Ateşi yüksek olan hastalarda kanda bakteri varlığının üniversal primerler kullanılarak hızlı saptanması
The role of universal primers for rapid detection of bacterial pathogens in blood samples of patients with fever
- Tez No: 462443
- Danışmanlar: PROF. DR. CUMHUR ÖZKUYUMCU
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bakteriyemi ve sepsis hayatı tehdit eden koşullardır ve hızlı tanı gereklidir. Uygunsuz antibiyotik tedavisi, yüksek mortalite oranları ile ilişkili olmanın yanı sıra, antibiyotik direnci ve uzun süre hastanede yatışa bağlı ekonomik kayba neden olmaktadır. Kandaki mikroorganizmaların saptanmasında, günümüzde altın standart tanı yöntemi kan kültürüdür. Pozitif sinyal elde edilmesi için gereken süre yaklaşık 12-48 saattir. Bu süreye altkültür ve tanımlama için geçen zaman da eklendiğinde ortalama 48-72 saat sonra sonuç verilebilmekte bu nedenle hasta ampirik tedavi almak zorunda kalmaktadır. Kültür amacıyla gönderilen örneklerde pozitiflik oranı %10-15 civarındadır. Bu nedenle hastaların büyük bir kısmına ampirik tedavi uygulanması, gereksiz antibiyotik kullanımı ve buna bağlı direncin en önemli nedenlerinden birini oluşturmaktadır. 16S rRNA geninin korunmuş bölgelerini hedef alan üniversal primerler ile Real-time PCR birçok çalışmada kullanılan moleküler ve modern bir yaklaşımdır. Bu çalışmada ilk aşama olarak, kandan en sık izole edilen 13 bakterinin üniversal primerler ve Gram ayırıcı floresan problar ile duyarlılık sınırları saptanmıştır. İkinci aşamada, yoğun bakımda yatmakta olan hastalardan kan kültürü ile eş zamanlı alınan kan örneğinde bakteri varlığı ve Gram özellikleri üniversal primerler ve Gram ayırıcı floresan problar ile kullanılarak multipleks Real-time PCR ile saptanmıştır.(Duyarlılık %100, özgüllük % 97) Kan örneğinin laboratuvara ulaşmasından itibaren 2 saat içinde örnekte bakterinin varlığı/yokluğu ve varsa Gram özelliği ile ilgili sonuç elde edilmiştir. Kanda mikroorganizma varlığının erken ve doğru tespiti yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların optimal yönetimi için gereklidir. Çalışmada kullanılan yöntemle pozitiflik saptanan hastalarda ileri moleküler tanımlama yöntemlerinin kombine kullanımı, saatler içinde klinisyenin hedefe yönelik antimikrobiyal seçimini kolaylaştıracak ve gereksiz antibiyotik kullanımının önlenmesini sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Bacteraemia and sepsis are associated with high mortality. Whereas blood culture is the gold standard for determination of the bacterial pathogens in sepsis, approximately 10-15% of the samples are tested positive. For that reason, empirical therapy received by the most of patients results in unnecessary antibiotic use and antimicrobial resistance. Universal primers targeting conserved region of the 16S rRNA gene and multiplex Real-time PCR are one of the methods which provides rapid, specific and sensitive process for identifying microbial causes without the need for blood culture. This study aims to investigate diagnosis of bacterial organisms in blood samples by Real-time PCR using universal primers and Gram stain specific fluorescent probes. As a first step of this study, blood specimens drawn from adult volunteers were incubated with serial dilutions of 13 of the most frequently isolated bacteria from patients with sepsis and diagnostic sensitivity was identified by using universal primers and Gram stain specific fluorescent probes. Then, 202 adult patients hospitalized in Hacettepe University, Intensive Care Units within February-May 2014 were included in the research. When blood culture specimens were taken from this patient group to identify causative microorganisms, blood specimens were simultaneously sampled on EDTA tubes and the detection of bacterial pathogens in blood along with Gram species were tested and identified by multiplex Real-time PCR using universal primers and Gram stain specific fluorescent probes. Blood cultures were used as a standard method in the study. Among 202 blood samples tested, 167 samples (82. 6%) didn't exhibit bacteraemia or fungemia following 5 days of incubation whereas 12 samples (5.9%) and 18 (8.9%) indicated respectively Gram-negative bacterial growth and Gram-positive bacterial growth; fungemia was seen in 5 samples (%2.4). Polymicrobial growth was determined in 3 samples (1.5%). The positive rate of blood culture method for bacterial growth was estimated as 14.8% (n=30). Considering the duration for bacterial growth in blood samples, it was found that minimum 10 hours 21 minutes and maximum 32 hours 10 minutes (average of 19 hours and 48 minutes) was required. From 202 blood specimens analysed in the study, 167 samples (82.6%) were found as negative by multiplex Real-time PCR. 14 (6.9%) and 21 (10.4%) out of total specimens signalled respectively the DNA of Gram-negative bacteria and Gram-positive bacteria. Fungemia found in the samples via blood culture was diagnosed as negative by Real-time PCR. The positive rate of multiplex Real-time PCR method used in the study was estimated as 17.3% (n=35) and the total testing process time was about two hours. As blood culture with a multiplex Real-time PCR results was comparatively evaluated, the sensitivity for bacterial growth was found 100%, specificity was 97%, positive and negative predictive values were calculated as 100%. The use of advanced molecular techniques for diagnosis infections in parallel with the method applied in this study may facilitate the selection of targeted antimicrobial therapy and ensure the prevention of unnecessary use of antibiotics.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım hemşirelerinin kan kültürü alma ile ilgili bilgi ve tutumları
Determination of knowledge and attitudes of intensive care unit nurses about blood culture
AYŞEGÜL BİRİNCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
HastanelerAydın Adnan Menderes ÜniversitesiHastane Enfeksiyon Kontrolü Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SELCEN ÖNCÜ
- Febril nötropeni tanısıyla hastanede yatan solid tümörlü çocuk hastalarda mutlak fagosit sayısının hastanede yatış süresine etkisi
The effect of absolute phagocyte count on hospitalization duration in pediatric patients with solid tumors admitted with febrile neutropenia diagnosis
MUSTAFA MUTLU ÖKLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıManisa Celal Bayar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ AYKAN ÖZGÜVEN
- Sepsis tanısında multipleks 'real-time' polimeraz zincir reaksiyonu testi ve prokalsitoninin yeri
Evaluation of multiplex real-time polymerase chain reaction test and procalcitonin in diagnosis of sepsis
ASLINUR ÖZKAYA PARLAKAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ BÜLENT CENGİZ
- Otomatik kan kültürü sistemlerinde negatif çıkan kan kültürlerinin inkübasyon süreleri uzatılarak hacek grubu bakterilerin araştırılması
Investigation of hacek group bacteria by increasing the incubation times of negative blood cultures in automatic blood culture systems
GÜLNİHAL ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN
- Üriner sistem infeksiyonlarına klinik mikrobiyolojik ve infeksiyolojik tanı yaklaşımı
Başlık çevirisi yok
HALİT ÖZSÜT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1992
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı