Geri Dön

Epidemiological study of Pseudomonas aeruginosa using different molecular typing methods

Farklı moleküler tiplendirme metotları kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'nın epidemiyolojik olarak araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 505156
  2. Yazar: MARWAN KHALIL QADER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HASAN SOLMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 122

Özet

Bu çalışmada kullanılan 225 adet P. aeruginosa izolatı Nisan 2015-Eylül 2015 tarihleri arasında Duhok ve Erbil / Irak'taki büyük hastaneden toplandı. Bunların 136'sı (% 60,4) erkeklerden, 89'u (% 39.6) kadınlardan izole edildi. Rasgele seçilen (Erbil ve Duhok bölgesi dahil her ilden 50) 100 adet P. aeruginosa izolatı antibiyotik duyarlılığı testine tabi tutuldu. Ticari kit kullanılarak çıkarılan genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25 ng/μl, geleneksel yöntemle çıkarılan genomik DNA'nın ortalama konsantrasyonunun saflık değeri 1.6 saflık ile 1930.22 ng/μl bulundu. Tüm bu izolatların P. aeruginosa olduğu moleküler seviyede teyit edilmesi için tüm suşlarda 16srDNA loküsünün yaklaşık 956 bp'lik bir moleküler ağırlığa sahip olan tek bir bandını üreten genom başarıyla amplifiye edildi. Beş virülanla ilişkili genin (Opr-1, tox-A, ekzo-S, las-B ve nan-1) taranması sonucu bu izolatların onda birinin (% 10) herhangi bir test edilmiş virülans belirteçlerinden yoksun olduğunu ortaya koydu. Patojenite varlığı göstergesi için bir belirteç olarak oprI, diğer tüm virülans belirteçleri arasında izolatların 90'ında (% 90) en baskın belirteçti ve bunu takiben toks-A ve ekzo-S her ikisi de 86'sında (% 86) idi. las-B geninin yaygınlığı 82'inde (% 82) ve nan-1 35'inde (% 35) ile bulundu. Beş metalo β-laktamaz (MβL) geninin (Vim-1, imp1, spm-1, sim ve gim) saptanmasının sonuçları patojenite varlığının göstergesi olan Vim1, diğer tüm antibiyotik direnç belirteçleri arasında 46 (% 46) iken en baskın belirteç, bunu takiben imp1and spm-1 miktarları sırasıyla 45 (% 45) ve 35 (% 35) iken, sim geni miktarı 27 (% 27) ve gim 24 (% 24) bulundu. Genişletilmiş Spektrum β-laktamaz (ESβL) genlerini (oxa10, veb1 ve oxa2) içeren, patojenite belirteci olan oksa10 diğer tüm antibiyotik direnç göstergelerinin 91'ini (% 91), takip eden veb1 ve oksa2 sırasıyla 66(% 66) ve 36(% 36) olduğu belirlendi. P. aeruginosa izolatları (100) aynı zamanda iki ana kümeye atamak için ERIC-PCR parmak izi analizine tabi tutuldu. İzolatların % 92'si A Grubu ki; 46 izolat (% 46) alt grupA1'e aitti ve incelenen suşların 46'sı (% 46) alt grup A2 idi, grup B sadece %8'i temsil ederken 4'er (% 4) adet iki alt grupta oldukları belirlendi. Bu çalışmada da, P. aueroginosa klinik suşlarından onbeş izolat seçildi ve OprD porin kodlayan OPrD geni kullanılarak tek nükleotid polimorfizmlerine (TNPs) tabi tutuldu ve kullanılan P. aureoginosa Str.PA12 (erişim numarası KJ482587.1) ile karşılaştırıldı. Bir referans suş olarak. OPrD geninin tüm sıralı fragmanının % 3.77'sini muhafaza eden.19 polimorfik bölgede on dokuz nokta mutasyon ikamesinin (TNP) olduğu gözlemlendi. Bunlardan altısı (6/19) transversiyon tipi muhasebe % 31.57 iken, on üçü % 68.42 (13/19) geçiş idi. Transversiyon mutasyonu nedeniyle 328/503 bölgesinde sadece bir tane SNP sadece amino asit değişikliği (sens mutasyonu), diğer tüm mutasyonlar sessiz yer değiştirmelerle sonuçlandı. Dört allelotip tespit edildi. Dokuz suşun aynı amino asit değiştirmelerini G328C'yi (Val 110 Lucien) paylaştığı ortaya çıkarıldı. Çalışılan suşların dendogram analizi, klinik soyların iki ana küme halinde sınıflandırıldığını ortaya koydu; ilk küme iki alt gruba ayrıldı; (P. aureoginosa suşları1, 3, 4, 8, 13 ve 14); (P. aureoginosa suşları 2 ve 12); diğer küme aynı zamanda iki alt gruba (P. aureoginosa suşlar 5 ve 15) ve (P. aureoginosa 6,7, 9,10 ve P. aureoginosa 11) ayrılmıştır. Çalışma izolatlarının yaklaşık 53.3'ü referans suş P. aureoginosa Str.PA12 ile ayrılırken, suşların 46.6'sı diğer küme ile görevlendirildi

