Enhancement and validation of current human genome annotation via novel proteogenomics algorithms
Var olan insan genom anotasyonunun yeni proteogenomik yöntemler ile doğrulanması ve geliştirilmesi
- Tez No: 473213
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Genetik, Biotechnology, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteogenomik protemikten genomik alanına veya genomikten proteomik alanına bilginin transferini içerir. İki alanda bilgi üretmek için kimliklendirilmesi ve ilişkilendirilmesi gereken büyük sayıda veri ortaya koyar. Genomik çalışmalarla üretilen verilerin kimliklendirilmesi amaçlanır ve bu kimliklendirmede yüksek güvenilirlik elde etmek için deneysel tekniklerle translasyon düzeyinde doğrulama yapılması şarttır. Genomik yeni nesil dizileme yöntemini içeren yüksek-ölçekli yöntemlerle elde edilirken, proteomik verileri yine yüksek-ölçekli veri üreten bir yöntem olan kütle spektrometreden elde edilir. PeptideAtlas, PRIDE gibi çeşitli veri bankalarında açık kaynak insan kan plazma dokusuna ait kütle spektrometre verisi mevcuttur. Bu veriler arasından elde edilecek yüksek kaliteli koleksiyonlar geliştireceğimiz veritabanında depolanmıştır. Bu proje kapsamında ilk gerçekleştirilen amaç spektral verileri bu çalışma kapsamında geliştirilen PGMiner akış algoritması kullanarak insan genomunun 6-çerçeve translasyonu, eksozom ve tüm tahmin edilmiş alternatif açık okuma çerçevelerini kapsayan veritabanlarına karşı aranmış ve spektral verilerin hangi peptitlere ait olduğunu anlamlandırılmıştır. Daha sonra var olan gen ve protein anotasyonları ile ilk aşamada peptit tanımlaması yapılan kütle spektrometre ölçümleri ilişkilendirilmiştir. HAVANA ve ENSEMBL'dan elde edilen var olan genom anotasyonları ile mevcut gen anotasyonları doğrulanmış ve geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Proteogenomics includes the transfer of knowledge from proteomics to genomics and vice versa. To have high confidence in the information transferred it is essential that it be based on experimental results. Genomics is currently fueled by high throughput techniques involving next generation sequencing. Proteomics is based on mass spectrometry (MS) which is also a high throughput approach. Both fields are generating a wealth of data which needs to be correlated and annotated to generate knowledge. Publicly available human blood plasma mass spectrometric data exist for samples in data repositories such as PeptideAtlas, PRIDE. We acquired high-quality collections from this data and stored it in a custom database developed by us. First, we aimed to amend this data by employing a proteogenomic pipeline PGMiner developed in this study against a custom sequence database which includes all predicted alternative open reading frames as well as the six-frame translation of the human genome and exosome. Then, we correlated the existing annotations with the available mass spectrometric measurements. The human genome in tandem with currently available genome annotations from HAVANA and ENSEMBL enabled us to validate and enhance current gene annotations.
Benzer Tezler
- Yatay eksenli sualtı akıntı türbinlerinde kavitasyon olgusunun deneysel ve lineer olmayan sayısal yöntemler ile incelenmesi
Investigation of cavitation phenomenon in horizontal axis marine current turbine by experimental and nonlinear numerical methods
MEHMET SALİH KARAALİOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR BAL
- Design and optimization of compact vivaldi antenna with matching medium for microwave brain imaging applications
Mikrodalga beyin görüntüleme uygulamaları için eşleştirme ortamına sahip kompak vıvaldı antenin tasarımı ve optimizasyonu
CAFER UYANIK
Doktora
İngilizce
2025
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM AKDUMAN
- Acil tıpta yapay zekâda neredeyiz ve neler yapabiliriz?
Where are we in emergency medicine applications of artificial intelligence, and what can we do?
MEHMET ALİ ÇALIŞKAN
- Derin öğrenme tabanlı yaklaşımlarla mikroskop görüntülerinden plastik türlerinin sınıflandırılması
Classification of plastic types from microscope images using deep learning-based approaches
ADEM DELİASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ULAŞ YURTSEVER
- Analyzing the freeway capacity and examining the improvements via connected and autonomous vehicles
Otoyol bağlantı kapasitesinin analizi ve bağlantılı araç teknolojisi ile yapılabilecek iyileştirmelerin incelenmesi
BERKCAN KÜÇÜKOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
UlaşımIşık Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKER AKSOY