Lactobacillus cinsi bakterilerin tanımlanmasına yönelik yöntem geliştirilmesi
Development method for identification of Lactobacillus species bacteria
- Tez No: 505702
- Danışmanlar: PROF. DR. ZÜLAL KESMEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Çok Fragmentli Erime Analizi, MFMA, Lactobacillus, Tanımlama, Multi Fragment Melting Analysis, MFMA, Lactobacillus, Identification
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Bu tez çalışmasında, çok sayıda hedef DNA dizisinin erime dereceleri (Tm) ve yüksek çözünürlüklü erime eğrilerinin (HRM) eş zamanlı olarak değerlendirmesine dayanan ve Çok Fragmentli Erime Analizi (MFMA) olarak adlandırılan yeni bir karakterizasyon yöntemi geliştirilmiştir. Tez çalışmasında yoğurt, peynir, kefir, turşu, ekşi hamur, sucuk, silaj, probiyotik gıda takviyesi örneklerinden izole edilen ve NRRL kültür koleksiyonundan temin edilen toplam 357 suş kullanılmıştır. İzolatların MFMA analizi için, 16S ve 23S rRNA genleri üzerinde Lactobacillus türleri arasında değişkenlik gösteren 8 farklı DNA fragmentini çoğaltmak için toplam 8 primer seti kullanılmıştır. Hedef bölgeler, her bir primer seti ile amplifiye edilmiş ve amplifikasyon ürünlerinin MFMA analizi, ayrı ayrı yapılmıştır. Her izolat için elde edilen MFMA sonuçları diğer türlerin sonuçları ile karşılaştırılarak izolatlar gruplandırılmıştır. Her bir grubu temsil eden sayıda izolat, 16S rDNA ve 23S rDNA'nın bir kısmı ile ITS bölgesini kapsayan ve yaklaşık 1600 bç'lik bir bölgenin dizi analizi tanımlanmıştır. Analiz edilen örneklerde Lactobacillus brevis ve L. plantarum türleri baskın türler olmak üzere, toplam 22 farklı Lactobacillus türü tanımlanmıştır. MFMA ile hedef alınan 8 bölgenin MFMA sonuçları eşzamanlı olarak değerlendirildiğinde her bir türün en az iki primer seti ile başarılı bir şekilde ayrıldığı ve bilinen türler ile karşılaştırılarak tanımlanabileceği gösterilmiştir. Çok sayıda hedef bölgenin eş zamanlı erime analizine dayanan MFMA yönteminin, gıda, yem ve benzeri örneklerden izole edilen Lactobacillus türlerinin hızlı, doğru ve tek adımlı tanımlanması için büyük bir potansiyele sahip olduğu sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, a new characterization method called Multi Fragmented Melting Analysis (MFMA) has been developed. MFMA based on the simultaneous analysis of melting temperature (Tm) and high resolution melting curves (HRM) of multiple DNA sequences. A total of 357 strains, isolated from yoghurt, cheese, kefir, pickle, sour dough, sausage, silage, probiotic food supplement besides standard strains, obtained from international culture collections were used in the study. A total of 8 primer sets were used in the MFMA analysis to amplify 8 different DNA fragments, showing high heterogenity between of Lactobacillus species on 16S and 23S rRNA genes. The target regions were amplified with each primer set and the MFMA analysis of the amplification products was performed separately. The isolates were grouped by comparing the MFMA results obtained for each isolate with the results of other strains. A number of representive isolates from each group were identified by sequence analysis of a region of about 1600 bp covering the ITS region with a partial of 16S rDNA and 23S rDNA. A total of 22 different Lactobacillus species were identified in the analyzed samples and Lactobacillus brevis and L. plantarum species were found as predominant species. When the MFMA results of 8 target regions are evaluated simultaneously, it has been shown that each strain can be successfully discriminated with at least two primer sets and identified by comparing with known species. It has been concluded that the MFMA method based on the simultaneous melting analysis of multiple target regions has a great potential for rapid, accurate and single step identification of Lactobacillus species isolated from food, feed and the other samples.
Benzer Tezler
- Çeşitli starter ve probiyotik kültürlerin mikrobiyolojik, immünolojik ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Microbiological, immunological and molecular characterization of various starter and probiotic cultures
YASEMİN PINARKARA
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ERGANİŞ
- Oral laktik asit bakterilerinin biyofilm ve halitosis üzerine etkilerinin in vitro araştırılması
In vitro investigation on the effects of oral lactic acidbacteria on biofilm and halitosis
GİZEM ARIK
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERİH KIVANÇ
PROF. DR. ZÜHAL KIRZIOĞLU
- Aşırı aktif mesane sendromu olan kadın hastalarda mesane mikrobiyotasının araştırılması
Investigation of bladder microbiota in female patients with overactive bladder syndrome
ESRA KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARAL
- Balıklarda probiyotik olarak kullanılabilecek Lactobacillus cinsi bakterilerin farklı feçes kaynaklarından izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of Lactobacillus spp. from different fecal samples that can be used as probiotic in fish
MEHMET YARAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMAGÜN AYDIN
- Gaziantep ilinin köylerinden toplanan geleneksel yoğurtlardan laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Identification and characterization of lactic acid bacteria isolated from traditional yoghurts collected from Gaziantep province' s villages
AYŞE KARADUMAN