Biyoinformatik; Gensel veri analizi tabanli yazilimlarin karşilaştirilmasi
Bioinformatics; The comparison of softwares based on genetics data analysis
- Tez No: 473835
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ONUR ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, gensel veri analizi, Arlequin, Power Marker, popülasyon genetiği, Bioinformatics, genetic data analysis, Arlequin, Power Marker, Population genetics
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 51
Özet
Amaç: Beta geni üzerinde yer alan, yayınlanmış polimorfik odaklardan yararlanılarak, bu odakların Hb D-Los Angeles mutasyonu ile olan olası ilişkilerinin istatistiksel yazılım programları (Arlequin 3.1) (10) ve Power Marker 3.25 (11) ile karşılaştırmalı analizini yapmaktır. Gensel verilerin farklı yazılımlar tarafından işlenmesi ile elde edilecek sonuçların, gensel veri analizi güvenirliliği, programların uyumu, varsa farklıkları ve bu farklılıkların nedenlerinin tartışılması, araştırıcıların çalışma amaçlarına yönelik program seçimi ve kıyaslamalarında yol göstermesi bakımından kaynak veri sağlayacağı öngörülmektedir. Bu bakış açısı altında; tez çalışmasının temel amacı, Hb D-Los Angeles modelinde beta globin gen ailesi ve beta globin geni üzerindeki gensel verilerin analizindeki olası farklılıkların ya da ortak sonuçların iki istatistiksel yazılım ile karşılaştırılabilmesidir. Materyal ve Metot: Tez çalışmamız da Hb D-Los Angeles mutasyonu taşıyan bireyler (40 adet) ile normal bireylere (59 adet) ait yayınlanmış veriler kullanılarak istatistik tabanlı Arlequin 3.1 ve Power Marker 3.25 yazılımlarıyla karşılaştırmalı test değerlendirme aşamaları gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Arlequin ve Power Marker yazılımları, her iki popülasyonda da Hb D-Los Angeles mutasyonu ile ilişkili haplotip sıklıklarını eşit frekans oranlarına sahip biçimde hesaplamıştır. Molekülsel çeşitlilik ve Mismatch dağılım parametreleri dikkate alındığında Arlequin yazılımı popülasyonların tarihsel gelişim süreçlerinin belirlemesinde önemli avantaj sağlayabilmektedir. Her bir lokus için her iki popülasyona ait allel frekans hesaplamaları, allel çifti frekans hesaplamaları, haplotip eğilim regresyonu, ve farklılık testi gibi parametreler Power Marker yazılımına özgü testler olarak sunulmaktadır. Sonuç: Arlequin yazılımı kullanılarak elde edilen Tau mutasyon yaşı, LD (bağlantı dengesizliği) ve popülasyonların tarihsel süreçlerini yansıtan parametreler gibi sonuçlar, Power Marker yazılımına göre daha ayrıntılı ve kapsamlı olarak hesaplanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Bioinformatics; The Comparison of Softwares based on Genetics Data Analysis Aim: The comparative analysis with relational statistics programs (Arlequin 3.1) (10) and Power Marker 3.25 (11) is performed, using the published polymorphic loci on the Beta gene to investigate possible associations of these loci with the Hb D-Los Angeles mutation. It is envisaged that the results obtained by the processing of genetic data by different software will provide source data in terms of reliability of the analysis of the genetic data, compatibility of the programs, discrepancies, if any, and reasons for these differences, and the researchers guide the program selection and benchmarking for the study purposes. Under this point of view; The main purpose of the thesis study was to compare the possible differences or common results of analysis of gene data on beta globin gene family and beta globin gene in Hb D-Los Angeles model with two statistical software. Material and Method: In our thesis study, comparative test evaluation steps were performed with statistical-based Arlequin 3.1 and Power Marker 3.25 software using the published data of Hb D-Los Angeles mutated individuals and (40) normal individuals (59). Results: Arlequin and Power Marker software calculated the haplotype frequencies associated with the Hb D-Los Angeles mutation in both populations with equal frequency values. Considering the molecular diversity and mismatch distribution parameters, Arlequin software can provide important advantages in determining the historical development processes of populations. For each locus, parameters such as allele frequency calculations, allele pair frequency calculations, haplotype tendency regression, and difference test for both populations were presented as specific tests of Power Marker software. Conclusion: Results obtained using Arlequin software such as Tau mutation age, LD (linkage disequilibrium) and parameters reflecting historical processes of populations are calculated in more detail and comprehensively than Power Marker software.
Benzer Tezler
- Classification of microarray gene expression cancer data by using artificial intelligence methods
Yapay zeka yöntemleri kullanılarak mikroarray gen ifade kanser verilerinin sınıflandırılması
MEHMET ŞÜKRÜ MUMBUÇOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolHasan Kalyoncu ÜniversitesiElektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT HAZNEDAR
- Akciğer kanserinde omik veri tabanlı analizler ve biyobelirteçlerin araştırılması
Omics data-based analysis and investigation of biomarkers in lung cancer
AYŞE CANER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ORDİN
- Structural bioinformatics analysis of the candidate tumor suppressor protein CTCF
Aday tümör baskılayıcı protein CTCF'in yapısal biyoenformatik analizi
SİNEM DARWISH
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Machine learning models for microbiome-based classification of axolotl limb regeneration phases
Aksolotl uzuv rejenerasyon aşamalarının mikrobiyoma dayalı sınıflandırılması için makıne öğrenimi modellerı
ABDULLAH HÜSEYİN KÖSEOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği ve Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- MikroRNA veri tabanlarında bilgi geri-getirimi
Information retrieval in microRNA databases
KORAY AÇICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN OĞUL