Özet (Çeviri)

Bu çalışmada kullanılan 225 adet P. aeruginosa izolatı Nisan 2015-Eylül 2015 tarihleri arasında Duhok ve Erbil / Irak'taki büyük hastaneden toplandı. Bunların 136'sı (% 60,4) erkeklerden, 89'u (% 39.6) kadınlardan izole edildi. Rasgele seçilen (Erbil ve Duhok bölgesi dahil her ilden 50) 100 adet P. aeruginosa izolatı antibiyotik duyarlılığı testine tabi tutuldu. Ticari kit kullanılarak çıkarılan genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25 ng/μl, geleneksel yöntemle çıkarılan genomik DNA'nın ortalama konsantrasyonunun saflık değeri 1.6 saflık ile 1930.22 ng/μl bulundu. Tüm bu izolatların P. aeruginosa olduğu moleküler seviyede teyit edilmesi için tüm suşlarda 16srDNA loküsünün yaklaşık 956 bp'lik bir moleküler ağırlığa sahip olan tek bir bandını üreten genom başarıyla amplifiye edildi. Beş virülanla ilişkili genin (Opr-1, tox-A, ekzo-S, las-B ve nan-1) taranması sonucu bu izolatların onda birinin (% 10) herhangi bir test edilmiş virülans belirteçlerinden yoksun olduğunu ortaya koydu. Patojenite varlığı göstergesi için bir belirteç olarak oprI, diğer tüm virülans belirteçleri arasında izolatların 90'ında (% 90) en baskın belirteçti ve bunu takiben toks-A ve ekzo-S her ikisi de 86'sında (% 86) idi. las-B geninin yaygınlığı 82'inde (% 82) ve nan-1 35'inde (% 35) ile bulundu. Beş metalo β-laktamaz (MβL) geninin (Vim-1, imp1, spm-1, sim ve gim) saptanmasının sonuçları patojenite varlığının göstergesi olan Vim1, diğer tüm antibiyotik direnç belirteçleri arasında 46 (% 46) iken en baskın belirteç, bunu takiben imp1and spm-1 miktarları sırasıyla 45 (% 45) ve 35 (% 35) iken, sim geni miktarı 27 (% 27) ve gim 24 (% 24) bulundu. Genişletilmiş Spektrum β-laktamaz (ESβL) genlerini (oxa10, veb1 ve oxa2) içeren, patojenite belirteci olan oksa10 diğer tüm antibiyotik direnç göstergelerinin 91'ini (% 91), takip eden veb1 ve oksa2 sırasıyla 66(% 66) ve 36(% 36) olduğu belirlendi. P. aeruginosa izolatları (100) aynı zamanda iki ana kümeye atamak için ERIC-PCR parmak izi analizine tabi tutuldu. İzolatların % 92'si A Grubu ki; 46 izolat (% 46) alt grupA1'e aitti ve incelenen suşların 46'sı (% 46) alt grup A2 idi, grup B sadece %8'i temsil ederken 4'er (% 4) adet iki alt grupta oldukları belirlendi. Bu çalışmada da, P. aueroginosa klinik suşlarından onbeş izolat seçildi ve OprD porin kodlayan OPrD geni kullanılarak tek nükleotid polimorfizmlerine (TNPs) tabi tutuldu ve kullanılan P. aureoginosa Str.PA12 (erişim numarası KJ482587.1) ile karşılaştırıldı. Bir referans suş olarak. OPrD geninin tüm sıralı fragmanının % 3.77'sini muhafaza eden.19 polimorfik bölgede on dokuz nokta mutasyon ikamesinin (TNP) olduğu gözlemlendi. Bunlardan altısı (6/19) transversiyon tipi muhasebe % 31.57 iken, on üçü % 68.42 (13/19) geçiş idi. Transversiyon mutasyonu nedeniyle 328/503 bölgesinde sadece bir tane SNP sadece amino asit değişikliği (sens mutasyonu), diğer tüm mutasyonlar sessiz yer değiştirmelerle sonuçlandı. Dört allelotip tespit edildi. Dokuz suşun aynı amino asit değiştirmelerini G328C'yi (Val 110 Lucien) paylaştığı ortaya çıkarıldı. Çalışılan suşların dendogram analizi, klinik soyların iki ana küme halinde sınıflandırıldığını ortaya koydu; ilk küme iki alt gruba ayrıldı; (P. aureoginosa suşları1, 3, 4, 8, 13 ve 14); (P. aureoginosa suşları 2 ve 12); diğer küme aynı zamanda iki alt gruba (P. aureoginosa suşlar 5 ve 15) ve (P. aureoginosa 6,7, 9,10 ve P. aureoginosa 11) ayrılmıştır. Çalışma izolatlarının yaklaşık 53.3'ü referans suş P. aureoginosa Str.PA12 ile ayrılırken, suşların 46.6'sı diğer küme ile görevlendirildi

