Amsacta moorei entomopoxvirus muhtemel glikozil transferaz geninin (AMV248) yapısal ve fonksiyonel analizi
Functional and structural analysis of amsacta moorei entomopoxvirus putative glycosyl transferase gene (AMV248)
- Tez No: 456252
- Danışmanlar: PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV), gen terapi, ifade vektörü ve biyopestisit olarak kullanılma potansiyeli olan önemli bir böcek virüsüdür. DNA dizi ve biyoinformatik analizler sonucu genomunda belirlenen amv248 kodlu ORF'nin muhtemel bir glikozil transferaz kodladığı önerilmiştir. Böylece amv248'in konak seçiciliğinde rol oynayan, virüs replikasyonunun için zorunlu bir yapısal protein kodladığı düşünülmektedir. Tez çalışmasında AMEV glikozil transferaz geninin yapısı ve virusün konağa tutunmasındaki rolünün aydınlatılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda amv248'in transkripsiyonunun AMEV enfeksiyonunu takiben 3 ila 6 saatler arasında başlayan ara gen sınıfına ait bir gen olduğu; 126 baz 5' ve 50-84 baz aralığında 3' translasyona uğramayan bölge içerdiği belirlenmiştir. AMV248 proteininin 3 boyutlu yapısı tahmin edilerek muhtemel konak bağlanma aminoasitleri belirlenmiş ve 30 kDa'luk rekombinant protein üretilip heparine bağlandığı gösterilmiştir. Proteine özgü antikor hizmet alımı ile ürettirilmiş ve bu antikor ile virüsün immün nötralizasyonu gösterilmiştir. Ayrıca virüsün hücre yüzey matriks bileşenlerinden heparine bağlandığı, enfeksiyonun çözülebilir glikozaminoglikanlar ile inhibe edilebildiği ve yüzey GAG'ları çıkarılan hücrelerin enfeksiyonunda azalma görüldüğü belirlenmiştir. Son olarak amv248 genini içermeyen rekombinant virüs üretilmiş ve kontrol virüs ile replikasyon, enfeksiyon özellikleri, protein profili ve yavru virüs üretimi bakımından fark gözlenmezken, gen ifade seviyesinde fark olduğu qPCR metodu ile belirlenmiştir. Sonuç olarak virüsün konak hücreye tutunma ve enfeksiyon başlama mekanizmasıyla ilgili önemli bulgular elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) is an important insect virus which has potential usage as gene expression and therapy vectors and biopesticide. Based on DNA sequencing and bioinformatics analysis, it was suggested that amv248 encodes a putative glycosyltransferase. This suggests that amv248 encodes a structural protein which may play a role at host specificity of the virus and essential for initiation of virus replication. In this thesis, it was aimed to identify the function and structure of amv248 gene. Within the scope of these studies, it was concluded that transcription of amv248 started between 3 and 6 hours post infection, and it belongs to intermediate class of virus gene expression; the 5' and 3' untranslated regions of gene were determined as 126 bases and between 50-84 bases, respectively. The 3D structure of the protein was generated by bioinformatics analysis, and putative host cell binding aminoacids were determined. A 30 kDa recombinant protein of the gene was expressed and shown that it binds to heparine. Specific antibody against protein was produced and virus was immunoneutralized using this antibody. Also it was shown that virus binds to a cellular matrix compound, heparine, viral infection was inhibited by glycoseaminoglycans (GAGs) and viral infection reduced after digestion of GAGs from cell surface. Finally, amv248 knocked-out virus was constructed, and while no differences was found between control and recombinant virus regarding virus replication, infection, protein profile and progeny virus yield; significant change was detected at transcriptional level. In conclusion, important findings regarding to virus-host cell attachment and infection mechanism were determined in this study.
Benzer Tezler
- Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) muhtemel kaspaz orf'si̇ni̇n (AMV063) fonksi̇yonel anali̇zi̇
Functional analysis of putative amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) caspase orf (AMV063)
FUNDA BİLGİLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HACER MURATOĞLU
- Amsacta moorei entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin homolog rekombinasyonla silinmesi ve rekombinant virüs oluşturulması
Detection of AMV133 orf of Amsacta moorei entomopoxvirus by homolog recombination and consruction of recombinant virus
İNCİ CEVHER
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Amsacta moori entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin moleküler analizi
Molecular analysis of orf AMV133 encoded by Amsacta moorei entomopoxvirus
EMİNE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Amsacta Moorei entomopoxvirus protein kinazlarının viral proteinlerle etkileşimlerinin belirlenmesi
Determination of protein protein interactions among protein kinases of amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) and protein kinases with the other proteins of AMEV
MEHTAP DANIŞMAZOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Amsacta moorei entomopoksvirüs protein kinaz geninin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi
Functional analysis and characterization of protein kinase gene (AMV197) of Amsacta moorei entomopoxvirus
HACER MURATOĞLU
Doktora
Türkçe
2010
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