Zeytinde (Olea europaea L.) yeni nesil DNA dizileme teknolojisi ile geliştirilen SNP moleküler işaretleyicilerine dayalı genetik haritanın oluşturulması
Development of SNP markers using next generation DNA sequencing technologies and construction of a SNP based genetic map in olive
- Tez No: 459144
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET İPEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
Bu araştırmada zeytin bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada Gemlik ve Edincik Su zeytin çeşitleri ve bunların 121 adet melezi kullanılmıştır. Bu bitkilerden yaprak örnekleri alınmış ve DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Herbir ebeveyn ve 121 adet melez bitkiden 50 ng DNA örneği GBS analizi için Wisconsin Universitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'na gönderilmiştir. ApeKI retriksiyon enzimi ile kesilerek DNA parçalarına adaptörler ve barkod nükleotidler eklendikten sonra bu DNA parçalarının nükleotid dizileri Illumina HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA) cihazı kullanılarak belirlenmiştir. DNA parçalarına ait SNP moleküler işaretleyicileri 'Stacks' bilgisayar programı kullanılarak tespit edilmiştir. Elde edilen SNP moleküler işaretleyicileri arasındaki genetik bağlantı 'JoinMap 3.0' programı kullanılarak belirlenmiştir. Oluşturulan genetik bağlantı haritasında 25 adet Bağlantı Grubu (LG) belirlenmiş, sayıları 58 ve 361 arasında değişen ve toplam 5 736 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 3 049 cM olarak tespit edilmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0.61 cM olarak belirlenmiştir. Daha önce zeytin bitkisine ait SNP tabanlı bir genetik bağlantı haritası geliştirilmediğinden yaptığımız çalışma dünya genelinde bir ilk olmuştur. Oluşturulan bu harita önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
In the present research, we aimed SNP discovery via Next Generation DNA sequencing Technology. In this study 50 ng DNA isolated from each 121 cross-pollinated full-sib F1 progeny between the olive cultivars 'Gemlik' and 'Edincik Su' and sent to Wisconsin University Biotechnology Center for analysis. DNA fragments identified by Illumina HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA) with adding barcodes and adaptor nucleotides after ApeKI enzyme restriction. SNP discovery implemented in the computer program 'Stacks'. Linkage groups were defined with 'JoinMap 3.0' computer program. A high-density genetic linkage map for the olive genome was constructed using total of 5736 SNP markers between 58 and 361. This linkage map was composed of 25 linkage groups, covering 3049 cM of the olive genome. The maximum distance between the flanking markers was 9 cM and the mean distance between the flanking markers was 0.61 cM. This is the first study in the literature regarding SNP based genetic linkage map of olive. This integrated map provides a useful tool for the detection of QTLs controlling economically important traits.
Benzer Tezler
- Yeni nesil dizileme teknolojisi ile zeytinin (Olea Europea L. cv. Ayvalık) pedisel dokusunun transkriptom dizilemesi
Transcriptome sequencing via next-generation sequencing technology in olive pedicel tissue (Olea europaea L. cv. Ayvalık
ÜMMÜGÜLSÜM TANMAN ZIPLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
GenetikÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİNE TÜRKTAŞ
- Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu
Characterization of conserved and novel miRNAs in leaf and pedicel Ttissue and their targets in Olive (Oleaea Europa L. subsp. oleaster) from RNA deep sequence
MUHAMMET YUSUF PEKMEZCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Zeytin(Olea europaea L.) bitkisinde periyodisite ile ilişkili miRNA'ların karakterizasyonu
Characterization of alternate bearing-associated miRNAs in olive (Olea europaea L.)
HURİYE YANIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri
Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types
SEVDA DÜLGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER
- Zeytinde halkalı leke hastalığının Bursa koşullarındaki biyolojisi üzerinde araştırmalar
Investigation on biology of olive leaf spot disease in Bursa condition
NAGİHAN İŞALMAZ