Geri Dön

Amsacta moorei entomopoxvirus muhtemel glikozil transferaz geninin (AMV248) yapısal ve fonksiyonel analizi

Functional and structural analysis of amsacta moorei entomopoxvirus putative glycosyl transferase gene (AMV248)

  1. Tez No: 456252
  2. Yazar: CİHAN İNAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 130

Özet

Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV), gen terapi, ifade vektörü ve biyopestisit olarak kullanılma potansiyeli olan önemli bir böcek virüsüdür. DNA dizi ve biyoinformatik analizler sonucu genomunda belirlenen amv248 kodlu ORF'nin muhtemel bir glikozil transferaz kodladığı önerilmiştir. Böylece amv248'in konak seçiciliğinde rol oynayan, virüs replikasyonunun için zorunlu bir yapısal protein kodladığı düşünülmektedir. Tez çalışmasında AMEV glikozil transferaz geninin yapısı ve virusün konağa tutunmasındaki rolünün aydınlatılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda amv248'in transkripsiyonunun AMEV enfeksiyonunu takiben 3 ila 6 saatler arasında başlayan ara gen sınıfına ait bir gen olduğu; 126 baz 5' ve 50-84 baz aralığında 3' translasyona uğramayan bölge içerdiği belirlenmiştir. AMV248 proteininin 3 boyutlu yapısı tahmin edilerek muhtemel konak bağlanma aminoasitleri belirlenmiş ve 30 kDa'luk rekombinant protein üretilip heparine bağlandığı gösterilmiştir. Proteine özgü antikor hizmet alımı ile ürettirilmiş ve bu antikor ile virüsün immün nötralizasyonu gösterilmiştir. Ayrıca virüsün hücre yüzey matriks bileşenlerinden heparine bağlandığı, enfeksiyonun çözülebilir glikozaminoglikanlar ile inhibe edilebildiği ve yüzey GAG'ları çıkarılan hücrelerin enfeksiyonunda azalma görüldüğü belirlenmiştir. Son olarak amv248 genini içermeyen rekombinant virüs üretilmiş ve kontrol virüs ile replikasyon, enfeksiyon özellikleri, protein profili ve yavru virüs üretimi bakımından fark gözlenmezken, gen ifade seviyesinde fark olduğu qPCR metodu ile belirlenmiştir. Sonuç olarak virüsün konak hücreye tutunma ve enfeksiyon başlama mekanizmasıyla ilgili önemli bulgular elde edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) is an important insect virus which has potential usage as gene expression and therapy vectors and biopesticide. Based on DNA sequencing and bioinformatics analysis, it was suggested that amv248 encodes a putative glycosyltransferase. This suggests that amv248 encodes a structural protein which may play a role at host specificity of the virus and essential for initiation of virus replication. In this thesis, it was aimed to identify the function and structure of amv248 gene. Within the scope of these studies, it was concluded that transcription of amv248 started between 3 and 6 hours post infection, and it belongs to intermediate class of virus gene expression; the 5' and 3' untranslated regions of gene were determined as 126 bases and between 50-84 bases, respectively. The 3D structure of the protein was generated by bioinformatics analysis, and putative host cell binding aminoacids were determined. A 30 kDa recombinant protein of the gene was expressed and shown that it binds to heparine. Specific antibody against protein was produced and virus was immunoneutralized using this antibody. Also it was shown that virus binds to a cellular matrix compound, heparine, viral infection was inhibited by glycoseaminoglycans (GAGs) and viral infection reduced after digestion of GAGs from cell surface. Finally, amv248 knocked-out virus was constructed, and while no differences was found between control and recombinant virus regarding virus replication, infection, protein profile and progeny virus yield; significant change was detected at transcriptional level. In conclusion, important findings regarding to virus-host cell attachment and infection mechanism were determined in this study.

Benzer Tezler

  1. Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) muhtemel kaspaz orf'si̇ni̇n (AMV063) fonksi̇yonel anali̇zi̇

    Functional analysis of putative amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) caspase orf (AMV063)

    FUNDA BİLGİLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyoteknolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HACER MURATOĞLU

  2. Amsacta moorei entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin homolog rekombinasyonla silinmesi ve rekombinant virüs oluşturulması

    Detection of AMV133 orf of Amsacta moorei entomopoxvirus by homolog recombination and consruction of recombinant virus

    İNCİ CEVHER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU

  3. Amsacta moori entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin moleküler analizi

    Molecular analysis of orf AMV133 encoded by Amsacta moorei entomopoxvirus

    EMİNE DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ

  4. Amsacta Moorei entomopoxvirus protein kinazlarının viral proteinlerle etkileşimlerinin belirlenmesi

    Determination of protein protein interactions among protein kinases of amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) and protein kinases with the other proteins of AMEV

    MEHTAP DANIŞMAZOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU

  5. Amsacta moorei entomopoksvirüs protein kinaz geninin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi

    Functional analysis and characterization of protein kinase gene (AMV197) of Amsacta moorei entomopoxvirus

    HACER MURATOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