Benzer Tezler

  1. Tez No

    360337

    Hastane enfeksiyonlarında Pseudomonas aeruginosa epidemiyolojisinin REP-PZR ile araştırılması

    Epidemiological investigastion of nasocomial Pseudomonas aeruginosa infection with REP-PCR

    ÖZGÜR CEYLAN

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMersin Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NECDET KUYUCU

  2. Tez No

    380567

    Sinop ve çevre illerdeki kliniklerden izole edilen Pseudomonas Aeruginosa suşlarının tanısı ve antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi

    Identification and antibiotic susceptibilities of Pseudomonas Aeruginosa strains isolated from Sinop and environs provinces

    MELİKE TEKERCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiSinop Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMET BERBER

  3. Tez No

    361409

    Nonfermentatif gram negatif bakterilerde metallo-beta-laktamaz varlığının araştırılması

    Investigation of metallo-beta-lactamases enzyme in nonfermentative gram-negative bacteria

    ZEYNEP ERDİL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Bölümü

    DOÇ. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK

  4. Tez No

    663679

    Kastamonu eğitim ve araştırma hastanesinden izole edilen seftazidime dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri genişlemiş spektrumlu βeta-laktamaz varlığının araştırılması

    Investigation of the presence of PER-1 and OXA-10 like extended spectrum βeta-lactamases in ceftazidime resistant Pseudomonas aeruginosa strains from Kastamonu training and research hospital

    SARAH AKAR ALI AL-OGAILI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikKastamonu Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU

  5. Tez No

    203881

    Hastane kaynaklı çoklu antibiyotiğe dirençli Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonlarında risk faktörleri araştırması

    Evaluation of risk factors for nosocomial multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa infections

    CEMAL ÜSTÜN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH HOŞOĞLU

Geri Dön