Manda türünde (Bubalus bubalis) PRNP geninin in silico analizi ve sığır PRNP geni ile karşılaştırılması
In silico analysis of prnp gene in buffalo (Bubalus bubalis) and comparative analysis with PRNP gene of bovine (bos Taurus)
- Tez No: 479627
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Prion geni, biyoinformatik analiz, manda, sığır, Prion gene, bioinformatics, buffalo, bovine
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bu çalışmada, manda populasyonlarında biyoinformatik yöntemlerle prion hastalığı ile ilişkin olan PrP proteinini kodlayan PRNP geni'nin Açık Okuma Çerçevesi'nin (AOÇ) analizi yapılmış, PrP proteininin post-translasyonel modifikasyon olasılıkları hesaplanmış ve Sığır PRNP geni ile karşılaştırılmıştır. Mandalarının seçili DNA verileri polimorfizmlerin bulunması amacıyla analiz edilmiştir. Amino asit değişikliklerini bulmak için, DNA dizileri DNA-protein çevirme aracı ile amino asit sekanslarına çevrilmiş, haplotip, allel ve genotip frekansları hesaplanmıştır. Prion proteinlerinin birbiriyle etkileşiminde önemli rol oynayan post-translasyonel modifikasyonlar yapan faktörlerden PrP post-translasyonel modifikasyonları çevrimiçi sunucularla hesaplanmıştır. Karşılaştırmalı analiz için prion hastalığına dirençsiz tür olan sığır bireylerinde aynı analizler tekrar edilmiştir. Manda populasyonlarının PRNP geni kodlama bölgesinde beş SNP saptanmış, haplotip, allel, genotip frekansları hesaplanmış, PrP proteini post-translasyonel modifikasyonları bulunmuştur. Korunan nükleotit ve amino asit dizilerinin yüksek frekansı gözlemlenmiştir. Çalışma evrim sürecinde PRNP geninin korunmuş olduğu ve mandada prion hastalığına dirençliliğin protein düzeyindeki etkileşimlerle daha çok ilişkili olduğu ihtimalini desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, ORF of PRNP gene encoding PrP protein was analyzed in Anatolian and Murrah buffaloes populations. Also, PTM probability of PrP protein was estimated by bioinformatics methods. Bovine PRNP gene was investigated for comparative analysis. DNA data of buffaloes were analyzed on purpose to find polymorphisms. To find amino acid changes the DNA sequences were translated to amino acid sequences, haplotype, allele, and genotype frequencies were calculated. PrP post-translational modifications, one of the factors that play an important role in the protein-protein interaction, were calculated by Online servers. For comparative analysis, the same analysis repeated on bovine data. Bovine has a close phylogenetic relationship with the buffalo and has a susceptibility to prion disease. We found five SNPs in ORF region and haplotype, allele, genotype frequencies, PTMs of PrP estimated for buffalo population. The high frequency of conserved nucleotide and the amino acid residue was observed. The study supports an issue that PRNP gene highly preserved during the evolutionary process and the resistance to prion disease is more likely not to be associated with interactions in gene level.
Benzer Tezler
- Manda ve inek sütünden üretilen quark peynirinde probiyotik ve prebiyotik kullanımı
Probiotic and prebiotic usage in quark cheese produced from buffalo and cow milk
ELİF EKMEKÇİ
Doktora
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN AKARCA
- Marmara bölgesinde ruminant abortlarında chlamydia abortus'un real time PCR ile teşhisi ve multilokus VNTR analizi ile genotiplendirilmesi
Diagnosis of chlamydia abortus by real time PCR in ruminant abortions in the marmara region and genotyping with multilocus VNTR analysis
MEHMET ENGİN MALAL
Doktora
Türkçe
2020
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Dondurularak depolanmış keçi, koyun ve manda sütlerinden yoğurt üretimi ve üretilen yoğurtların özellikleri üzerine bir araştırma
A study on yoghurt production from frozen stored goat, sheep and buffalo milk and properties of yoghurt
CANAN ŞAHSİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Gıda MühendisliğiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ŞİMŞEK
- Çiftlik hayvanlarına ait fibroblast, kıkırdak, granüloza ve kas hücrelerinde immunohistokimyasal karakterizasyon ve hücre siklus analizleri
Immunohistochemical characterization and analyses of cell cycles fibroblasts, cartilage, granulosa and muscle cells from farm animals
AYSEL EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiNamık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RIFAT BİRCAN
PROF. DR. SEZEN ARAT
- Necîb Mahfûz'un Hânu'l-Halîlî ve Peyami Safa'nın Fatih-Harbiye romanlarında gelenek-modernite çatışması
Tradition-modernity conflict in Necîb Mahfûz's Hânu'l-Halîlî and Peyami Safa's Fatih-Harbiye novels
TAHİR ARAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Doğu Dilleri ve EdebiyatıMardin Artuklu ÜniversitesiArap Dili ve Kültürü Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ABDÜLHADİOĞLU