Geri Dön

Zeytinde (Olea europaea L.) yeni nesil DNA dizileme teknolojisi ile geliştirilen SNP moleküler işaretleyicilerine dayalı genetik haritanın oluşturulması

Development of SNP markers using next generation DNA sequencing technologies and construction of a SNP based genetic map in olive

  1. Tez No: 459144
  2. Yazar: KÜBRA YILMAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET İPEK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 47

Özet

Bu araştırmada zeytin bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada Gemlik ve Edincik Su zeytin çeşitleri ve bunların 121 adet melezi kullanılmıştır. Bu bitkilerden yaprak örnekleri alınmış ve DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Herbir ebeveyn ve 121 adet melez bitkiden 50 ng DNA örneği GBS analizi için Wisconsin Universitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'na gönderilmiştir. ApeKI retriksiyon enzimi ile kesilerek DNA parçalarına adaptörler ve barkod nükleotidler eklendikten sonra bu DNA parçalarının nükleotid dizileri Illumina HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA) cihazı kullanılarak belirlenmiştir. DNA parçalarına ait SNP moleküler işaretleyicileri 'Stacks' bilgisayar programı kullanılarak tespit edilmiştir. Elde edilen SNP moleküler işaretleyicileri arasındaki genetik bağlantı 'JoinMap 3.0' programı kullanılarak belirlenmiştir. Oluşturulan genetik bağlantı haritasında 25 adet Bağlantı Grubu (LG) belirlenmiş, sayıları 58 ve 361 arasında değişen ve toplam 5 736 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 3 049 cM olarak tespit edilmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0.61 cM olarak belirlenmiştir. Daha önce zeytin bitkisine ait SNP tabanlı bir genetik bağlantı haritası geliştirilmediğinden yaptığımız çalışma dünya genelinde bir ilk olmuştur. Oluşturulan bu harita önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına yardımcı olacaktır.

Özet (Çeviri)

In the present research, we aimed SNP discovery via Next Generation DNA sequencing Technology. In this study 50 ng DNA isolated from each 121 cross-pollinated full-sib F1 progeny between the olive cultivars 'Gemlik' and 'Edincik Su' and sent to Wisconsin University Biotechnology Center for analysis. DNA fragments identified by Illumina HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA) with adding barcodes and adaptor nucleotides after ApeKI enzyme restriction. SNP discovery implemented in the computer program 'Stacks'. Linkage groups were defined with 'JoinMap 3.0' computer program. A high-density genetic linkage map for the olive genome was constructed using total of 5736 SNP markers between 58 and 361. This linkage map was composed of 25 linkage groups, covering 3049 cM of the olive genome. The maximum distance between the flanking markers was 9 cM and the mean distance between the flanking markers was 0.61 cM. This is the first study in the literature regarding SNP based genetic linkage map of olive. This integrated map provides a useful tool for the detection of QTLs controlling economically important traits.

Benzer Tezler

  1. Yeni nesil dizileme teknolojisi ile zeytinin (Olea Europea L. cv. Ayvalık) pedisel dokusunun transkriptom dizilemesi

    Transcriptome sequencing via next-generation sequencing technology in olive pedicel tissue (Olea europaea L. cv. Ayvalık

    ÜMMÜGÜLSÜM TANMAN ZIPLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MİNE TÜRKTAŞ

  2. Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu

    Characterization of conserved and novel miRNAs in leaf and pedicel Ttissue and their targets in Olive (Oleaea Europa L. subsp. oleaster) from RNA deep sequence

    MUHAMMET YUSUF PEKMEZCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER

  3. Zeytin(Olea europaea L.) bitkisinde periyodisite ile ilişkili miRNA'ların karakterizasyonu

    Characterization of alternate bearing-associated miRNAs in olive (Olea europaea L.)

    HURİYE YANIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER

  4. Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri

    Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types

    SEVDA DÜLGER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER

  5. Zeytinde halkalı leke hastalığının Bursa koşullarındaki biyolojisi üzerinde araştırmalar

    Investigation on biology of olive leaf spot disease in Bursa condition

    NAGİHAN İŞALMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    ZiraatUludağ Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. HİMMET TEZCAN