Amsacta moori entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin moleküler analizi
Molecular analysis of orf AMV133 encoded by Amsacta moorei entomopoxvirus
- Tez No: 233663
- Danışmanlar: PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Amsacta mori entomopoksvirüs (AmEPV) Poxviridae familyasına ait önemli bir böcek virüsüdür. AmEPV'nin tüm genom analizinin yapıldığı çalışmada AMV133 kodlu açık okuma zincirinin muhtemel bir lipaz kodladığı ileri sürülmüştür.Bu tez kapsamında yapılan biyoinformatik çalışmalar sonucunda AMV133 kodlu açık okuma zincirinin fonksiyonel bir lipaz olabilmesi için gerekli domainleri içerdiği görülmüştür. RT-PCR analiziyle genin transkriptomik analizi ve 5'-RACE analiziyle transkripsiyon başlama noktası (5'-UTR) belirlenmiştir. İnhibitörler varlığında gerçekleştirilen enfeksiyonlarla genin transkripsiyon sınıfı tespit edilmiştir. Genin muhtemel promotor bölgesi ikili lusiferaz deneyi ile belirlenmiştir. Ayrıca genin in vitro da virüs replikasyonu üzerine etkisi RNAi yöntemi ile tespit edilmiştir.Sonuç olarak, biyoinformatik analizlerle lipaz geni olduğu belirlenen AMV133 numaralı açık okuma zincirinin transkripsiyonunun enfeksiyondan sonra 6. saatte başladığı ve gecikmiş erken sınıfa ait bir gen olarak ifade edilen bir promotora sahip olduğu, transkripsiyonun translasyon başlangıç noktalarına göre -77. pozisyondaki A bazı olduğu tespit edilmiştir. Genin muhtemel promotorunun translasyon başlangıç noktasının yukarısındaki sıralardan -82. nükleotid ile -21. nükleotid arasında olduğu gösterilmiştir. RNAi yöntemi ile genin in vitro da virüsün replikasyonu için elzem olmadığı belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Amsacta moorei entomopoxvirüs (AmEPV) belong to Poxviridae family, is an important insect virus. After analysis of complete genomic sequence of AmEPV, ORF AMV133 was suggested to be a putative triacylglyceride lipase gene.In this study, bioinformatic analysis shows that AMV133 have domains for a functional triacylglyceride lipase. Transcriptomic analysis of the gene was determined by RT-PCR and transcription start point (5?-UTR region of the gene) was determined by 5?-RACE. Transcription class was determined in infection of Ld652 cells in the presence of inhibitors of DNA or protein synthesis. Studies were performed on detection of the potential promoter sequences. Also, effect on this gene virus replication carried out by RNAi.As a result, ORF AMV133 is transcribed at 6th hours post infection and has an early or delayed early promoter. 5?-RACE analysis showed that transcription initiated at position ?77, relative to the translational start site of this gene. To determine the limits of the putative promoters, upstream sequences of various lengths were cloned in front of a firefly luciferase reporter gene. The resulting plasmid constructs were tested in a dual assay. The promoter activity was lost when the length of the sequence upstream of the translational start site was reduced from -82 to -21 nucleotides. Based on result of RNAi study, this gene is not required for in vitro virus replication.
Benzer Tezler
- Amsacta moorei entomopoksvirüse ait AMV133 kodlu açık okuma zincirinin homolog rekombinasyonla silinmesi ve rekombinant virüs oluşturulması
Detection of AMV133 orf of Amsacta moorei entomopoxvirus by homolog recombination and consruction of recombinant virus
İNCİ CEVHER
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Amsacta Moorei entomopoxvirus protein kinazlarının viral proteinlerle etkileşimlerinin belirlenmesi
Determination of protein protein interactions among protein kinases of amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) and protein kinases with the other proteins of AMEV
MEHTAP DANIŞMAZOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Amsacta mooreı entomopoksvirüs'e ait AMV197'nin trans-aktivasyonu ve konak seçiciliğindeki rolü
Trans-activation of AMV197 belong to amsacta moorei and its role in the host range of virus
DUYGU BEKİRCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Amsacta moorei entomopoksvirüs protein kinaz geninin karakterizasyonu ve fonksiyonel analizi
Functional analysis and characterization of protein kinase gene (AMV197) of Amsacta moorei entomopoxvirus
HACER MURATOĞLU
Doktora
Türkçe
2010
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) muhtemel kaspaz orf'si̇ni̇n (AMV063) fonksi̇yonel anali̇zi̇
Functional analysis of putative amsacta moorei entomopoxvirus (AMEV) caspase orf (AMV063)
FUNDA BİLGİLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HACER MURATOĞLU