Türkiye' de yetiştirilen bazı koyun ırklarında ebeveyn tayini
Paternity testing of some sheep breeds in Turkey
- Tez No: 499206
- Danışmanlar: PROF. DR. VAHDETTİN ALTUNOK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Günümüzde, mikrosatellit belirteçler evcil hayvan pedigri kontrolünde ve populasyon genetiği çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Herhangi bir genetik bir belirtecin birey tanımlamasında kullanılabilmesi için ilgili populasyonda uygunluğunun ispatlanması gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı; Türkiye'de yetiştirilen bazı koyun ırklarında kullanılabilecek en uygun mikrosatellit belirteçler ile multipleks PZR protokolü oluşturmak ve rutin analizlerde kullanılabilecek ebeveyn tayini test panelinin geliştirilmesidir. Çalışma kapsamında Türkiye'nin farklı bölgelerinde yetiştiriciliği yapılan Bafra, Kıvırcık, Kangal Akkaraman, İvesi ve Karacabey Merinosu koyun ırklarının her birinden 50'şer adet, toplam 250 adet kan örneğinden DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA örneklerinin kalite kontrolleri spektrofotometri ve agaroz jel elektroforez ile yapılmıştır. Toplam 12 adet mikrosatellit (OarFCB20, INRA063, OarFCB304, INRA006, MAF65, MAF214, McM42, D5S2, OarCP49, , McM527, INRA172 ve OarAE129) cinsiyet tayini için AMEL belirteci baz uzunluklarına göre gruplandırılmış ve Applied Biosystems'in standart boya setlerine uygun florasan işaretli boyalar ile boyanmışlardır. Primerlerin optimum çalışma değerleri gradient PZR ile belirlendikten sonra multipleks çalışma denemeleri yapılmıştır. İki ayrı multipleks PZR sistemi Applied Biosystems 3130 Genetik Analizörü kullanılarak fragman analizi yapılmıştır. Genel popülasyon parametreleri ve dışlama olasılığı istatistiksel olarak hesaplanmıştır Çalışmaya konu olan populasyonlarda toplam 212 farklı allel elde edilirken, ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerleri sırasıyla 0.706 ve 0.747 olarak hesaplanmıştır. Bireylerin benzerlik olasılığı değerleri 0.047 ve 0.000 arasında bulunmuştur. Bilinen her iki ebeveyn kullanılarak hesaplanan dışlama olasılığı değerleri çalışmada kullanılan tüm ırklarda 0.999 olarak bulunurken, bilinen ebeveynlerden yalnızca biri kullanılarak yapılan hesaplamada dışlama olasılığı 0.989'dan büyük olarak elde edilmiştir. Bu veriler ile koyun ırklarının genetik yapısı ortaya konulmuş ve mikrosatellit test panelinin ebeveyn tayininde güvenilir bir şekilde kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Nowadays, microsatellites are widely used in animal DNA paternity testing and population genetic studies. In order to be able to use any genetic marker in the definition of an individual, appropriateness in the relevant population must be proven. The purpose of this study is to develop a multiplex PCR protocol and a panel for using routine parentage testing of some sheep breeds reared in Turkey. Working within the scope, a total 250 blood samples (fifty for each breed) were collected from Bafra, Ivesi (Awassi), Kangal Akkaraman, Kivircik and Karacabey Merino sheep breed reared in different regions of Turkey. Genomic DNAs were isolated and qualities were checked by spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. A total of 12 microsatellites (OarFCB20, INRA063, OarFCB304, INRA006, MAF65, MAF214, McM42, D5S2, OARCP49, AMEL, McM527, INRA172 and OarAE129) and AMEL for sex identification were grouped according to their base pair lengths and labelled with fluorescent dyes suitable for Applied Biosystems. Optimum PCR conditions were determined by gradient PZR. Two separate multiplex PZR systems were developed for fragment analysis using the Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer. General population parameters and probability of exclusion were statistically calculated. While a total of different 212 alleles were obtained in populations, the average observed and expected heterozygosity values were calculated as 0.706 and 0.747, respectively. Probability of identity for individuals were found between 0.047 and 0.000. The probability of exclusion values were calculated as 0.999 in all breeds when both parents were known. However, probability of exclusion values were greater than 0.989 using only one known parent. As a result of these analyzes, phylogenetic structure of these sheep breeds were investigated. It is concluded that this microsatellite test panel could be used in parentage testing of these sheep breeds.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yetiştirilen bazı koyun ırklarında insülin benzeri büyüme faktörü-1 (IGF-1) gen bölgesinde genetik varyasyonun belirlenmesi
The identification of genetic variation in insulin like growth factors-1 gene region in some Turkish sheep breeds
MUSTAFA MUWAFAQ TAWFEEQ TAWFEEQ
- Türkiye'de yetiştirilen bazı koyun ırklarında MHC (Major histocompatibility complex) gen bölgesinde genetik varyasyonun belirlenmesi
The identification of genetic variation in MHC (Major histocompatibility complex) gene region in some Turkish sheep breeds
FATMA İLHAN
- Türkiye yerli koyun ırklarında ovar-DRB1 ekzon 2'deki moleküler polimorfizm
Molecular polymorphism in exon 2 of ovar-DRB1 gene in native Turkish sheep breeds
MEHMET YAŞAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN
- Koyunlarda CRISPR-CAS9 yöntemi kullanılarak verim artırma olanaklarının araştırılması
Investigation of the possibilities to increase productivity in sheep by using CRISPR-CAS9 method
ENVER SEÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN ERDOĞAN
- Çıldır gölü havsanının coğrefi etüdü
Başlık çevirisi yok
ÜNAL KUŞATAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
CoğrafyaMarmara ÜniversitesiCoğrafya Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ SELÇUK BİRİCİK