşlarının sonuçları klasik DAJE ve İzlenebilir DAJE ile karşılaştırıldı. İzlenebilir DAJE'nin, klasik DAJE'ye göre araştırmacılara çok zaman ve emek artırımı sağlayabileceği görüldü. İzlenebilir Elektroferezin kullanılabilmesi, klasik DAJE de kullanılması zorunlu olan zararlı ultraviyole ışığı ve kansorejen etidyum bromür kullanımını da ortadan kaldırabilecektir. Elektroforezin her basamaığında fotoğraf çekilebilmesini sağlayan izlenebilir DAJE, sonucu analiz etmek için seçilebilecek en uygun fotoğrafın kullanıcı tarafından belirlenmesine olanak tanıyor, ve bu yolla eğer bu tez çalışmaları ile uygulanabilirliğini göstermeye başardığımız sistemin gelişimi ve geniş denemeleri tamamlanabilirse, klasik DAJE ile karşılaştırıldığında, çok fazla zaman ve efor kazanımı sağlayabilecektir.
Özet (Çeviri)
Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) is a very important molecular research and diagnostic technique, used for the separation of very large DNA molecules. It enables DNA fingerprint analysis which can differentiate small number of sequence differences in genomes belonging to the same species. In this method the genome digested first by a restriction enzyme into large DNA fragments analyzed by PFGE. While DNA fingerprinting is used in forensic medicine for identifying the suspects or paternity, it enabled also the development of molecular epidemiology of infectious diseases. It is possible to identify the source and transmission routes of an epidemic by DNA fingerprinting of the strains of infectious agent isolated from a series of samples. It is very important to follow the transmission routes of the infectious agent in a hospital, country or even around the world, in order to take the precautions to stop the epidemic. Although DNA fingerprinting by PFGE is a very important and powerful technique, its application is very cumbersome, requires long time, experienced personnel and expensive equipment. These hinder the method from being widely used. In a project that was completed four years ago, a method and an instrument called“Observable Real Time Electrophoresis (ORTE)”was developed and it won the Akın Cakmakci Award, of Turkish Technology Development Foundation. In this thesis work the aim is to develope an Observable Real Time PFGE system. Its efficiency is evaluated by comparing the genomic fingerprints of bacterial and fungal strains that were previously isolated from hospital infections by Observable and classical PFGE. Observable PFGE has the potential to eliminate the need for hazardous ultraviolet light and carcinogen ethidium bromide. It provided pictures at every stage of electrophoresis enabling to choose the best picture for analysis of the results. Since Observable PFGE enables to see the results early during electrophoresis we believe that compared to classical PFGE, it could save a lot of time and effort, in many diverse applications, once the system that we present the technological feasibility in this thesis work, is developed and tested further.
Benzer Tezler
- Observable real time electrophoresis
İzlenebilir gerçek zamanlı elektroforez
SİNEM ÖKTEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Lageos I ve lageos II için doğruluk analizi
Başlık çevirisi yok
GAYE KIZILSU
Doktora
Türkçe
1998
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiÖlçme Tekniği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET ŞAHİN
- Gemlik Körfezi deniz seviyesi değişimlerinin jeofizik yöntemlerle incelenmesi
Investigation of sea level changes in Gulf of Gemlik with geophysical methods
ASEN SABUNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE KAŞLILAR ŞİŞMAN
DOÇ. DR. KÜRŞAD KADİR ERİŞ
- Akımsız Ni-P, Ni-B ve Ni-W-B kaplamaların yüksek sıcaklık oksidasyon ve camla etkileşim davranışlarının incelenmesi
Investigation of high temperature oxidation and glass interaction bahaviors of electroless Ni-P, Ni-B ve Ni-W-B coatings
SİNEM ERASLAN
Doktora
Türkçe
2015
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KAMİL ÜRGEN
- Single and multi agent real-time path search in dynamic and partially observable environments
Değişken ve kısmi gözlemlenebilir ortamlarda tek ve çoklu etmen gerçek zamanlı yol arama
ÇAĞATAY ÜNDEĞER
Doktora
İngilizce
2007
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FARUK POLAT