Geri Dön

Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday genlerin incelenmesi

Investigation of candidate sporadic colorectal cancer related genes

PDF İndir

  1. Tez No: 485159
  2. Yazar: ÖZGE CUMAOĞULLARI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 248

Özet

Kanser, sanayileşmenin artması ile dünya çapında önemli bir halk sağlığı problemi haline gelmiştir. Kolorektal kanser (KRK) Dünya ve Türkiye genelinde kanserler arasında 3. sırada bulunmaktadır. Sporadik kolorektal kanser,KRK vakalarının %75'ini oluşturmaktadır. Sporadik vakaların ortaya çıkışı her ne kadar kalıtım bağımsız bir süreç de olsa, bu vakaların genetik yapılarında onları KRK'e yatkın hale getiren ve muhtemelen birden çok sayıda genetik bileşen bulunmaktadır. Kompleks hastalıklara yatkınlığa neden olan genlerin ortaya çıkarılması genetik ilişkilendirme (asosiyasyon) çalışmaları ile mümkün olmaktadır. Bu çalışmalar geniş hasta-kontrol popülasyonlarda ve tüm genomun genomik belirteçlerle taranması yolu ile gerçekleştirilmekte ve genom boyu asosiyasyon çalışması (GWAS) adını almaktadır. Bu tez çalışması ile bilebildiğimiz kadarı ile Türk popülasyonunda bugüne dek yürütülmüş ilk ve tek aile temelli GWAS'ın, 1016 sporadik KRK ve 948 kolonoskopi muayenesi yapılmış sağlıklı kontrol bireyden oluşan geniş bir popülasyondaki validasyonu,kompetitiv allel spesifik amplifikasyon (KASP) ile gerçekleştirilmiştir. Bu çerçevede 250K TNP arrayler ile 51 trioda yapılan aile temelli GWAS sonucunda belirlenen 75 aday tekli nükleotit polimorfizmi (TNP) ile Avrupa popülasyonunda gerçekleştirilenGWAS'larda kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş 7 TNPgeniş örneklem grubumuzda çalışılmıştır.Ayrıca kurucu etkisi olduğudüşünülen 3p22.3 lokalize olmuş (35565537-35941124_ GRCh37) 1 Mb'lık bölge 4 bireyde yeni nesil DNA dizi analizi ile araştırılmıştır. 75 TNP genotipleme verisi üzerinden hesaplanan Fiksasyon (Fst) indeksi rs688551, rs4792074 numaralı TNP'lerin bölgesel stratifikasyon gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu nedenle bu iki TNP asosiyasyon analizlerinden çıkarılmıştır. Cochran-Armitage'in Ki kareli eğilim testi ile 75 TNP arasından p

Özet (Çeviri)

Due to the increasing industrialization, cancer has become a major global health issue. Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer both in the world and in Turkey. Sporadic CRC constitutes 75% of all CRC cases. Although development of CRC in sporadic cases is independent of heredity, there are possibly multiple genetic components in their genetic make up that predispose them to CRC. Identification of the genes that create tendency towards complex diseases is possible with genetic association studies. These studies, namely the genome-wide association studies (GWAS), are conducted on large case-control populations by scanning the whole genome for presence of genomic markers. To our knowledge, this dissertation study is the first and only family-based GWAS in Turkish population, in which a large study sample comprised of 1016 cases with sporadic CRC and 948 healthy controls with normal colonoscopic findings were examined with kompetitive allele-specific PCR (KASP) amplification. In this regard, our large study sample was scanned for 75 candidate single nucleotide polymorphisms (SNPs) that were identified by family-based GWASs conducted on 51 trio using 250K SNP arrays and for 7 SNPs that were associated with CRC by GWASs conducted on European population. Additionally, a 1 Mb region localized to 3p22.3(35565537-35941124_ GRCh37), which is though to have a founder effect, was analyzed in 4 individuals via next generation DNA sequencing. Fixation (Fst) index calculated using 75 SNP genotyping data revealed that the SNPs rs688551 and rs4792074 displayed regional stratification. Therefore, these two SNPs were excluded from association analyses. Based on the results of Cochran-Armitage Chi-square test for trend, among the 75 SNPs examined in our study, 5 SNPs, namely rs635833, rs3007737, rs6826441, rs10067633 and rs16829831 that are localized to 1p32.2, 1q43, 4p15.2, 5q11.2 and 3q25.32, respectively, were found to create predisposition towards disease in the Turkish population (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    485169

    Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday tekli nükleotit polimorfizmlerinin Türk popülasyonu için değerlendirilmesi

    Evaluation of candidate snps associated with sporadic colorectal cancer for Turkish population

    ZÜLAL BİLİCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ

  2. Tez No

    415008

    Kolorektal karsinoma ve öncü lezyonlarında mikrosatellit instabilitesinin immünhistokimyasal olarak değerlendirilmesi

    Immunohistochemical evaluation of microsatellite instability in colorectal carcinoma and precursor lesions of colorectal carcinoma

    SEHER YÜKSEL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    PatolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA SAVAŞ

  3. Tez No

    819541

    Generation of patient specific iPSC-derived healthy organoids from primary colorectal cancer patients with/without metastasis and transcriptome analysis

    Metastazlı ve metastazsız kolorektal kanser hastalarının indüklenmiş pluripotent kök hücrelerinden sağlıklı organoidlerinin geliştirilmesi ve transkriptom analizi

    ZEYNEP BÜŞRA ÖZER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Kök Hücre ve (Rejeneratif) Yenileyici Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KAMİL CAN AKÇALI

  4. Tez No

    301039

    Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında tek nükleotit polimorfizm profilinin belirlenmesi ile yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi

    Determination of new genetic predisposition genes and genes involved in cancer progression through genomewide SNP profiling in sporadic colorectal cancer cases

    DİLAY ÇIĞLIDAĞ DÜNGÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ

  5. Tez No

    352469

    Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması

    Identification of new gene and gene groups involved in cancer development and progression through genome-wide copy number variation analysis and transcriptome profiling in sporadic colorectal cancer cases

    NEVİN BELDER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ

Geri Dön